在人族都城陳都的北方十數萬裡外，有一個中型的人族部落，名有熊，在姬水附近，部落首領名叫少典，他的兩個夫人，一個叫女登，一個叫附寶，乃是一對姐妹。
有一天晚上，附寶見一道電光環繞著北斗樞星，隨即那顆樞星就掉落了下來，附寶由此感應而孕。
附寶懷胎二十四個月，生下了一個孩子，便是軒轅黃帝了。軒轅剛剛出生，廣成子便是來到了有熊部落，正式收軒轅為徒。此子是天生的道胎，是一塊修道璞玉，為了方便教導他，廣成子便直接在有熊部落住了下來。
時間過得飛快，軒轅也是在廣成子的教導下慢慢長大，在其十五歲時，就已經開始幫助其父親少典處理一些部族之事了。廣成子遂要求軒轅白天幫少典治理部落，到了晚上再來跟自己修行。
漸漸成人後，軒轅已是將部落打理得井井有條，有熊部落的發展也是蒸蒸日上。少典見狀，便以自己年老，精力體力不足為藉口，將族長之位讓給了軒轅。
有熊部落在軒轅的帶領下漸漸的發展壯大了起來，附近部落聽聞他是修士仙人之徒，更是一大賢之人，於是紛紛舉族投入了軒轅的麾下。隨著有熊部落發展壯大為一個強大部落，軒轅之名也開始在人族傳播開來了。
當時人族田地廣闊，耕作無數，因為經常不能劃分好是誰的土地，而引起爭端，軒轅在一番苦思後，遂以步丈量分配田畝，將部落裡的土地合理分配，協調勞作，從而使得耕作更加細化有效，糧食大大增產。
在糧食充足的情況下，軒轅又根據所學開始大力訓練軍隊，嚴格治軍，使得有熊部落的軍隊戰力大大提升。
軒轅素有雄心，有感人族部落分散，常有爭鬥內耗，遂決定行王霸之道，一統人族。所以在有熊部落軍隊戰力提升之後，就開始了對外擴張，憑藉著過人的修為和領軍能力，很快便是整合了北方大半的人族部落。
此舉引起了很多部落的不滿，他們沒有信心對抗軒轅，於是告狀告到了人族共主神農氏那裡。
神農氏也覺得軒轅的舉動太過放肆了，遂聯合支持他的眾多部落聯軍欲要與軒轅一戰..
雙方幾番交鋒後，沒佔到什麼大便宜的神農氏，佩服軒轅治軍和領軍能力的同時，有感那些支援他的部落首領實則都是為了各自私力，人心不齊，慢慢認可了軒轅的做法。
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正所謂不打不相識，神農氏和軒轅很快達成了共識，雙方罷兵休戰，神農氏決定將人族共主之位傳於軒轅。
那些有私心的部落首領雖然心中不願，可卻無法違抗神農氏的命令，畢竟他們難以改變整個人族更多有識之輩的決定，軒轅的崛起已是大勢所趨。
與此同時，在洪荒西南的大部落九黎部族中，蚩尤誕生成長了起來。擁有巫族的血脈的九黎，一向不服人族管理，信奉巫修，加上巫族剩下的幾位大巫的支援，同樣修煉到了大巫層次的蚩尤，遂決心透過征戰殺伐一統洪荒人族，到時巫族也可跟著興盛起來，佔得人族高位，甚至他蚩尤成為人族共主，得到人皇之位。
在九黎透過殺伐擴張壯大起來時，在陳都，神農氏有感自己功德圓滿，正式將人族共主之位讓給了軒轅。
地皇歸位，教導神農氏的玄都，以及其間幫助過神農氏的孔宣，都是得到了些功德，孔宣更是收了神農氏的女兒女娃為弟子，修羅一脈也終於算是有了一位三代弟子了。
九黎部落，蚩尤在得知軒轅繼承人族共主之位後，認為時機已經成熟，如今軒轅剛剛成為人族共主，根基不穩，正是九黎起兵的好機會。
在蚩尤的帶領下，尤其是一些巫族強者的加入，令九黎大軍戰力強大，所向披靡，幾乎不可抵擋..
得知九黎起兵，已是接連攻破收服了不少人族部落，軒轅大怒，遂親自領兵出征。九黎雖強，但他背後也有廣成子，還有玉鼎、慈航、清虛等幾位師伯，甚至有修羅一脈這個大靠山，豈會怕了早已衰落的巫族呢？
軒轅與蚩尤戰於逐鹿，九黎大軍兇悍，因有巫族血統，力大無窮，多有能生撕虎豹的勇士，軒轅的軍隊雖然精銳，一開始也是連連受挫落敗，以至損兵折將。
軍隊不如人家精銳，這可怎麼辦？廣成子他們雖修為高深，總不能直接出手去屠戮九黎大軍啊！
正躊躇無奈時，玉帝派西王母弟子九天玄女下凡，傳授了軒轅兵書戰陣之術，其中包含了訓練天兵之法。軒轅研究之後，重新訓練軍隊，很快便是讓麾下大軍戰力提升，藉助戰陣和兵器之利，總算是勉強能夠對抗得了九黎大軍。
多番交戰後，見奈何不了軒轅的蚩尤，遂下令擺下玄陰大陣，此陣法陰毒玄妙，乃是巫族傳承下令。蚩尤又有風伯雨師兩位大巫相助，頓時讓軒轅頭疼不已。廣成子等，以及九天玄女，也都奈何不了那玄陰大陣。
好在後來修羅一脈最擅長陣法一道的雲霄仙子前來，探出了玄陰大陣的門道，指點廣成子等人破陣，大敗九黎大軍。
玄陰大陣被破後，廣成子等大戰蚩尤和風伯雨師，哪怕三人盡皆都是大巫，面對有著厲害靈寶在手的廣成子等人，也沒能佔得了什麼便宜，甚至還吃了些虧，關鍵時刻九鳳現身將蚩尤他們救走。
血海修羅殿中，看著面前懸浮的煞氣逼人的屠巫劍，目光閃爍的修羅老祖突然有所感應，抬頭看著在殿內身影凝聚浮現的后土娘娘，不禁挑眉有些意外道：“難得啊！后土娘娘今日怎麼有暇來我這兒啊？”
“屠巫劍？”看到修羅老祖面前懸浮的那柄散發著濃郁煞氣和凌厲氣息的屠巫劍，秀眉微蹙的后土娘娘，不由目中閃過了一抹傷痛複雜之色：“我此來，乃是為了求老祖，讓我巫族保留一些元氣吧！”
修羅老祖聽了卻是不置可否：“娘娘，你此話不該來對我說的。非是我要對付巫族，而是巫族不甘寂寞，欲要阻止人皇歸位，逆天而行，終究會落得個慘淡下場的。”
“不過娘娘放心，此番我只為軒轅證道，至於巫族，既已漸漸和人族融合，人族是不會將其趕盡殺絕的，”修羅老祖轉而又道：“后羿身為巫族大巫，消失得悄無聲息，娘娘莫非以為我不知道他去了何處？還有刑天，他真的死了嗎？娘娘為了巫族，也真是費盡心思啊！”
聞言神色變幻，目中閃過了一絲複雜之色的后土娘娘，則道：“希望老祖記住今日對我的承諾。”
待得后土娘娘說完身影消散離去，伸手輕拂過屠巫劍使得劍上煞氣內斂的修羅老祖，這才將真武喊來，吩咐他將屠巫劍送去逐鹿，交到軒轅的手中。
另一邊，蚩尤可不是輕易服輸的人，逃走之後，很快便是召集九黎大軍再次殺了回來。這次，他沒有和軒轅硬拼，而是讓風伯雨師操控風雨，欲要藉助自然之力征服軒轅的軍隊。
九天玄女隨即召來天上的女魃讓風消雨止，又讓應龍蓄水淹沒蚩尤大軍，再次打敗蚩尤..
蚩尤帥九黎大軍敗逃，軒轅帥軍追擊，沒想到九鳳和雨師聯手做法，弄出了大霧..