李雲崖在體制架構上面，進一步削弱皇權，提高相權,使皇權和相權相互制約,又將軍政分離，監察行政分離，進行君主立憲，從傳統的外儒內法走向外法內儒,百家齊放。
他的另一項改革措施,是對行政體制進行大改,中華文明原來的中心是在關中地區，從周朝開始，一直到秦、漢、隋、唐等,全國人口密度最大，最繁榮發達的地方就是關中,但是發展到後來，河北地區、黃淮地區、江南地區相繼發展起來，漢末十八路諸侯討董,就是關東諸侯跟關中諸侯的決戰,後來隋末混戰,李家得天下也是一樣。
隨著時代的發展變化，關中地區逐漸沒落，歷朝歷代開始不再把長安列為定都首選，宋朝就定都開封，明朝先定南京，後遷都北京，中華文明整體東移，西北的關中地區就逐漸沒落下來，異族入侵，外國騷擾，西北始終不得安寧，至於古時候的絲綢之路，更是斷絕久矣。
李雲崖將明朝原來的三司衙門廢除，全國設省，省下設府，府下設縣，縣下設鄉，最低的官員為鄉長，鄉下設村，在不違反國家法律的情況下，允許各村自制。
首先將北直隸改為河北省，南直隸改為江蘇省，把安徽省摳出來，跟江西省相對立，湖廣拆分為湖南、湖北，這樣做的好處是，一旦天下有變，南方不能連成一片搞**對抗北方，形成割據政權，北方要打到南方，一條路先取襄陽，然後沿江而下，一條路直接從合肥濡須口渡江，過去歷朝歷代都在這兩條路上損失慘重，現在大明地盤更大了，要兼顧到蒙古高原和西伯利亞，對南方的約束就更顯得精力不夠了，所以一定要防微杜漸，提前做好準備。
再就是蜀地，由於四川盆地周圍都是大山，關起門來，外面人很難打的進去，一旦天下右邊，四川盆地裡面都是最先跳起來**的，每個朝代都是一樣，為了避免這種情況發生，當初蒙元時代將漢中劃分到陝西省，開啟了四川盆地的北大門，李雲崖跟朱由檢商議之後，決定再進一步，將川渝分家，從四川跟湖廣各摳出一塊來，再設立一個單獨的省，叫做巴渝省，將四川盆地的西大門也開啟，再繼續沿用古制，利用雲南跟貴州對四川外圍進行瓜分限制。
作為中央決策者，最重要的就是杜絕各地方的割據，避免形成幹弱枝強的局面，唐代藩鎮割據引得五十餘年分裂戰亂的慘痛教訓，絕不能再發生，俗話說“家大業大，容易散架”，現在地盤比過去多了一倍，人口更多而且複雜，每一個政策都會影響到數以百萬的人，所以必須精打細算。
除了行政上的劃分之外，就是透過公路、鐵路、水運，郵政、電話等措施進行全國串聯，南北向，東西向各修兩條主幹鐵路，再修整拓寬京杭大運河，這回要求用公路連線各鄉，李雲崖還令各部會進行成片串聯，如舉行全國性的體育、詩詞、歌舞、手藝、服裝、園林等各種賽事，或由國家舉辦，或由民間舉辦，竭盡所能增加人員流動和交流。
李雲崖在內部會議上做出的規劃是，將來把東南亞各國拿下來之後，作為農業區，到時候中國將不會再缺糧食，中原地帶作為工業區，蒙古高原是牧野區，西伯利亞是礦業區，這是南北分的，東西來分，東部是商業區，西部也是工業區，他讓朱由檢派使者出使中亞諸國，一直到奧斯曼帝國和義大利地區，建立外交關係，重開商路，西北一定不能空虛，一旦人口全部流向東方，會造成這樣那樣的問題，到時候整個西北地區甚至都可能被分裂**，甚至是由別國吞併。
在民生方面，繼續在全國範圍內修建學校，要求每個鄉都要有至少一個小學，縣裡建中學，府裡建至少有一個學院的大學，為了吸引更多的年輕人拋掉四書五經學習新學，免除學雜費和書本費，另外還有一頓午餐補助。還要建體育場、圖書館等，要求每個縣都要有至少一個中型圖書館，藏書至少一萬冊，供給任何想要讀書的人
財政方面，李雲崖提出髮型塑膠鈔票，目前中研院對石油的研究取得極大的進展，塑膠鈔票目前全世界範圍內都無人能夠仿製的了，而且這東西比較新鮮珍貴，比紙幣更能增加民間的信心，前幾年紙幣推行不是很順利，大家都不願意用廢紙，仍然喜歡用鋼鏰，如果發行塑膠鈔票的話，就不會有這樣的阻力了。
等大朝會開完，都到二月末了，李雲崖終於可以閒暇一些，朱由檢把出海的事情提上日程，他有一個奏摺式的小本本，年前年後已經寫得密密麻麻，沒事就拿出來看，這天把所有要做的事情都畫上了圓圈，就又跟李雲崖說：“咱們是不是可以出海了？”
看著他滿臉期待的樣子，李雲崖捏了捏他得臉：“你就這麼想出去啊？”
“當然啦！人都說皇帝富有四海，溥天之下，莫非王土；率土之濱，莫非王臣。我卻只能窩在北京城裡，要不是你，大約連紫禁城都出不來，咱們打下了那麼多的地盤，總得出去看看！不然的話，我這一輩子名為皇帝，實際上跟囚犯有什麼區別？”
“好好好，那我就帶你出去，只是到了外邊，條件自然不如家裡，你可不許叫苦叫累。”
在一個陽光明媚的早上，李雲崖跟朱由檢穿上便服出門，只帶了王徵南和二十名便衣護衛暗中保護，從北京做火車到天津。
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在天津港裡，李雲崖帶朱由檢來到一艘大船前面：“看到沒有？那個就是咱們的船！”
李雲崖早就在為出海做準備，只是不說出來，讓巨濟島造船廠為他特地設計建造一艘超級豪華大海象船，總排水量達到一萬噸，採用風帆和蒸汽混合動力，因為考慮到遠航之後，可能會在有些地方找不到煤的情況，所以裝上了超級巨帆，撐開了像遮天之雲一樣，內部又有共二十四組蒸汽機，都是目前來說功率最大的蒸汽機，單靠帆也能走，單靠蒸汽機也同樣可以航行。
海象船內部才用全鋼骨架，外面有輕鋼裝甲，全長一百二十多米，船尾部有三分之一的雙層甲板，尾部裝著最新型號，火力最強的火龍巢6，橫十二米，寬六米，一個巨大的鐵箱子立在高處，可以調整任意角度開火，瞬息間射出二十四枚大號高爆燃燒火箭彈，等閒船隻遇上就是個死！
船舷兩側，還各安置了七十二門火炮，船首也有，只不過沒有裝在甲板上，而是安在船舷的前倉裡，比巡海夜叉的船首炮要小，左右各兩門，平時隱藏在船艙裡，一旦遇上海盜，艙門開啟，立即將對方打成粉身碎骨。
船上裝有三臺大功率的發電機，不管是使用風帆使船航行，還是停下來以後使用熱力，都能夠進行發電，各處指揮通訊，動力傳輸，全都使用電力，另有電風扇，熱水器，電熱毯，電飯鍋，洗碗機等家電設施應有盡有。
船艙底部，極大地地方用來裝煤和水，還有三千噸的貨倉，李雲崖跟朱由檢說：“咱們是不是要帶上一批貨出去啊？遊玩之餘也賺點銀子。”
“那是當然！”朱由檢拿出了這些天一直鼓搗的小本本，“咱們要去哪裡？”
“你說去哪，咱們就去哪。”
“嗯，那咱們就往東走，我早就想看看，大洋的盡頭，你說的美洲是什麼樣的。”中國神話當中東海的盡頭是太陽升起的地方，有扶桑和建木，原來以為是山東附近的蓬萊島，後來以為是日本，這兩個地方見過之後，都極平常，那就只能是美洲了。事實上，朱由檢還有一個想法，那就是一直往東走，看看能不能再從西邊回到大明，要證實一下，腳底下的大地，到底是不是圓的！
兩人初步先到大連，然後到釜山，再到長崎，然後往北經北海道到庫頁島、勘察加半島，再穿過白令海峽進入美洲。
李雲崖說：“我已經僱傭了五百名退伍的海軍官兵在穿上，還有專門的航海、天文、氣象、地質、醫療方面的專家，但他們只能維持最基本的航行，如果要把整艘船運作起來，咱們還得僱傭一些水手，至少要兩百名，來做日常的工作。”
要僱傭水手，得先到海事局註冊，李雲崖問朱由檢：“給咱們的船起一個名字吧。”
朱由檢一時之間想不出好的來，兩人坐在海事局大廳的長椅上想，朱由檢想叫封緣號，重玄號，被李雲崖否了，李雲崖要叫龍王號，被朱由檢否了，糾結半天，海事局的辦公人員看他倆擁有一艘目前聽說最大的萬噸鐵甲船，言談舉止不像常人，趕緊一面讓人去通知局長，一面泡了壺茶給兩人，讓兩人慢慢想。
不多時，海事局長來了，進門就給李雲崖敬了個軍禮，原來，這位局長就是當年李雲崖軍校初建的時候，剪頭給剪哭了的那個白小虎，如今他已經三十歲了，再不是當初那個瘦弱的少年模樣，而是身高腿長，十分健壯魁梧，見了李雲崖十分激動：“見過首長！”
李雲崖也還記得他：“原來是你，你在這……看你這身裝束，是當局長了？海事局長，發展的不錯啊，有前途。”
白小虎有些慚愧地說：“當年俺身體不行，考核次次吊車尾，後來海事局成立，從軍校裡抽人，就把我分配到這裡來了，已經幹了兩年，還成，俺謹遵首長的教誨，從來不敢有一點馬虎。”
李雲崖拿起茶壺，給他也倒了一杯茶：“你娘還好吧？”
“好著呢，俺娘這些年身體越來越好，火退了，眼睛也越來越好使了，他總跟我唸叨著，想要見您一面，要當面謝謝你，去年還讓準備了些醃鹹的鴨蛋讓俺給您送西山去，俺尋思那東西拿不出手，而且您堅決不許送禮，就沒去，為這俺娘給俺一陣好打！”白小虎比當年開朗多了，愛說愛笑的，“等過幾年，俺那三個兒子大了，俺都把他們送軍校去！”
“你都有三個兒子了？”李雲崖回想起當初那個一邊被剪頭一邊哭泣的小少年，轉眼之間都有三個娃了，看來自己是真的老了，他把旁邊朱由檢的手抓起來，輕輕攥緊：怪不得檢檢著急了，自己總以後世的標準來開，四五十歲都不算老，但這時候的人，一過四十就是老頭子了，這次可得跟檢檢周遊世界，痛痛快快地玩一場。