五天之前，大同總兵姜驤和山西總兵王鉞終於決定降清。他們利用設宴宴飲的機會，把大順軍的制將軍張天琳等人殺死，然後襲擊了大順軍的營盤。由於遇襲突然，而且又沒有指揮，所以大順軍在大同的一萬多守軍死傷慘重，大部被殲滅。
與其說是姜驤等人掩藏的好，倒不如說是張天琳完全沒有防範。即便是李自成率領部隊退出了北京，之後又回到了陝西，大順軍也沒有認為他們的事業遭到了巨大挫折。他們對於這些明朝降將及其蔑視，根本沒有想到這些人會再一次背叛。
可是等姜驤終於控制了局面，要向清軍投降的時候，卻是發現清軍撤走了。他有些著急，於是派人去打探訊息，才知道是李巖把清軍打敗並且趕走了。不過李巖似乎暫時沒有來大同的打算，於是他和王鉞一商量，反正清軍來也是給崇禎皇帝報仇的，既然清軍被趕走了，那他們就自己立個皇帝好了。
於是就把棗強王的後裔朱鼎柵找了出來，用來號令山西各地打擊大順在山西各地的政權，恢復明朝的統治。同時他分兵四處，將寧武、代州等地控制在手中，做兩手準備。要是李巖派兵過來，他以大同等地投獻，自然能得到更多獎賞。若是李巖不著急，他也不見意割據稱雄。
而後又聯絡宣府、陽和地區的前明官員。這些地區的官軍也是效法姜驤，突然攻擊李自成的軍隊，而後加入到姜驤的叛亂行列中。他們這些人投降李自成的時候是前後腳，現在趁著權力真空搞割據，也是爭先恐後。
不但是大同叛亂，直隸其他地區也發生了叛亂。清軍和李自成一樣，打下一處地方，還是原官任用。現在清軍退走，地方上都是這些朝秦暮楚的官員軍將掌權，於是各自擁兵自重也是理所當然。
當然，也有人來向李巖投降的，大都是京城周圍的州縣。這些人也算有眼光，他們認為李巖連清軍都能打敗，又佔據了北京，雖然現在還沒有建立政權，不過也應該快了。至於崇禎皇帝的仇，不是把李自成趕出北京城了嗎，也就算是報了吧。
李牟在京城裡做的事，主要是兩個。一個是不讓明朝的官員離開，再一個就是簽發文書，讓那些投誠的官員將軍們原職留任，控制好地方。這兩件事都是李巖囑咐他做的，雖然他並不明白這麼做有什麼用。
不過他還做了一件事，那就是把原來投降了清軍的京營士兵的鞭子都剪掉了。現在京營的士兵全都是禿頭，京城的百姓們都笑稱這些人是“僧兵”。
而隨著時間的推移，還有李巖控制北京之後的強有力的隔離措施，京城內的瘟疫已經好了很多，新的患病人數每天都在大量減少。京城的百姓們終於敢出門了，糧店又排起了買糧的長隊。好在清軍走的時候只搶了一些金銀綢緞，沒有把糧倉的糧食燒掉，否則的話京城也要鬧糧荒了。
李巖並沒有去攻打將軍關，因為清軍在入夜之後就趁夜撤走了。等王仁甫帶著步兵趕過來之後，他留下了兩百人在這裡守禦。這裡的守軍和屯田的百姓除了一地的屍體和被燒燬的房屋，什麼也沒有留下，所以這裡他必須留下足夠多的人去守衛。
之後他讓王仁甫帶領一萬人去駐守薊鎮，統一防備長城沿線還有東邊的吳三桂。而他則是帶著剩餘部隊回北京。
王仁甫雖然很高興能夠獨當一面，可是也很擔憂自己做不好。不是他能力不夠，實在是他兵力太少，照顧不過來這麼大的區域呀。
“大帥，”王仁甫請求：“能不能再多給卑職一些兵力，光是長城的重要隘口就十多個。而且還要防備永平府的吳三桂等人，實在是不敷使用呀。”
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李巖說道：“我受你全權，你可以在薊鎮範圍內分配田地，募練新兵，也可以招撫前明官軍。至於長城隘口，先讓明兵暫時原班守衛。優先給隘口附近的軍戶百姓分配田土，一個士兵給二十畝，稍加訓練就可以讓他們去守衛隘口。不用阻擋敵人的進攻，也基本阻擋不住，只要能夠及時報送訊息即可。而你這裡，則要留出足夠的預備隊，用來阻擋敵軍侵襲。”
“請大帥儘快從河南調些官吏來幫忙，”王仁甫又是請求道：“雖然卑職可以任用當地的吏員，不過一時也難以明辨賢能。而且軍中將士許久不做這些事情，難免會有些生疏。”
雖然剛開始的時候，分田確實是由軍隊來幫忙做的，不過當時是由李巖、李牟、李仲三人親自指導。可是之後就都是任用有經驗的吏員和村長，軍兵只是維持治安和幫助建設村寨，所以他們軍隊中有些經驗的人都是把總千總以上的高官了，不夠，也不能派去各地指導。
李巖點頭：“嗯，你先穩住局面，控制要點。一月之內，就會有官吏過來接手。”
“好，卑職領命。”王仁甫抱拳遵令。
李巖帶著部隊回到京城之後，就立刻讓李牟帶著留守京城的部隊北上昌平、居庸，先把京城門戶控制起來。至於宣府和大同，過些時候再收拾不遲。
而後他在武英殿召集了北京的大小官員，讓滿朝文武給崇禎皇帝服喪三日。並且讓禮部官員給崇禎皇帝定廟號，讓工部官員重新規劃崇禎安葬的陵墓，要擴建成皇帝陵寢的規制。
崇禎是真節儉，一般皇帝一即位就會開始修建自己的陵寢；可是崇禎卻是沒有這麼做。也許是他覺得自己年輕，不用著急，把錢都留給了軍隊。可是沒想到他卻是亡國之君，等死社稷之後居然連安葬的地方都沒有。一些官員百姓們不忍心看崇禎一直放在外邊，就自發的把他和周皇後都安葬在了田貴妃的陵墓中。
京城的官員們都很詫異，也很恐懼。他們好些人當初攝於李自成的威嚴，可是沒有去給皇帝哭靈，現在李巖卻是要給崇禎皇帝重新修葺陵墓，這不是打他們的臉嗎。
李巖看著眾官員臉上或是悲慼，或是尷尬，或是驚異的表情，說道：“都回去準備吧，這是你們給大明最後一次盡忠了。等服喪期滿，你們就可以自由出入了。”
眾官員都是唯唯諾諾的答應下來。他們對於坐在武英殿皇位上的李巖沒有一個指責的，反正他們已經屈從了好幾次了，早就沒有什麼勇氣了。