除了盧象升和袁崇煥，李雲崖要的後兩個人分別叫曹變蛟和吳三桂。
沒錯，是後來鼎鼎大名的漢奸吳三桂，這時候吳三桂才十八歲，他是錦州總兵吳襄的兒子，祖大壽的外甥，如果不看後來的事，他英勇善戰，又極有天賦，在帶兵打仗方面，確實是個極難得的人才，而且人又極為孝順。
崇禎死後，李自成佔據北京稱帝，吳三桂本來要投降李自成，李自成卻要大肆處置明朝的文武官員，吳三桂才投降了滿清。後來他又造大清朝的反，打得康熙節節敗退，如果不是他提前死掉了，說不定真的把滿清攆出關外。
李雲崖對於未來堅持抗戰的將領，自然是萬分尊敬，對於投清的，又有大才能用的，他都決定要用，譬如祖大壽，曾經被滿清困住，假意講和逃回錦州繼續抗清，後來二次被抓，才投降。再比如洪承疇，也是松錦戰役失敗被擒住之後投降的。
李雲崖自認為，如果自己被抓住，未必能夠慷慨赴死，以己度人，把這個道德標準線調降了很多，只要不是像孔有德那種主動去投靠的，都不會刻意排斥。
這次永定門之戰，吳三桂和曹變蛟都立下汗馬功勞，帶兵衝擊敵陣，跟八旗軍一刀一槍地血拼，李雲崖都看在眼裡，所以把他們調來軍校，打算好好培養，也不問他們自己願不願意，直接讓皇上下旨，直接從兵部把人調過來。
戰爭過後，最重要的是善後工作，李雲崖把新軍，現在叫青龍軍戰死的士兵都地焚化，每個人的骨灰裝進特地燒得白瓷罈子裡，裡面放上刻有人名和籍貫的木牌，帶回軍校。
李雲崖請風水先生選了一塊風水寶地，買下來修做烈士陵園，因天寒地凍，不能動土，暫且先行寄存，等來年開春再下葬，對於死亡家屬的撫恤金，李雲崖一致定為一百兩銀子，在這年頭屬於天價了，李雲崖還給烈士軍屬每家分了十畝地，擁有一百年使用權，當然，只能耕種，也可以轉租，但是不可以改做其他用途，比如建房子搞養殖什麼的都不可以，而且也不能買賣。
在新一期的大明侯報上面，李雲崖親自撰文祭奠在這場戰役中犧牲的戰士，不只是青龍軍，也包括京營和各地來的勤王軍，他上學時候作文寫的不錯，看過很多課外書，這回用聲情並茂的語言，先描寫了這場戰役的慘烈，然後敘述軍人的偉大：“我們可能一生都見不到一次慘烈的屠殺，是因為有這樣一群人用生命把屠殺阻擋在國門之外！我們每天可以安靜地吃飯讀書，不用面對敵人血腥的屠刀，是因為有這樣一群人用血肉之軀將敵人的屠刀擎在空中……”
後面闡述軍人這幾百年來所受到的不公平待遇，被人歧視，被人糟蹋，被人作踐：“一個國家的軍人，沒有被敵人踩在腳下，卻被自己人踩在腳下，沒有死在敵人的刀劍之下，卻死在自己人的刀筆之下，這個民族是可悲的，這個國家是要滅亡的……”
這篇文章一出來，再次引起滿朝譁然，重文抑武，以文制武，是開國以來留下來的傳統，甚至這份傳統從宋朝時候開始了，同樣級別的官員，武將遠不如文官來的尊貴，見面先要低頭，很多辭官在家的士大夫們坐不住了，紛紛發聲痛斥妖道禍國，連後宮的周皇後都諫言，說不可以讓李雲崖繼續執掌兵權。
朱由檢犯了中二病，他原以為李雲崖打完這一場勝仗，相當於狠狠扇了那些辭官大臣以及反對李雲崖那些人的臉，能夠讓他們徹底閉嘴，沒想到剛消停幾天又來了，這次北京保衛戰他先後兩次登上城頭，親眼看見了三軍將士拋頭顱灑熱血，被八旗軍殺得手腳亂飛，腸破肚爛仍然奮力抵抗，他也被深深地震驚，終於理解了當初李雲崖在軍校時候跟他說過的那些話，從他心裡也認為，過去軍人的待遇實在太低了，應該予以增加，這次不管是犒賞還是撫卹，他都是加倍了的。
再說，朱由檢深深地認為，後宮不可干政，周皇後卻一再觸及他的底線讓他很不爽，不過周皇後第二胎臨盆在即，他也不好深責，只讓她安心養胎，不要管前朝的事。
第二天，朱由檢下旨，讓李雲崖接管京營，全權處置三營七十二衛大軍。
其實朱由檢並不僅僅是要跟朝臣較勁，這次北京保衛戰，他看出來，現在大明除了李雲崖的青龍軍以外，最能打的當屬遼東軍，然後是如宣大等地的九邊軍，再是各地趕來的勤王軍，最後才是京營軍隊，戰鬥力之弱，簡直令人髮指，京營滿編應該是三十多萬到四十萬人，但這次參加戰爭的明軍總共也才二十萬左右，朱由檢不是傻瓜，他知道京營已經徹底糜爛了，他要李雲崖幫他整飭京營，打造成都跟青龍軍一樣的強軍，他還傳旨六部，不管李雲崖有什麼要求，都要全力配合。
聖旨一下，軍校外面來了許多送禮的，什麼總兵、參將、遊擊等等，都帶著禮物來拜見李雲崖，李雲崖讓李小海幫他甄別，凡是少於五千兩的一概不見！國師的時間寶貴的很，陪你們喝一碗茶拿五千兩銀子，李雲崖自己覺得並不過分，他一面收銀子，一面放出風去，說他準備徹底整頓京營上下一干人等，遇到不順眼的，要用那柄皇上指定的白劍將其斬首，這幫京營裡的官，這些年欺上瞞下，貪贓弄權，買房置地，也撈了不少身家，這回咬著牙變賣家產，不夠五千兩的還要去借錢，只為見上李雲崖一面求他高抬貴手。
李雲崖也不著急，搭不理的，打算等過完年再動手。
遼東方面，朱由檢詢問了他的意見之後，還是派了孫承宗去，有他坐鎮寧錦一代，已經元氣大傷的皇太極三五年之內都打不過來，孫承宗年底啟程趕往遼東，李雲崖親自去送行，特地從中研院調來一位醫生，專門負責孫承宗的飲食起居，日常養生，老頭過完年六十八歲了，在這時代算是很高壽了，在外面領軍，遼東又是苦寒之地，說不定哪天有個頭疼腦熱起不來了。
李雲崖當著孫承宗的面告訴那大夫：“從今年開始，只要孫先生健健康康地活一年，我給你二百兩銀子，他生一次病，扣掉十兩，大病扣掉五十兩，全部扣完把你調回來我再派別人。”
孫承宗聽完十分感激，但也有些哭笑不得：“我這身子骨還算硬朗……”
“哎。”李雲崖擺手，“我們中研院裡的幾位院士都是這個待遇，孫先生跟他們一樣，都是國寶級別的，你們是大明的寶貝，都好好保護起來，如非迫不得已，我一定不讓皇上派你去遼東。好在現在建奴也元氣大傷，這回入寇也搶了不少東西，短時間應該不會再犯邊，孫先生也能輕省些，等我把京營的事忙出頭緒去遼東看望孫先生。”
孫承宗是個比較隨和的人：“國師若真為我著想，不如把你們那火炮調撥遼東一些……”
“等夏天的，我帶上火炮，還有那迫擊炮，掌心|雷，都給你帶點。”李雲崖又告訴負孫承宗的管家，“我給你們帶來的這輛車東西，有羊毛氈子，有大毛毯，有軍大衣，還有火爐，到了那邊給孫先生房間裝修起來，千萬注意避寒保暖。”
目送孫承宗在紛飛的大雪之中漸漸遠去，李雲崖心裡很不舒服，大明朝最終還是要靠這樣一位本該頤養天年的老人去戍邊，可見是年輕人不爭氣啊！
轉過年來，李雲崖開始正式整頓京營，明朝京營在朱元璋建國時候有四十八衛，共二十多萬人，後來明成祖朱棣遷都北京，增加到七十二衛，這時候的京營戰鬥力相當強悍，打仗的時候，以京營為主，地方軍為輔，朱棣屢次暴揍蒙古，是以他們為主力。
明英宗時期，發生了土木堡之變，幾十萬大軍土崩瓦解，死傷狼藉，于謙保留三大營的同時，挑選精銳重新組建十營團。到了成化年間，十營團開始*，變得孱弱，於是從十營團裡挑出精銳，組成十二營團。到了正德年間，十二營團也不行了，朱厚照下令掉邊軍入衛，設立東西官廳。嘉靖年間，又把前面的裁撤掉，重新恢復三大營……
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如今到了崇禎朝，京營賬面上的軍隊數量有十幾萬，但實際上，軍戶大量逃亡，一個本該有五百人的官手下只有二三十人，在這不到三十人當中，又有大大小小的軍官……官比兵多，而且大多數都是老弱病殘，缺少衣甲兵器，一年不曾訓練的都是常事，還被剋扣軍餉，兵部積欠半年，好容易發下來被軍官截留，下邊要積欠一年，甚至更多。
這種軍隊，已經徹底打不了仗了。二月二龍抬頭，李雲崖帶著五千青龍軍唱著精忠報國的軍歌來到京營，把這裡的軍官上到總兵，下到把總全都叫到一起，先清查賬務、軍庫，錢糧軍械全都大量虧空，又讓他們把士兵拉出來，結果稀稀拉拉只有不到三萬老弱病殘，原本還有點青壯的，不過這兩年被李雲崖先後挑走了六千多，後來又在保衛戰時死了不少，現在只剩下這些了。
李雲崖下令把當官的都綁了，有名有姓的，共一千七百六十二人，全部押往兵部，並親手寫了一個摺子，這是他來到大明朝之後寫的第一封奏摺，用鋼筆寫的，他不會寫毛筆字，但鋼筆字還是很靈秀的，滿滿地寫了十摺紙，密密麻麻，詳細列了京營現在的情況，並講了自己在大方向上要如何改革，寫完之後，不經過內閣，派人直接送進宮裡。
朱由檢看完了大發雷霆，他原以為京營已經很爛了，沒想到事實情況比自己事先想的更爛！他把兵部尚書叫過來，狠狠地批評了一頓，讓他一定要從嚴、從重處罰！
這次被建奴打到家門口，幾乎要攻破北京城把自己捉住當俘虜，對壯志勃勃的朱由檢來說簡直是奇恥大辱！他做夢都想李雲崖給他練出一支像青龍軍那樣的軍隊，三千人敢力抗建奴一萬騎兵！不需要多，只要李雲崖給他練出三萬這樣的軍隊，能橫掃建奴，平定遼東，收服瀋陽，把當年因為薩爾滸戰敗丟掉的土地拿回來！
一想到這些，朱由檢很興奮，他寫回信告訴李雲崖，除了銀子之外，你要什麼我給什麼，你說用誰用誰，你說廢誰廢誰，不管你用什麼辦法，一定要把兵給我煉成了！