十日後，徵臺軍登陸臺灣，戰事總體較為順利，只在臺灣府城、澹水廳兩地發生了相對激烈的戰鬥。
臺灣府城位於今之臺灣省臺南市，是臺灣府的府城，也是臺灣道道臺、臺灣府知府、臺灣鎮總兵的駐地。
一城駐有一道臺、一知府、一總兵，自然是臺灣清軍的防禦重點。清軍在此駐紮了四千人馬，然則疲弱不堪。
臺灣鎮總兵是個旗人，不願投降革命軍，故奮不顧身，作戰頗為勇勐。府城靠近大海，全靠炮臺防禦。
革命軍派戰艦逼近府城，利用大炮轟擊城牆。又派出三千登陸兵，在府城南翼登陸。清軍在城外略作抵抗，即收縮防線，退回城內。
戰至第三天，革命軍掃清府城外圍障礙，架設雲梯突入城內，攻破臺灣府城。
府城一破，總兵戰死，道臺投降，清軍頓失憑恃，群龍無首，再也不能形成有力的抵抗。
不久之後，楊國瑞率徵臺軍司令部進駐府城，在此佈告四方，宣佈成立臺灣軍政府。
臺南的局勢迅速穩定下來，徵臺軍隨即北上，掃蕩臺灣西海岸，嘉義、彰化等重鎮皆望風而降。走到澹水廳，遭遇到一股強有力的抵抗。
澹水廳初設於1723年，掌管臺灣中部以北區域。廳治本設立於臺灣中部的彰化。1756年，，澹水廳官署移至竹塹（今新竹）。自此之後，竹塹城成為北臺灣政經文化教育的中心。
澹水廳有一個名叫姓陳的大地主，坐擁土地上千頃。他仇恨革命軍，害怕革命軍沒收他的土地，糾集了兩千名團練，號稱“虎頭軍”，試圖阻擋革命軍進佔澹水。
“虎頭軍”取的是“勐虎吞羊”的意思。因為革命軍為楊烜所創，楊為“羊”，虎能吃羊。
然而，姓陳的自知“虎頭軍”徒有其名，又招募了三百名“熟番”、兩百名“化番”，湊成了一支兩千五百人的隊伍。
清朝統治臺灣，將臺灣島上的原住民分為熟番、生番和化番。
所謂熟番，是指漢化程度比較高的原住民，多居住在平原地區，從事農業耕種。生番則是漢化程度比較低的原住民，多居住在山區，靠狩獵採集維持生計。化番則介於生番與熟番之間。
原住民開化程度不高，卻熟悉地形，勇武剽悍。歷史上，日本殖民臺灣五十年，高山族原住民時常起義，給日本殖民者以沉重的打擊。以霧社起義為原型的電影《賽德克.巴來》，極為形象地表現出了臺灣原住民的風采。
徵臺軍從臺南至澹水廳，一路無往不勝，清軍皆望風而降。逼近澹水廳時，有人說澹水的“虎頭軍”頗具聲勢，需要多加防備。
先鋒由副團長王玉寶率領，聽聞“虎頭軍”的故事，不禁嗤之以鼻，笑道：
“老子從小就是土司兵。第一次東征戰役時，老子是新兵蛋子，連長給我佩的是長矛。老子不服，深入敵後，搶下了四杆火槍。
“徵越戰役時，老子做連長，帶領全連充當全師的尖刀連，才進入越南就遭遇象兵。越南人的戰象，站起來就像一座小山似的，老子照樣打趴了戰象，也給手下兄弟們弄了好些象肉。
“他娘的，那象肉又老又柴，嚼起來就像木頭一樣。要是牙口不好，真吃不下這越南象肉……
“老子稱自己為‘虎頭軍’，還差不多。澹水廳那個姓陳的地主算什麼東西，有幾桿槍，拉了一群佃農，就敢稱虎頭軍了？
“……”
王玉寶仍和以前一樣，執意要帶部隊，雖是副團長，其實兼任步兵營營長。他喜歡說大話，經歷的事情又多，吹起牛來有根有據，令手下崇拜不已。
主將如此，部下也就放鬆了戒備，沒把“虎頭軍”當回事。走到一處小道，斥候發現了虎頭軍的旗幟。尖刀排急於爭功，衝到虎頭軍跟前。
虎頭軍一觸即潰，丟下許多軍資給養，有戰馬、大米、蔗糖、魚乾等。尖刀排不知是計，放鬆了戒備，一窩蜂撲上去搶奪軍資。
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誰知道，幾十個番兵已經潛伏在附近幾十米遠的樹叢中。突然一聲唿哨，番兵跳了出來。他們赤身跣足，臉上、胸口皆有文身，或持毒箭，或持土槍，向尖刀排發起了突然襲擊。
尖刀排猝不及防，來不及反擊，就被番兵一一撂倒。番兵習俗野蠻，以取人首級為功勞多寡，生番甚至還有食人的習俗。
這群番兵隨手持有斧頭，先斬掉尖刀排的首級，再搶下尖刀排的步槍，然後迅速逃入樹叢。
等革命軍援軍趕過來時，尖刀排已經全軍覆沒，只留下三十多具無頭屍體。
王玉寶趕到現場，氣得血脈賁張。他也算見多識廣，卻被番兵的殘暴所震驚。
當場，王玉寶痛哭流涕，派人收殮屍體，又抽點三百名土司兵出身的官兵，集中全營所有火槍火炮，準備挑戰虎頭軍。
有人說：“番兵野蠻無禮，都是姓陳的在從中挑撥離間。姓陳的說，革命軍要殺盡生番，把廣東人、廣西人遷來臺灣。番兵害怕家園被毀，所以才受了姓陳的欺騙。與其找番兵報復，不如先抓住姓陳的。”
又有人說：“越王三令五申，要爭取招撫番子，先禮後兵。況且，虎頭軍人多勢眾，先鋒軍人少。不如等主力跟上來之後，才找虎頭軍算賬。”
王玉寶已經氣昏了頭，不顧手下勸諫，帶著三百名土司兵衝擊虎頭軍。副營長見勢不對，一面紮營固守，準備隨時支援王玉寶，一面派人向主力送信，要他們迅速過來增援。
虎頭軍本是烏合之眾，與王玉寶才一交鋒，死傷無數，潰不成軍。倒是番兵頗為悍勇，抵擋了好一陣時間。
番兵雖然剽悍，卻未受到系統的軍事訓練，只能單打獨鬥，不能互相配合。而土司兵急於報仇，個個奮不顧身，番兵最終落敗，被俘五十餘人。
按照革命軍的俘虜政策，各軍在戰時都要優待俘虜，決不能虐待俘虜，更不能擅自殺俘。王玉寶不顧戰場紀律，下令屠殺戰俘，砍掉頭顱後送給山上的朗社。
高山族通常聚族為居，稱為“社”，一社往往在千人以上。這股番兵，就來自澹水廳附近山上的朗社。
王玉寶原以為能夠嚇倒番子，沒想到卻弄巧成拙。山上的朗社番民同仇敵㑶，聲稱決不投降革命軍。
王玉寶騎虎難下，乾脆帶土司兵上山，攻克朗社，搜剿殘餘番兵。由於不熟悉地形，土司兵傷亡慘重。最後，在朗社敵對部落的幫助下，王玉寶才最終攻下朗社。
這時候，兩邊仇恨加劇，王玉寶已經不敢再擅自殺俘。楊國瑞也得到訊息，生怕王玉寶造次，親自趕到澹水廳處置這起事件。
這一仗得到窩囊，王玉寶冷靜下來後，亦覺得深為不妥，向楊國瑞負荊請罪。
楊國瑞剛剛開府臺灣，正準備在臺灣大展拳腳，不想卻遇到這樁難題，尤其惱怒，罵王玉寶道：
“王玉寶，虧你還是個副團長，如此沒有輕重。我不怪你輕敵冒進，誤中埋伏，可你不該殺俘，更不該派兵進攻朗社！你這樣一鬧，臺灣人還怎麼看我們！還願意歸順我們嗎？若按軍法處置，殺你也不為過！”
此言一出，左右紛紛為王玉寶求情。
副營長說：“副團長雖然擅自殺俘，卻也有效震懾了番兵。此戰之後，番兵決不敢再與我為敵。事宜至此，不如將計就計，派人向番人各社宣示道理，要他們棄暗投明。”
王玉寶也知道自己犯了大錯，懊悔不已，說道：“大帥，我知錯了，任憑你發落。”
楊國瑞嘆口氣，冷冷地說道：“王玉寶，即刻起，你軍銜由中校降為中尉，職務由副團長降為副連長，仍在先鋒效力。尖刀排已經全軍覆沒，著令你重新組建尖刀排，戴罪立功。”
王玉寶心中一喜。他最怕楊國瑞把他調到後方的後勤崗位上。楊國瑞讓他繼續帶兵，還在先鋒效力，可見仍然賞識他的才能，日後自己必能東山再起。
他一向桀驁不馴，不知天高地厚。這一次，他算是真服了楊國瑞，也怕了楊國瑞。
楊國瑞也留在澹水廳，指揮革命軍奪取澹水廳，活捉陳姓大地主。禍事皆由他而起，革命軍對他可就不客氣了。
先把陳家積攢的糧食分發給平民、番子，再乘機組織群眾大會，揭示姓陳的罪惡，宣揚革命軍為百姓謀福利的道理，公審後槍決。然後，又大力宣傳革命軍的均田免賦政策，爭取民心。
革命軍對此已是輕車熟路，也藉機彌合了王玉寶造成的不良影響。