一間疑似病房的室內，短髮少女剛完成身體檢查，負責為她檢查的疑似醫生的女人正在打電話：“是嗎，決定讓明日香來駕駛啊……嗯，我乘最後一班飛機道松代。後面的事情拜託你了。”
“那個，赤木博士……”短髮少女輕聲道。
被稱為赤木博士的女人回過頭。
“能幫我轉告二號機駕駛員一些事嗎？”短髮少女的表情還是古井無波：“拜託您了。”
赤木博士將錄音功能開啟：“給，麗，可以說了。”
畫面一轉，名叫明日香的長髮少女此刻正在聽著留言。
聽著手機裡長久的沉默，明日香嘆了口氣。
正當明日香不耐煩地想要關掉手機的時候，麗的聲音傳來：“謝謝你。”
明日香一愣，這個人偶竟然會說謝謝。
微微一笑：“哼，她是笨蛋嗎！我只是想駕駛EVA而已！”
才不是為了讓他們兩個順利聚餐呢！
不過，這句話明日香並沒有說出來。
“三號機……如果我看上的話，要給我塗成紅色的哦。”看著窗外並不明亮的天空，明日香對著負責接送她的葛城美裡說道。
學校裡，碇真嗣發現好友之一冬二，沒有來學校，在另一個好友相田的告知下，才明白是冬治的妹妹出院了。
“真嗣，這真是個好消息呢！”相田推了推眼鏡。
碇真嗣深表同意，自己成功保護下來的孩子平安出院，對於他來說是值得高興的事情。
“今天，凌波請你去吃飯是吧~”調侃著，相田靠近害羞的碇真嗣，乘他不備偷襲著真嗣。
“真是羨慕你啊！”那酸酸的語氣，都快要溢位螢幕了。
測試基地，對於EVA三號機的準備工作，正在有條不紊的進行。
上千項工作檢查完畢，地面人員開始了撤離。
一間更衣室內，明日香正在著裝戰鬥制服。
“謝就不用了。”就在剛剛，明日香打電話給了葛城美裡，想要聊聊，然而看葛城美裡卻先說了聲謝謝。
“幫助愚民是精英的義務啊，況且本來我就不習慣和別人一起吃飯，覺得在旁邊陪著他人強作歡顏很累，也不喜歡看著別人很幸福的樣子，而且我又可以駕駛EVA了，這也挺好的。本來我就喜歡一個人待著，也沒什麼親近的朋友，一開始就沒有人能好好地正視我。反正只要成績優秀，我一個人在NERV也沒什麼。”
看到這裡，大家都明白了，這個女孩說的都是反話。
她很想和自己喜歡的男孩子一起去聚餐，可是在重要任務下，只能選擇成全那兩個“笨蛋”了。
“但是最近突然覺得和別人在一起也挺好的，雖說那樣不太適合我。”
葛城美裡苦笑著：“不要那樣說嘛。”
葛城美裡越發對這個需要這些孩子承擔如此沉重責任的世界無奈了。
“明日香很善良啊。”
伸了個懶腰：“美里，你是第一個聽我說這種話的人，突然感覺輕鬆了很多。我以前一直都不知道，和人說心裡話還挺輕鬆的。”
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遙望著遠處的三號機，美里說道：“這個世界上還有許多你不知道的美好，好好期待吧！”
駕駛艙內，明日香坐在駕駛位上，本來以為一切順利的測試，卻突然出現了變故。
明日香眼前的空間，突然變得黑暗起來，黑暗的中心，是一個紅色球體。
不過數秒，明日香就已經被血紅色包圍起來，出現在一片紅色的虛空中。
詭異的笑聲傳來，似乎有一股力量將明日香推向了深淵。
在外界，本來等待著行動命令而靜默的三號機，雙眼突然亮了起來。
“插入深度超過100！精神汙染濃度也到了危險範圍！”葛城美裡所在的指揮室內，紅色的警戒燈亮了起來。
“駕駛員超過安全深度！”
赤木博士著急道：“快停下，這樣駕駛員會失去意識！”
“試驗終止，切斷連結！”葛城美裡擔心自己一起生活的下屬出現以外，當斷則斷道。
然而，即使充電栓彈出，三號機仍然擁有著自己的動力，在設施內掙扎著。
“不行，體內出現高能量反應！”操作員報告著。
“難道是……使徒？！”這不合常理的一幕，讓葛城美裡幾乎確定地喊道。
被機械封閉的嘴部，被強行張開，三號機竟然不是諸天以為的純機械體，而是生物！
一陣明亮的藍光很快就照耀了周圍的一切，異常巨大的爆炸發生了！
小型核爆一樣的威力，將耗費巨資建立的臨時實驗場所毀為一旦。
諸天萬界不禁有人思考，花費巨資建立臨時實驗場所，隨後穿著盔甲的巨型生物兵器疑似被什麼東西控制，然後整個基地被夷為平地，這是不是有些太巧了？
碇真嗣接到電話，他面前本來即將停下的豪車頓時一個漂移，調轉方向快速駛離。
車內看得到碇真嗣的父親，碇司令也在接著電話，面色難看。
“松代發生爆炸……”
凌波麗在自己居住地方的門口，呆呆地聽著來者傳達的噩耗，精心燉煮的食材，已經沸騰瀰漫出來。
“受災情況如何？”一間巨大的司令室內，到處都是警報的全息投影，關於現場倖存者救援的確認和命令不斷發出。
“事故現場西南方向發現不明移動物體！”一位觀察員報告道：“顯示為橙色！無法確認是否為使徒……”
匆匆趕到的碇司令則是下令道：“啟用一級戰鬥準備。”
碇司令的副手看著碇司令：“碇……”
“全體人員，啟用一級戰鬥準備！”碇司令的命令很堅決。
哪怕他知道，將要攻擊的敵人體內，是自己的下屬。
“讓還在修復的零號機待命，初號機立刻換上傀儡系統出擊！”
夕陽下，軍事裝備移動著，他們要儘快抵達目標地點，進行阻擊。
夕陽下的這一幕，充滿了致敬的味道。
山嶺間，一臺紫綠配色的巨型生物兵器安靜地蹲伏在這裡。
駕駛艙內，碇真嗣朝著工作人員問道：“那個……明日香和美里小姐怎麼樣了？”
工作人員安撫道：“我們現在正在全力營救他們，別擔心！”
然而，碇真嗣卻察覺出了不對勁：“但是，沒有其他EVA，美里小姐也不在……我一個人什麼也做不了啊……”
碇真嗣非常缺乏自信。
身旁彈出一個視窗：“作戰系統沒有問題，現在是碇司令直接指揮！”
“爸爸？”碇真嗣對於父親會直接參與指揮十分驚訝。
很快，敵人的畫面就傳達過來，轉到主螢幕上。
螢幕上，正是被以為在那場核爆一樣的事故中損毀的三號機。
只不過，三號機的狀態，確實如同喪屍一樣，十分滲人。
確認敵人是被使徒侵蝕的三號機，直接朝著機體下達了彈出插入栓的命令。
然而，插入栓處卻不知道什麼時候被一層藍色的物質覆蓋，被死死地卡在那裡無法拔出。
針對這些新的情報，分析結果很快就出來了：“是藍色！”
碇司令的語氣不帶一絲私人感情：“從現在起廢棄EVA三號機，將其識別為第九使徒。”
駕駛室內，碇真嗣收到了目標接近的指令。
然而當他抬頭，在夕陽下看到的，卻不是和特攝片裡稀奇古怪的怪獸一樣的敵人，而是在地面坦克裝甲車攻擊下，毫不為所動的……EVA機體。
“難道是使徒？這是使徒嗎？”碇真嗣有些不敢相信的問道。
碇司令回答說：“沒錯，那就是目標。”
“目標……這不是……EVA嗎……”知道明日香參與了最新的三號機駕駛試驗，碇真嗣心裡有一個可怕的猜測。
“目標正在接近，你要打倒它！”碇司令命令道。
“說是目標……明日香還在裡面啊……”碇真嗣看著越來越近的EVA機體，喃喃著：“明日香她……”