地球聯邦，四年前因為天人組織帶來的壓力過於巨大，原先的三大聯盟根本無法與之抗衡的緣故，聯合全球百分之九十以上的國家所成立。因為有變革者在幕後的支援，掌握了近乎所有gn-t型太陽爐的地球聯邦在武力方面要遠遠超過試圖抵抗其統治的勢力。
雖然伊奧裡亞想要達成的第二階段，是由變革者來引導人類走向變革之路，但被利馮茲阿爾馬克作為自己的計劃而執行的計劃第二階段變得極為殘酷而血腥。在變革者的指使下，地球聯邦成立了獨立治安維護部隊a-las，表面上其活動是為了世界和平並統一世界，實際上是以高壓政策打擊反地球聯邦勢力，由變革者在幕後掌控的組織。
veda的掌握讓變革者不斷獲取著大量的最新消息，使用veda的能力。過去為了理解人類的思考模式，不斷被veda製造出的變革者終端潛伏在人類之中的擬變革者在精心挑選後，成為了擬變革者掌握地球聯邦的重要命脈。
因為變革者所擁有的技術和財力，比起地球聯邦的普通軍隊擁有更加卓越的技術所製造的機動戰士。配給的戰艦和機動戰士的數量也要遠遠超過任何一支部隊的數量，甚至在衛星軌道上，還暗地裡建造了大規模衛星兵器。而應對不服從自己的存在，a-las與變革者所採用的方式十分殘酷，ai搭載型自動殺人兵器被a-las所開發，許多殺手也在為a-las服務。連那些全球著名的財閥與家族也有許多未能倖免於難。
沙慈克洛斯羅德，曾經被阿雷路亞在其修學旅行的事故中救出的學生，此時已經是一名在太空工作的工程師。在四年前高達與地球聯邦的決戰之後，沙慈的女友露易絲哈勒維所在的哈勒維家族恰好因為其龐大的資產被擬變革者看中，利用不同的手段將有關於哈勒維家族的成員除掉大半，剩下的成員也被按上了各種罪不為人知的時候人間蒸發。露易絲本人也被牽連，以懷疑與**組織卡塔隆有所聯絡並提供幫助的理由強行帶走。
雖然沙慈用上了自己所能用的手段。包括拜託自己在著名報社工作的姐姐查詢有關路易斯的去向，但可惜的是，由於是與**有關的罪名，路易斯被囚禁的位置並沒有顯示在公開的監獄之中。而是在a-las專門建造的監獄內。因此，不旦沒能找到自己的女友所在，反而因此被a-las盯上的沙慈被a-las以同樣的罪名所逮捕，而其姐姐娟江克洛斯羅德則是被闖入其工作場所的a-las特務部隊當場以竊取聯邦機密為由擊斃。
失去了自己的姐姐和自己的女友，自己還被抓到了名為輝煌的高壓太空站中。在高溫與高重力的環境下做著艱苦的體力工作。沙慈此時的心中可謂是絕望的。沒有憐憫與理解，唯有斥責與懲罰，在高重力環境工作卻沒有絲毫的保護措施。完全是將這裡的囚犯充當免費不用擔心人權的勞力來使用。在高重力下筋疲力盡的的囚犯所能得到的支援，只有迎面而來的皮鞭和拳頭的痛毆來強迫自身繼續工作。
為了有一天可以與自己的女友再次見面，沙慈忍耐著失去姐姐的痛楚，在高重力中努力地掙扎著。相信著只要不放棄希望，總會找到從名為輝煌的監獄中逃脫。尤其是從周圍被關押的卡塔隆組織的成員口中得知了一段時間後，卡塔隆將會到輝煌進行劫獄，救出被a-las所關押的平民……
另一邊，名為蒼天的宇宙殖民艦上。新生三位一體的三人在尋心不在場的情況下，由拉斐爾愛夫曼擔任臨時最高指揮官進行領導。而最近的時間，忙於修復世界空間法則損壞部分的尋心在得到雷歐的提醒，得知地球聯邦並沒有依照伊奧裡亞的計劃中的預想般發展。而是在擬變革者的暗中謀劃下，變成屬於擬變革者因為私慾而控制整個星球的計劃。
雖現在尋心實際上沒有必要繼續參與到蓋文明的程序中，不過考慮到天人的戰力和a-las戰力相差過大，此外還因為尋心當初的行動，令擬變革者感到了危機。因此四年間極力擴張擬變革者和a-las的武力，並不是現在的天人可以對抗的強敵。
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而伊奧裡亞留下來的tind日ve系統，也是尋心回到這個世界。在這個文明中觀察的重。畢竟由人類自身引發的進化，還是很有參考的價值在內。
考慮到蒼天內戰力有所不足，尋心運用蒼天內的量子運算陣列開始搜尋合適的高達駕駛員。但是由於篩選的條件十分嚴格，所以最終符合條件的人選也不過是找到了洛克昂的弟弟。萊爾狄蘭迪作為高達的駕駛員。由於其擅長操作的機體以及身體能力與其兄極其相似，因此尋心為其配備的機體，是經過拉斐爾愛夫曼教授運用量子運算陣列改良後的力天使高達的強化型力天使高達改。
“起來，萊爾正式加入蒼天的時候，還過蒼天之中少有人煙，連適合交談的妹子都沒有呢。”
“嘖嘖。畢竟人實在太少了嘛……”
在短時間內儘可能熟悉力天使高達改的萊爾在駕駛艙內輕佻地吹了聲口哨，回應著尋心的抱怨。
天人方面由於第一階段的任務被誤認為是完成，因此有許多先前給予天人經濟援助的家族撤去了資金。還有一部分家族因為權勢不夠強大，遭到了擬變革者的打擊而消失了蹤影。如今天人在數百年間所積累的資金陷入了短缺，人力方面因為擬變革者們的打擊以及veda的資料洩露，同樣失去了許多支撐天人的中堅力量。
所幸，高達駕駛員當中，除了剎那為士道墊後時與格拉漢姆駕駛的gn-厄運式交戰後不知所蹤以外，其餘三人依然從戰鬥中存活，返回到受損不輕的托勒密之中。失去了一個完整的強襲格納庫以及能天使高達去向不明，其餘的三臺高達在交戰中不僅是gnarms被摧毀，高達本身也遭受到嚴重的打擊，短時間內難以對全球繼續進行武力介入。
雖然天人組織暫時隱藏，但是因為戰火與天人組織暫且脫離的剎那依然還在戰鬥。veda在被擬變革者利馮茲阿爾馬克觸發系統陷阱後，開始對天人組織的成員進行一定程度的掩護工作，所以剎那的活動並沒有被擬變革者所察覺。但是蒼天所使用的量子運算陣列的效能可不是veda能夠對抗的，妮娜，米海爾，約翰在對全球進行監視的過程中，察覺到剎那出現的痕跡。
當時妮娜差就要駕駛著座天使高達三型機前去將剎那帶回蒼天之中，只是，由於蒼天的保密措施，米海爾和約翰勉強勸住了妮娜，令其暫時冷靜下來。但是，在尋心重新返回蒼天後不久，由量子運算陣列得到的預測中，剎那會前往輝煌，並且會和a-las發生衝突的機率已經超過了百分之九十。
“量子運算陣列的預測機率超過百分之九十……看來剎那就算不與a-las發生衝突，大概也會在那裡停留。目前天人在雙爐系統上遇到的麻煩，最後的希望正是剎那的gn太陽爐……”