電影的拍攝已經結束，現在已經進入後期處理中。
剪輯那邊，已經請到了《楚門的世界》剪輯師李－史密斯。
他是澳大利亞悉尼人，是個多面手。最早是幹音效剪輯的，後來轉行入電影剪輯並且越混越開。《機械戰警2》、《空難遺夢》都出自他之手。
陳天都之所以找到他，是因為他在未來或會幫克里斯托弗－諾蘭連剪五部片子，剪輯風格十分獨特，兼具個人魅力，也很符合陳天都的觀感。
儘管對李－史密斯有信心，但是剪輯過程中，陳天都依然全程陪同。萬一他在剪輯的時候多剪或者少剪了一些鏡頭，都可能令他的新電影想要表達的效果降低幾分。
所幸，兩人雖然是第一次配合，一些想法卻不謀而合，合作的非常愉快。
陳天都的膠片並不多，他的電影本就不需要太多剪輯動作。兩人對電影節奏進行了探討，都十分贊同快節奏的伶俐轉換，這是剪輯最主要的依據——風格。既然在最重要的事務上達成共識，那麼剩下的劇情剪輯工作就十分順利了，居然只在一週內完成了剪輯。
搞定了剪輯，電影距離真正完成又近了一大步。
因為《黑客帝國》的特效工作並非是拍完之後才做，許多事情都是在跟隨劇組拍攝而隨時進行的。
整部一共有523個特效鏡頭，比原作足足多出111個特效鏡頭。由於《黑客帝國》包含大量特效鏡頭，加之革命性創新特效帶來龐大的工作量，除了自己的特效公司manix外，特效總監邁克爾－辛基又聯合了世界各地的五大特效公司。
矩陣自己負責“子彈時間”特效鏡頭。
“子彈時間”特效《黑客帝國》給人留下最深刻印象的就是“凝固時間”的場面：女主角崔尼蒂在旅館跳起踢翻警察、救世主尼奧在樓頂躲避警探子彈的射擊、尼奧和警探在地鐵裡飛起雙槍對峙（把吳語森的招牌動作凝固在半空）。
這幾組鏡頭都是把一個瞬間的動作時間放大了呈現在觀眾面前，然後帶動觀眾從各個角度欣賞這個瞬間，表達出一種非現實的時間觀點，更能融入影片的故事背景，同時在視覺上具有非常獨特的衝擊力，給觀眾造成了極其難忘的印象。
從視覺效果上來說，“子彈時間”是一種變相的慢鏡頭，它以正常的攝影機速度來展示子彈飛行、格鬥等高速動作，於是看上去這些動作像是慢下來，但觀眾不但不感覺拖沓，反而將速度的快感無限擴大。
當《黑客帝國》中尼奧在旋轉的運鏡中緩慢地傾身躲避子彈，人們第一次真切地看見子彈的執行，看見子彈凝滯時的360度旋轉的全景場面，驚異於這種用“慢速”來體現“快速”的效果衝擊力。
這種以“慢”來體現快的方法，吳語森原先是最為興致勃勃的實踐者，他的那些慢鏡頭射擊場景，對後來者都產生了深遠的影響，這就是所謂的暴力美學。
而在《黑客帝國》中，則將這種方法用到凝固子彈速度這種極端程度。
陳天都更知道，在未來的時空內，《黑客帝國》上映後，“子彈時間”特效成了它的一塊招牌，言《黑客帝國》必提“子彈時間”。
這個特效後來也是被模仿得最多的銀幕特技之一，很多電影、電視和廣告都對它進行了模仿，其中比較有名的有《霹靂嬌娃》、《怪物史萊克》、《恐怖電影》等，“子彈時間”特效後來在《劍魚行動》(2001)中得到了發揚光大，其開篇的爆炸場景簡直酷翻了天。
剩下的法國的buf公司，主要負責矩陣的綠色下墜字碼效果和其他垂直降落效果；tippett工作室，主要負責全數碼環境的製作和複雜機械物，如電子烏賊)的製作；sony－picture工作室，主要負責創作影片中那些地表通向地心的隧道，還有設計隧道中的一些大場面，如龐大的電子烏賊集結的場景。
giant－killer－robots工作室，主要負責再現地底環境；animal－logic工作室，負責高速公路追車場景的設計，和一些“超正常”角色的創作，例如“超人飛天”。
……
“聖誕，你說到哪去旅遊好呢。日本怎麼樣，哪裡的溫泉文化很普遍，這個季節最適合泡溫泉。”凱特拿著一本旅遊雜誌與正忙碌畫著什麼的陳天都聊著。
“日本泡溫泉？”陳天都頭也不回答道，“會不會太熱，馬上就進入夏天了，你確定還要去洗熱水澡？”
凱特一愣，“好吧，那巴西怎麼樣里約熱內盧基督像，我想去那看看……”她話還未說完，陳天都的手機就響了，他對凱特做了個噤聲的手勢，“邁克爾……現在？好的，我馬上到。”
結束通話電話歉意的看著凱特，“我很抱歉，凱特，恐怕沒時間陪你去旅遊。你知道的，電影後期制作離不開我。要不你一個人先去，下次再去也會更熟一點。”
凱特：“……”
特效製作部門的有效性關係到整部影片的成敗，為了避免工作分散給協調和整合工作帶來的麻煩，陳天都與邁克爾－辛基幾乎住在一起了，讓凱特埋怨不已，最後還是一個人去旅遊了。
好萊塢狗仔恰好抓到了她一個人度假的照片，八卦報紙上便出現了陳天都、凱特分手的傳聞。
對此陳天都一無所知，他與邁克爾進行密切磋商，需要整合前期到後期特效製作的整個流程。不僅僅是為這一部電影，續集電影中的特效都有了完整的定案。
譬如錫安的場景，超過25000只機械烏賊洪流的龐大規模，更強大的空中對戰等場景。還設計了“zion－man‘（錫安主機）”這個世界電影史上功能最強大、完備的特效管理信息系統。當然要科幻感和未來感，作業系統一律虛擬畫面顯影（類似《鋼鐵俠》作業系統）。
當然，這些都需要在以後的續集中才能看到，估計這也是好萊塢史上第一次在電影拍攝中運用如此龐大的計算機信息管理系統。
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透過“數碼日記”和“拍攝程序”系統，整個攝制組中從事數碼加工、概念設計、故事藍圖描繪、電腦輔助設計、三維模型設計的工作人員，都可以得到想要的場景設計、高解析度模型和處於各拍攝程序當中的所有鏡頭資料，大大地提高了工作效率。
日以繼日的工作下，整個後期制作過程，終於在五月下旬正式結束。
這一天，在洛杉磯一家並不大的影院內，只坐了寥寥幾個人。售票的服務員被通知今天這個放映廳被人包場還不以為意，可是隨後門口走進來一個又一個觀眾，都差點讓人驚呆。
華納製片部、發行部主管，夢工廠斯皮爾伯格、卡森伯格聯袂出現。還有北美25條主流院線的大人物，即使不是大老闆也會派購票部經理或者副職人員到場。陳天都和孔乙己、佩克幾個早早等在那裡。
“天啊，他們在裡面幹什麼，為什麼要約在電影院談生意？還買爆米花，難道真的是在看電影。”
這個售票員有點小神通，他經常關注院線大老闆，正巧認識好幾個。可看到這麼多大人物都鑽進一家放映廳裡，不由驚呆了。咽了口唾沫，他悄悄掏出手機，“喂，是《洛杉磯時報》嗎，我有個大新聞……沒錯，就是大新聞，全美所有主要院線的頭頭、華納、夢工廠高層，還有聖誕－陳也在場，絕對是大新聞……你們能給多少錢？”
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