海軍的情況就相對簡單許多，內河艦隊屬於守備軍，各海軍艦隊則屬於常備軍，內河艦隊主要有長江第一、二、三艦隊，各自負責武昌以西、安慶至武昌、鎮江至安慶的防務，鎮江以東江面則由駐崇明島的海軍第一海防艦隊負責；黃河第一、第二艦隊，各自負責東京以西和東京至淮安清江的河防，清江以東防務由駐海寧的海軍第二海防艦隊負責，此外還有海河河防艦隊、遼河河防艦隊，而渤海灣的防務則由駐金州的海軍第三海防艦隊負責。
海軍還將編製成四個艦隊，駐舟山昌國的第一艦隊，負責北至耽羅島，東至琉球，南至臺灣海面的海防和制海權；駐威海的第二艦隊，負責北至骨廆島（庫頁島），東至日本島，南至耽羅島海面的海防和制海權；駐香江的第三艦隊，負責北至臺灣島，東至呂宋島，南至南海的海防和制海權；第四艦隊則駐馬六甲，現在負責整個南海的戰事。
此外還有駐昌國的第一海軍陸戰師，駐耽羅島的膠州的第二海軍陸戰師，駐廣州的第三海軍陸戰師，駐遼陽的第四海軍陸戰師，駐漢陽的第五海軍陸戰師，駐釜山的第六海軍陸戰師，駐臺灣的第七海軍陸戰師，從欽州移駐到越陳海門鎮的第八海軍陸戰師，共計八個海軍陸戰師，近十萬餘人。
整個海軍包括守備艦隊、常備艦隊、海軍陸戰師只有四十萬人，這是由於北伐和對北元戰事的拖累，大明一直沒有太多的錢財用於大規模的造艦，一級戰列艦還只有“帝國榮耀”號和“大明萬歲”號這兩艘姊妹艦，大明海軍的主力艦-三級戰列艦也才造了六艘，平均一年一艘，倒是武裝商船從明歷元年開始造了六十艘，平均一年十艘，因為這船能迅速帶來經濟效益，而且是各商會下的訂單，不用大明海軍出錢。想來北邊的戰事已經基本結束，大明在未來一段時間應該要將重點放在海軍建設上了。
由於在這次調整中，劉浩然將常備軍、守備軍全部明確職責，他們將只負責大明國防，不再參與國內治安維持等工作，只會在出現大的天災、叛亂等重大事故時才會投入使用。
可是為了保障地方社會治安，劉浩然在這次調整提出新建巡防部隊，即巡防營，以營為單位，上面有省巡防司和全國統一領導機構巡防總署，專門負責大明國內安全保衛任務以及防衛作戰、搶險救災等，如保衛省布政司以上官署、高級官員，重要的工廠或公共設施、重要的交通樞紐設施，重點區域或節假日、戒嚴期的武裝巡邏，負責看管監獄、拘捕所，協助巡檢司、都察御史官署、按察司、法務部調查局、計部、皇家銀行等司法或重要財金部門進行拘捕、看押、解運等任務，處置暴亂、騷亂、嚴重刑事案件，以及邊防巡邏等。
巡防營一般以隊為駐守單位，駐守在縣城附近，巡防營一般駐紮在府治，除了管理下署各巡防營分隊之外，還有一支巡防隊負責府治的治安任務。它按各省行政區域來劃分省、府、縣三級單位。
按照劉浩然的計劃，準備編練四百個巡防營，也就是四十萬，雖然還達不到每縣一隊，但是基本上可以覆蓋大明大部分縣，重要的工廠和設施。
巡防營接受內閣和樞密院雙重領導，它的人員招募同陸軍一樣，由陸軍部負責，實現和陸軍一樣的軍銜，日常管理和訓練由巡防總署向樞密院負責，由自己獨立的軍令署、軍政署、軍輜署，同時也接受樞密院的軍政司、軍令司和軍輜司領導。但是巡防總署也接受內閣的調遣和指揮，各省、府、縣的巡防司、巡防營也接受地方官府的調遣和指揮。
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看到這裡，在場的不少人在暗中猜測，這個新設的強權機構將會被劃到哪個部去？十有八九是法務部，於是很多人都不由自主地看了一眼法務部的老大-周禎。法務部已經權勢熏天，再加上這麼一個半軍事化的機構，那還了得。
在這次大調整中，劉浩然確定了服役期限，所有大明男丁在滿十八歲和縣、府學畢業之後，都服兵役的義務，他們必須到當地的縣尉官署報到，接受資格審查，一旦身體、“政治”審查合格，必須接受朝廷的徵召，服從分配，加入到守備軍或巡防營，而常備軍按照慣例從守備軍中三月新兵訓練優秀者選調。
劉浩然提出，守備軍和巡防營兵役期限是三年，常備軍服役期限是五年，士官可以達到十年，他們叫退伍；軍官如果在五十歲前沒有升上將軍，也必須退役；而將軍則是終身制，就算六十歲退休依然保持軍籍，朝廷繼續養著。而逃除兵役將受到嚴懲，處五年勞役和一筆罰金。
前宋朝當兵不是什麼好事，好男兒一般情況下不會去當兵，大明自劉浩然佔據江南以來，軍中將士們待遇極高，又恰逢驅逐韃虜光復中華的時期，百姓們又踴躍參軍，加上劉浩然提倡的各種榮譽和宣傳，長時間默化下來，使得大明陸海軍將士的社會地位急劇提高，已經排到司政官員、大學教授、學校教師、醫生的後面了，比律師和工匠還要靠前。
但是劉浩然知道，隨著太平時期帶來，開始穩定生活的大明百姓可能不會很踴躍地加入軍隊，參與對外擴張戰爭中去，為了繼續保持軍人的吸引性，劉浩然在這次調整中提出一攬子計劃。
所有退伍的士兵，除了可以進入巡檢司工作，還將獲得一次免試進入各專學的機會，依照現在大明就業形勢，各專學培養出來的人才將佔據工、商、醫、農等中級技術層，前途可是一片光明，雖然比不上諸大學畢業的學子，可是全國大學每年也只不過畢業不到一萬餘人，司政、醫生、律師、工商各方面一分下去就沒有幾個了，反倒是各專學，一年能畢業近十萬人，到哪裡都吃香。而士官退伍，同樣除了可以直接進入巡檢司之外，還將獲得一次進入大學學習的機會，更是不得了。劉浩然倒不擔心士官的素質，他們能當上士官，必須考入士官學校學習，這個學習層面除了軍事方面，在文化方面倒和大學預科差不多了。而且大部分士官都想著能考入軍官學院，每年也考入一部分。
而軍官退役之後，將免除司政考試，直接按照軍銜級別降一級進入行政官員序列，又是一項極大的優待。
接著劉浩然宣佈了樞密院幾位大佬的名單，馮國用為都承旨籤樞密院事，繆大亨為副都承旨同籤樞密院事兼都鎮撫使，劉存孝偉副都承旨同籤樞密院事兼軍政司錄事總長，楊璟為軍令司都司，康茂才為軍輜司都司。參軍總長劉浩然意屬馮國勝，但是兩兄弟同掌樞密院，他敢任命，馮氏兄弟也不敢接。再說了北方還需要馮國勝坐鎮，一時脫不了身，只好再由馮國用兼任，因此也少了一個副都承旨同籤樞密院事。
對樞密院和軍方進行大調整之後，劉浩然又把目標轉向了內閣等行政機構，最大的一項調整就是對內閣幾個部進行了分拆。
工商部一分為二，分別成立商部和工部，運造部分別拆為營造部和運轉部，這一點大家沒有異議，畢竟隨著大明的工商業發展，工與商已經開始分別佔據大明國民經濟的極大比重，再一個部門管就不好了，加上第一個五年計劃的施行，不僅工業商業大規模發展，城市建設、道路建設、水利建設也獲得長足的發展，所以分設營造部和運轉部也是理所當然的。
但是讓眾人意想不到的是法務部也被分拆，分出一個內政部。不過大家想想，這也是情理之中，法務部權柄日益見重，一向講權衡的皇帝陛下怎麼能容忍呢？
看看內政部的職能，大家都嚇了一跳，這可是一個強權新部門啊。
按照劉浩然的設定，原巡檢總署撤銷，直接由內政部管理。內政部設治安司、刑事司、戶管司、理計司、庶務司、消防局和邊境局，分別主管社會治安、刑事偵查、戶籍管理、經濟犯罪、部政內務、消防管理和出入境管理。社會治安、刑事偵查和從戶部分出來的戶籍管理不用說了，經濟犯罪劉浩然原本不想設的，因為有個廉政公署在那杵著，行賄受賄、貪汙挪用，它都可以查辦。可是隨著大明經濟的發展，詐騙、走私等經濟犯罪活動開始多起來，廉政公署有些忙不過來了。而劉浩然當初設立這一部門主要是打擊貪汙賄賂行為，不是讓他們去管詐騙走私的。
於是劉浩然乾脆在內政部設立理計廳，專門負責對詐騙、走私等經濟犯罪進行打擊。消防設立是由於去年南京城東市一場大火差點釀成大禍，幸好有駐守的大內親軍、南京陸海軍官學院的學員衝上去了。這一事件讓劉浩然意識到，隨著大明的發展，各城鎮將開始逐漸繁榮，屆時一把火燒起來，辛辛苦苦積累起來的財富可能瞬間化為灰燼，不得不重視。邊境局的出入境管理也是從戶部分過來的，現在進出大明的人越來越多，必須由一個強權部門來執行這一事務了。
內政部分設的各廳直接指導各省、府、縣的巡檢機構工作，而各地的巡檢劉浩然也做了調整。省設內政廳，府縣設內政局，專門負責各地的社會治安等工作。
劉浩然還提出新設南京內政大學，各省設立內政專學，專門為內政機構培養人才。劉浩然將各地的巡檢分類，一是巡捕，專門負責社會治安，平日四處巡邏，處理地方和道路的應急事務，預防和阻止犯罪，相當於另一個世界的巡警和交警；二是刑捕，專門負責偵查已發生的刑事案件，偵破後交由都察御史官署公訴；三是戶檢，也就是負責戶籍統計調查以及百姓日常糾紛調解，相當於另一個世界的戶警加片警。因此各縣內政局分設巡捕隊、偵緝隊、戶檢科和消防隊，各府內政局則分設巡捕處、偵緝處、戶檢處、消防處和理計處、理計隊，各省內政廳分設巡捕局、偵緝局、戶檢局、消防局、理計局、邊境局，負責對下屬巡檢局的工作管理和指導。
劉浩然按照另一個世界的警銜制度為內政部設定了相應的級別，從低到高分別是一級、二級、三級巡檢，一級、二級、三級檢正，一級、二級、三級檢司，一級、二級、三級檢點， 正都檢、副都檢。
按照劉浩然的規定，各級內政局（廳）主簿、主事、僉事有權調動當地平級的巡防營，如縣內政局主簿可以調動當地的巡防隊，府內政局主事可以調動該府的巡防營，省內政廳僉事則可以調動該省巡防司下轄的所有巡防營。
法務部被分出很大一部分權力後，它的主要職責沒有變，依然負責保障律法的施行，維護官府的律法利益和保障律法對所有百姓的權益，依然下屬典獄司、民權司、法務司和調查局；依然對監獄、特赦、假釋、司法宣傳等管理工作，調查局依然是透過調查違反刑事律法和重大案件的行為來維護律法，保護我朝免受敵對勢力奸細破壞活動的威脅，在律法允許的範圍內為中樞、各省、府、縣官府提供執法幫助；依然承擔國家“法人代表”的職責，而民權司則多了一項權力，對內政部這個強力執法部門的行為進行監督。
另外一個負責監管內政部行為的機構則是都察御史官署，按照劉浩然提出的新規定，內政部門只能依法拘留百姓三十六個時辰，要想正式逮捕起訴，必須經過地方都察御史的批准，刑事案件也必須經過擁有國家公訴權的都察御史才能向按察司提起訴訟。而都察御史除此之外，有權阻止內政部門任何一項違反律法的行動。(未完待續，如欲知後事如何，請登陸.qidian.，章節更多，支援作者，支援正版閱讀！)（未完待續）