梁立泰率領的步兵第四師順利和石達開在阿里瑪圖堡會師。中華帝國兵力大漲，在西疆一帶總兵力達到近4萬人。
考慮到阿里瑪圖堡的地理位置，而且堡壘易守難攻，石達開下令在此留二千兵力駐守，隨時支援伊犁河下游的巴爾喀什湖。同時，石達開在攻佔阿里瑪圖堡之後，在此坐鎮了半個多月。在這期間，他派出石祥禎、羅瓊樹等人四下征討，陸續將巴爾喀什湖東北部的科帕爾堡、錫爾河中下游的多處俄軍要塞佔領。
這時，鹹海四周和錫爾河下游流域的哈薩克百姓掀起了一輪新的暴亂，反抗統治他們的哥薩克軍隊。在以鹹海西部的謝克特部落為首的帶動下，轟轟烈烈的武裝起義爆發了。
其實，哈薩克的謝克特部落早在五年前便開始爆發起義，但在去年，被西西伯利亞總督派出兩支二千餘人的哥薩克軍隊鎮壓起義，哥薩克軍隊便在整個鹹海一帶發動了慘絕人寰的大屠殺，將原本10餘萬人的謝克特部落殺到只餘6萬人，謝克特部落青壯被徹底剷除。但如今在中華帝國擊敗俄羅斯軍隊的訊息傳開之後，謝克特部落剩餘的壯丁又開始活躍起來，他們派來使者，向石達開朝拜，請求獲得中華帝國的支援和庇佑。對於送上門來的帝國小弟，石達開當然是欣然接受，他提出抗議售賣一些多餘的武器給謝克特部落。於是，將從各處繳獲的落後的俄羅斯火器都賒給了謝克特部落，以至於謝克特部落勢力大漲。
很快，謝克特部落又聯合鹹海和錫爾河流域的其他哈薩克人，四面出擊，趁勢攻佔沙俄的各處崗哨和堡壘的哥薩克軍隊。由於沙俄在中亞地區的兵力本就不多，加上與中華帝國幾番交戰之後折損不少，僅剩的數千兵力又分散在各地崗哨和堡壘，頓時，被暴亂的哈薩克人接連攻佔，很快，除了少數幾座堅固一些的堡壘之外，其餘原本哈薩克大中兩個汗國領地，基本都將沙俄勢力清除出去。
而石達開這邊，留梁立泰這位新疆總督繼續坐鎮阿里瑪圖堡，他親自率領一萬餘名討虜軍和一千錫克騎兵前往浩罕，隨後，他只留三千士兵隨同自己鎮守浩罕城，轉而讓石祥禎、羅瓊樹兩人分別領兵一萬出征布哈拉汗國。
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五天後，石祥禎領兵襲擊了尼亞茲別克要塞，在接下來的十來天裡，又陸續佔領了布哈拉的伊爾賈爾、霍佔德和納烏三地。石祥禎按照石達開的指令，向布哈拉汗國提出向中華帝國稱臣朝貢的要求。此時的布哈拉國力孱弱，無力抵抗討虜軍的進攻，但他們看見浩罕汗國的下場，知道這個東方的帝國野心勃勃，如同沙俄一樣，最終目的是吞併國土，因此拒不接受。石祥禎憤而繼續發動攻擊，不久，烏拉—秋別、吉扎克、養吉庫爾幹等城相繼被俄軍佔領。
最後，石祥禎率領上萬軍隊包圍布哈拉汗國的最為重要的都城撒馬爾罕，在哈薩克的使者進城勸說之下，布哈拉汗國被迫無奈，答應投降歸順中華帝國。
而就在西疆的討虜軍將士四處征戰的時候，石達開也沒有在浩罕城中閒著。他已經派人向遠在萬里之外的中華帝國皇帝馮雲山寫奏章，建議將原本的浩罕汗國和布哈拉汗國以及哈薩克貴族願意讓出來的錫爾河中游地區組成一個新的省份，並儘快委派官員前來治理。
還有一點，石達開注意到，討虜軍要想在這西疆紮下腳跟，必須要有足夠在軍隊才行。而要建立長期駐軍，就要有充足的補給，特別是火器彈藥之類的消耗大而運輸困難的軍用物資，羅瓊樹堅守喀什噶爾城差點被攻破，就是因為彈藥沒有了。這個教訓必須要吸收。因此，石達開準備在地理位置最為合適的浩罕城開設一家簡單的兵工廠，重點製造火藥、子彈、炮彈等消耗性物資。石達開相信，有了足夠的火藥和彈藥，固守堅城便會容易得多。他仔細看了看，這俄國人修築的堡壘，牆壁低厚，在險要地形之上建立起來的成五邊形的要塞，還真和中華帝國的城池不一樣，易守難攻，無論從哪個方位進攻，都會遭到攻擊，要不是實在兵力相差太懸殊，阿里瑪圖堡這樣的堡壘要真的強行攻佔，只怕要戰死不少將士。而有了火藥和糧食，加上這等堡壘，就能徹底將這塊疆土拱衛下來。
石達開原本想過向皇帝建議，就近在西疆一地建設一座大型的兵工廠，但考慮到內地的兵工廠都才剛剛興建完成，機器設備和技術工人都非常緊缺，暫時先把火藥和彈藥問題解決吧，等過幾年，邊疆穩定下來，帝國有餘力向外進一步拓展了，肯定會在西疆辦一家大型的兵工廠，畢竟一直靠從內地萬里迢迢運來，後勤壓力太大。
石達開從新疆總督梁立泰那邊瞭解到，原本攻佔伊犁地區之後，經過二年多時間的開發和近30萬的移民，目前已經新開荒60多萬畝耕地，可開墾的耕地上千萬畝。加上原本滿清手中開墾的90多萬畝土地就能解決原本數十萬人口的口糧，因此，整個西疆一帶，僅僅憑藉天山以北的伊犁河上游地區的耕地，已經完全能解決新移民的口糧問題。
原本石達開還擔心自己領來的2萬多軍隊的給養，如今，在徹底控制伊犁河流域中下游之後，整個西疆的糧食問題便都解決了，即便是擴大駐軍，或是再移民五十萬，也沒問題。畢竟除了伊犁河流域之外，還有整個巴爾喀什湖區域，雖然有一半是沙漠，但西岸卻是原本的哈薩克族聚居的肥沃的土地。而耕地條件最好的錫爾河流域則是讓石達開吃了個定心丸。這裡原本是哈薩克大玉茲汗國的最為富饒的土地，因為沙俄將祖祖輩輩居住在這裡的哈薩克人遷移到西伯利亞甚至東歐草原，而將哥薩克人移居到這裡，如今錫爾河流域已經全部被中華帝國佔領，遷移過來的哥薩克人不是被擊敗成為戰俘，便是逃往西伯利亞。
石達開之所以坐鎮浩罕城，除了調派大軍攻克鹹海一帶之外，另一個重要的目的便是想好好治理一下這錫爾河流域。錫爾河流域南面雖然為荒漠，但北岸卻是可以耕種的土地，尤其是浩罕、塔什干等上游以及下游一帶，沃野千里，土地比號稱“塞外江南”的伊犁河一帶還要適合種植糧食，石達開立即組織駐城的士兵和一批戰俘自力更生，開始經營這片土地。而且，他還派出使者，向外散佈訊息，讓哈薩克族百姓迴歸鹹海及錫爾河、阿姆河流域一帶定居，只要歸順中華帝國，承認自己的治理，便按部落分派土地，優先對原來祖輩世代居住的部落安排原有住地。這樣一來，原本被沙俄逼迫趕走的錫爾河、阿姆河流域二三十萬哈薩克人，又陸續從異鄉趕回，而他們又將訊息散佈到更廣的東歐和西伯利亞一帶，除了一心投降沙俄的哈薩克人，更多的哈薩克牧民趕往家鄉。一時間，石達開忙碌起來。
對於這些，石達開的得心用手，他以漢文、畏兀兒文和哈薩克老文字三種一同釋出《中華帝國告西疆百姓書》，安撫黎庶，慰問疾苦，對豪暴者進行抑制，對窮苦百姓進行賑恤和安撫。號令各部落百姓放膽寬心，開墾荒田旱土，勤於稼穡，三年免徵糧稅。頓時，哈薩克和畏兀兒人，甚至還有少量的哥薩克百姓，都選出部落代表來到浩罕城，宣佈他們願意歸順中華帝國，效忠皇帝陛下，以求能在帝國的領土上耕種繁衍。
這樣一來，原本還守衛幾個要塞的俄國軍隊，漸漸沒了補給，無奈之下，終於忍不住出來洗劫旁邊的哈薩克部落村莊，但被早已等待許久的討虜軍馬隊攔截，一一被殲滅。剩餘基礎據點裡的哥薩克士兵見勢不妙，乘機離開堡壘，退回奧倫堡和卡拉幹達等據點。
隨著沙俄士兵的敗退和離開，討虜軍正式接管了這些堡壘和要塞，並趁機在四周移民進行開荒，準備一步步徹底將這些地方發展起來。
這樣一來，北起額爾齊斯河河中游一帶，南到阿姆河上游，西到鹹海西岸地區，這後世的中亞廣大地區，全部為中華帝國的勢力治理範圍。