光芒籠罩下，劉焱再一次聽到了世界意志的聲音。“病毒種數碼獸將成為數碼世界進化分支的一部分，同時數碼獸進化方向主體變為疫苗種，對病毒種的攻擊有傷害加成。數碼世界的敵人是黑暗領域，所有騎士要做好保衛數碼世界，防止黑暗領域大舉入侵。”
光芒散去後，山頂的祭壇消失了。一同消失的，還有作為最初的病毒種數碼獸，通天山上的那些病毒種數碼獸全部化作資料消失了。
“真想不到，喪屍撒旦獸居然真的做到了這一點！”劉焱看著天上那扇漸漸閉合的大門，心中充滿了矛盾。他們一百年的時間中，一直在和病毒種數碼獸作鬥爭，達到了不死不休的程度，現在居然世界意志妥協了！
“話說，那扇大門到底是什麼？為什麼可以改變到這種程度？”靈狐問道，其他人也都看向劉焱，只有他才是最初的騎士，他們自然覺得劉焱可能會知道的更多一些。
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劉焱想了想“或許就是世界本身所在的地方吧！不過現在不是我們能接觸到的，大家都回去吧！既然世界意志已經改變了規則，我們也只能按照規則做事情了。黑暗領域不比病毒種數碼獸，他們更加的強大，也更加的狡猾，未來會是什麼樣子，誰也說不清楚了。”
眾人一陣沉默，召喚來各自的坐騎，再一次分別。一路上，劉焱看到有不少數碼獸進化之後變成了病毒種，他們或是追求力量，或是充滿破壞欲，這讓劉焱下意識的出手將他們殺死了。之後想要順手淨化他們的時候才發現，這些數碼獸的核心是不需要淨化的。
來到了金屬工廠，安杜路獸離開後指定了一個插頭獸暫時取代了他的位置，而當劉焱來到這裡的時候，他已經進化成了新的安杜路獸，帶領著工廠中的數碼獸進行著日常的工作。在他們的記憶中，只知道上一任安杜路獸離開了工廠，其餘的什麼都不知道。不僅僅是他們，就連那些和劉焱他們一起來到通天山的完全體數碼獸們，也都不會再有之前關於病毒種的記憶，在心的記憶中，病毒種和他們疫苗種一樣，是一種數碼獸的進化方向而已。最多就是，感覺對病毒種數碼獸天生有一種不爽的感覺。
嘆了一口氣，劉焱心中在思考著自己未來要走的路。繼續按照現在的路走，接受世界意志的安排的使命保護數碼世界，不斷變強，又或者拋棄這個身份，從頭開始？
想到這裡，劉焱對紅蓮龍獸說道“你先回去吧！管理好火山區，如果有什麼數碼獸敢大肆破壞的話，直接滅掉，不用留情。”
“是，主人。”紅蓮龍獸說完便飛向了火山區，劉焱釋放徽章的力量，面前出現了一個通道。一步跨入，劉焱已經來到了另一個地方。
感應到了劉焱的到來，一個身影從天而降“是你！”
劉焱看著來人“好久不見了，花仙獸。”這一次的世界更新後，機械花仙獸去除了機械化的外表，完全變成了花仙獸，妖精型數碼獸，很適合照顧新生的數碼獸。
“爆炎騎士獸大人您好，歡迎來到創始村，最近有不少的孩子出生，他們都很健康。”花仙獸一副下屬匯報工作的樣子讓劉焱在心中嘆了一口氣“那麼，第一次進化之後，有病毒向的數碼獸很多嗎？最終離開創始村的時候，這些數碼獸又有多少會變成病毒種？”
花仙獸“大概有三成會直接進化成病毒種數碼獸，如果算上第一次進化之後的話，可能會有五成數碼獸最終會進化成病毒種。我最近在嘗試用自己的花魔法來為孩子們傳播正義的思想，這樣應該可以減少他們向病毒種進化的機率。”
劉焱點了點頭“你做的很好，辛苦你了，我先走了，你忙吧！”說完便離開了創始村。
“既然你能夠接受這樣的情況，為什麼一開始一定要我們那麼做呢？另外，喪屍撒旦獸到底做了什麼，能讓你產生這樣的改變？”劉焱看著天空自言自語道。
此刻，其他的五位騎士心中多少都有些迷茫，自己的所作所為，轉眼間就被否定了，這讓他們有些懷疑世界意志的做法是對是錯。
時間是沖淡一切的良藥，距離上一次世界更新已經過去三百年了，病毒種數碼獸已經成為了數碼世界的一部分。每天都有數碼獸進化成病毒種的方向，也有病毒種數碼獸被殺死。相比於喜歡和平生活的疫苗種數碼獸，病毒種數碼獸不光喜歡破壞，還喜歡互相打架，所以死傷什麼的很常見。
劉焱每隔一段時間就會清理一次火山區，將那些完全體的病毒種數碼獸清除掉，順帶連一些強大的，快要到達進化邊緣的成熟期一並處理掉。這樣一來，會讓火山區的範圍內安穩上十幾年。生活在這裡的數碼獸將這種情況稱之為大清洗，疫苗種的數碼獸會在這時間段中聯合到一起殺死那些病毒種的數碼獸。其他的地區劉焱不敢保證，但是他的轄區內，病毒種數碼獸的整體實力是最低的！
深海，海皇殿內。白鯨王獸來到了殿內“主人，那幾個完全體病毒種已經打算聯合起來對付我們了，我們要不要先動手？”
如果說，劉焱是防患於未然的話，那海皇姬就是放任自流。只要病毒種數碼獸不會大肆屠殺其他的數碼獸她都不會親自出手管。不過，她也讓白鯨王獸以海皇殿的名義成立了一個勢力，負責解決那些來挑戰的病毒種數碼獸。
久而久之，那些病毒種數碼獸就不再單打獨鬥了，開始成立自己的勢力，佔據一定的地盤兒。而且都避開了海皇殿的地盤兒，只針對其餘的勢力。海皇殿在海皇姬的命令下又不允許大肆擴張，所以只能看著那些勢力越來越大。
“這樣嗎？既然如此，我允許你率先出擊，這一次只要是敢動手的病毒種數碼獸，一個都不留！”儘管之前海皇姬因為信念上的問題選擇了放任不管，但是不意味著她一點兒脾氣都沒有。要知道，以前面對病毒種數碼獸的時候，她殺的也不少！
白鯨王獸退出了海皇殿，迅速回到了自己的地方，召集了手下。他等這一天已經等了很久了，因為海皇姬基本不管這個勢力的事務，所以說他才是海皇勢力的實際掌控著，海皇姬更像是一個高高在上的精神象徵加上最高戰力。
儘管在契約的約束下，他仍然保持著對海皇姬的忠心，但是幾百年過去，長時間接觸權利之下，他也有了自己的野心。更何況，他之前在海皇姬那裡無意間知道了，完全體還有更進一步的可能了。
海皇姬很強，同樣是完全體，就算沒有契約的約束他也不是海皇姬的對手。但是再強也不過完全體，如果他能進化的話，是不是就能脫離契約的束縛了呢？
自從有了這個想法後，白鯨王獸一直都在計劃著，現在終於到了實施的時候了。
與此同時，其他幾個騎士的管轄範圍內，病毒種數碼獸也都不約而同地活躍了起來，三百年的平靜即將被打破了。
通天山的山頂，一道光芒從天而降，兩個數碼獸出現在山頂。
“這裡就是數碼世界始源大陸了吧！不過我們要怎樣才能找到當年的騎士們啊！”小狗獸說道。
“總之，大陸很快就要因為黑暗領域的陰謀混亂起來了，他們肯定會出手的。”巴達獸說道。“我們先下山吧！”