徐茂誠首先將否定心學和理學的唯心論做為開頭，提出了“理”並不是客觀存在的物質實體，而是“氣”的運動規律，認為“理乃氣之表”，指出“氣”只有聚散、往來而沒有增減、生滅，所謂有無、虛實等，都只有“氣”的聚散、往來、屈伸的運動形態。
徐茂誠進一步提出“無其器則無其道”、“盡器則道在其中”，他認為“形而上”的“道”與“形而下”的“器”所標誌的一般（共同本質、普遍規律）和個別（具體事物及其特殊規律），兩者是“統此一物”的兩個方面，是不能分離的。
他提出“天下惟器而已矣”的命題，肯定宇宙間一切事物都是具體的存在，任何具體事物都具有特殊本質,又具有同類事物的共同本質,“道者器之道”，一般只能在個別中存在，只能透過個別而存在，“終無有虛懸孤致之道”。徐茂誠透過論證“道”對於“器”的依存性，得出了“據器而道存,離器而道毀”的結論，駁斥了“理在事先”、“道本器末”的觀點。
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而劉浩然根據自己的唯物哲學知識對此進行註釋道，氣其實就是物質，世界的一切基礎就是物質，並在徐茂誠的“天地之氣,恆生於動而不生於靜”推論出物質的狀態是永恆運動，精只不過是相對的。
而對於物質永恆運動的原因，徐茂誠將其歸結為事物內部的矛盾性，“物有陰陽，而陰陽不孤行於天地之間。”劉浩然在其註釋中推論出矛盾論和辯證法，任何事物都有正反兩面，所以必須要有辯證的眼光去看待事物，即以對立統一的概念或範疇的形式來反映事物物件。
確定了自己的哲學觀點之後，徐茂誠便開始結合這些觀點開始對政治、經濟等方面進行論述。
在前一篇文章中的眾治觀點基礎上，徐茂誠還進一步提出了民主的觀點，“何為眾治，以寡服眾，即為民主。”因此，要體現民權，就必須體現百姓的聲音和意見，讓他們參與到治理國家中去，這樣才能體現民權。
當然，徐茂誠還不敢提出限制君權，民權大於君權。而劉浩然則在註釋中指出，君權來自於百姓們的意願體現-民權，而民權來自於每一個人的人權（個人權益），因此只能是有了人權才能民權，有了民權才能有君權，隱隱指出民權大於君權。
但是劉浩然也在註釋中指出，君權本質上是治理國家的權力，也是保護百姓們權益的一種手段，所以說君權是民權的集中，劉浩然可不嫩幹搬起石頭砸自己腳的事情。只不過他“偷換”了一個概念，將此前中國歷朝歷代所說的“專制君權”改為“授權君權”，這在孟子的“民為本，君為輕”的思想基礎又向前邁出一步。
徐茂誠也指出，民主是一種容忍、合作和妥協，因為民主只能體現多數人的意志，那麼就必定有少數人的意志無法保證，但是它有一個基礎，那就是大家平等地遵守法律。徐茂誠吸收了古希臘柏拉圖的思想，指出法律是以正義為基礎的，而且是一種“訴訟正義”，即透過法律的公平運轉而獲得公正的判決結果。
劉浩然註釋說，法律是規範所有人行為及人與人之間的一種規則，它的目的和作用只有一個：“最好的政治是難以實現的，而防止最壞的政治是可能的，所以必須運用至高無上的法律進行國家治理。”
劉浩然在註釋中還說道，百姓們將民權集中在君權，用以治理國家，就好像互相之間以及與君主簽訂了一個契約，這個契約的外在形式就是國家，而這個契約的核心就是大家都要遵守法律。在這個基礎上，劉浩然提出嚴以治吏，寬以養民。既然百姓們是這個契約的簽訂者，那就必須充分享受到足夠的個人權益，而作為契約的執行者-官吏，則必須受到最嚴格的監督。
徐茂誠接著談及私利，他在前一次文章的基礎上明確了私利是每一個百姓的生命、財產和尊嚴。提出法律的本質就是保護這三項私利，因為國家的財富和主權就是由千千萬萬百姓的這三項私利組成的。可以看得出，徐茂誠受到古希臘哲學的影響，步子邁得更大了。
而劉浩然在註釋中指出，人權是一切權力的基礎，因為沒有人權就沒有民權，沒有民權，君權就是空中樓閣，早晚要被推翻。所以人權是神聖不可侵犯，也就是大明百姓的生命、財產和尊嚴神聖不可侵犯。可見劉浩然的論點比徐茂誠更加激進，他不僅將君權延伸到治理國家的權力，更將君權至於國家三種權力的最底層，也是最受限制的一種權力。
徐茂誠最後提出法治，他指出法治是一個國家的根本，應該從童學開始就要讓百姓們意識到自己的權益，意識到法律不僅是規範他們行為的規則，更是保護他們權益的規則，所以他們必須尊重法律，捍衛法律的尊嚴，只有這樣才能保護自己的“私利”。他甚至提出了遵守法律就是最好的道德。
劉浩然在註釋中指出，法治就是一種制約、妥協和寬容。制約不用說了，就是在保證每一個人人權的基礎上禁止去侵犯他人的人權；妥協就是在法律範圍裡必須對自己某些權益做出讓步，這是遵守法律、保證自己基本權益的代價；寬容就是在法律的範圍裡必須足夠地尊重他人的權益，這有這樣才能得到別人對自己權益的尊重。
在註釋中，劉浩然還初步探討了一人統治、少數人統治和多數人統治三種政治制度的優缺點，在“最好的政治是難以實現的，而防止最壞的政治是可能的”的基礎上指出，防止最壞政治的原則應該有兩點，一是分權制約，二是調和互補。隱隱點出對古希臘柏拉圖和亞里士多德等人提出的混合政體的重視。
經過劉浩然、徐茂誠幾經修改和定稿，這篇有徐茂誠撰寫、劉浩然作序註釋的《明知論》於明歷八年十月十五日在《大明邸報》上用四個版面全文發表。此文一出，震驚了整個大明。
這篇文章可以說是大明一些有見地的文人在經歷了前宋滅亡、暴元統治等痛苦歷史後的深刻反思，也可以說是他們在接受了劉浩然不少“先進思想和言論”，再吸收了傳入的古希臘哲學、政治學等思想做出的一次勇敢探索而。此前羅貫中主持的中國歷史為什麼總是“分久必合合久必分”的大討論其實就是拉開了序幕，這些文人在對中國歷朝歷代的歷史總結不斷地反思和發現問題，加上其中一些人跟隨劉浩然身邊數年，深受薰陶，而且隨著大明的海外貿易昌盛，古希臘、古埃及等思想學術不斷地湧進，使得他們在反思、困惑中試圖去尋找一條新的出路。
毫無疑問，劉浩然此前為大明埋下的種子也是非常重要的，如果不是他做出的一些嘗試並取得的巨大成功，這些文人也不會意識到分權制約、以私利為主的工商業會有這等功效，也不會進而去進行探索研究。
而且劉浩然治下的大明，思想學術界是非常自由和活躍的。雖然他不喜歡理學，但只是在政治上打壓，不讓它掌權，卻沒有禁止它。尤其在各所大學，學子們的思想是非常活躍的，理學、心學、法家、黃老學、兵家，甚至功利學、古希臘哲學都可以在這裡找到市場，各種思想在這裡發生碰撞。而劉浩然還給大明帶來的是武以勇武報國，文以才學報國，每一個學子都心懷一顆報國之心，以天下興亡為己任。真是這種責任感和使命感使得如徐茂誠這樣的才子敢於正視和反思自己此前所學，吸收其他思想，探索新的學術來。
《明知論》一出，首先在大明各所大學引起了極大的反應，不管你是反對還是贊成，都先去買一份當期的《大明邸報》回來細細研讀。
首先出來反對的是奉行程朱理學的江南學派和奉行陸氏心學的江西學派，《明知論》算是一竿子將這兩派都打翻了，贊同的自然是太平學派。這個學派一直在努力建立起一套適合工商業發展的新思想理論，此前也做出一些比較零散的嘗試和探索。《明知論》的觀點很大一部分即投他們所好，又適應他們發展工商業，廢除“腐朽”舊思想的訴求，因此受到極大的追捧。
出人意料的是以劉承志為首的北方學派新生代也出來力挺《明知論》，對於這些以功利為主的北方新生名士們來說，《明知論》中既有他們贊同的，也有他們反對的，但是最關鍵的是這篇文章是大明皇帝做註釋，這已經說明一切問題。北方學派要想重新崛起，必須跟隨“時代的潮流”，把握住每一個機會。而這一次對於劉承志等人來說是一個絕佳的機會。
而對於姚樞、孔克堅等北方學派老一輩來說，他們的心情卻是極度的複雜。《明知論》抨擊和否定了他們一輩子所學的理學或者心學，但是他們也明白弟子和子侄們的用意。一邊意味著師門學說的沒落，一邊意味著家門勢力的復興，糾結啊，糾結。不過孔克堅沒有那麼多糾結，《明知論》抨擊和否定了理學和心學，但是卻沒有否定儒學，相反還從古儒學中找到了許多論據。儘管從孟子學說中找的論據要多些，但是這位孟子不是孔聖人的再傳弟子們，而且以亞聖的身份配亨在孔廟裡。
大明的邸報便開始熱鬧起來，各方文人名士紛紛在各自控制的邸報上發表言論，或批判，或贊同，各自引經論據，爭得不亦樂乎，比此前的“分久必合合久必分”大爭論熱鬧數十倍。雲南戰事、南海戰事等軍事勝利的訊息甚至都被擠到邸報的某些角落去了。
胡惟庸秉承劉浩然的意思，放由這種爭論，只要你不進行人身攻擊等過激言論，一律准予刊登。
十一月初十，徐茂誠辭去禮部侍郎一職，就任弘文院院士和國史館院士兩職，並就聘於南京大學社會學院教授一職，全身心地投入到對《明知論》新思想理論的完善以及與反對方的辯論中。
徐茂誠也是熟讀四書五經之人，他雖然吸收了劉浩然和古希臘不少思想，但是卻能夠將其與古儒學、黃老之學、法家學、兵家學等學說進行融合，互相印證，爭辯起來不落下風，而且越爭辯他的思維就越清晰，找到了自己思想學術中不少的缺陷，並加以修改和彌補。
劉浩然在進行註釋之後便不再發表公開言論，只是說這是一家之言，大家都可以為之一辯，真理是越辯越明。不過暗地裡他還是披了幾個馬甲，在幾份邸報上發表了一些文章。他的論點夠新穎，也夠犀利，但是國學基礎太少，引經論據駁倒舊學說是做不到的，頂多是為新學派指出一點新思路而已。
大爭論一直延續了近一年，卻沒有誰輸誰贏之分，但是帶來的後果和影響卻是空前的。首先各大學的學子們被開啟了一扇新的大門，他們可以跳出原來的歷史和時代侷限，跳出舊有的思想範圍去探索新的“興國思想”。太平學派終於找到了適合自己的系統思想學術，他們開始將徐茂誠視為自己一派的思想先驅者，圍繞著這一新思想學術進行深入探討，另外一個收穫就是他們找到了以“紫金山學派”為代表的北方學派新生代這個盟友，雙方開始廣泛的合作和交流，首先是各自“勢力範圍”的安徽大學、南京大學、弘文院、格物院、洛陽大學、北京大學等大學機構進行學術交流，互補各自的缺陷；江南和江西學派則有不少人在兩次大爭論中看到自己思想學術的缺陷性，開始試圖對理學和心學進行改良，以適應大明此時的“時代發展”，尤其是他們看到正在迅速崛起的太平派居然和代表北方地方勢力中堅力量的北方學派新生代“合流”，這種壓力就更大了。
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