初九日刑科給事中姚若水進一步提出守山海、薊門的建議：山海、薊門去京才數百裡，不可無重兵守禦。間如黃土嶺、一片石等處，尤當嚴為防護。
姚若水獻策召集往年東征留下來的餘兵，利用其善騎射的長處，讓他們衝鋒陷陣。再於旅順汪家口等地派駐舟師，與鎮江、寬甸兵合，使奴爾哈赤陷於腹背受敵的困境，以守則固，以戰則克，不愁不滅。
在一片緊張備戰的氣氛中，朝廷決定設立山海關鎮，時奴酋犯順，議者謂宜簡大帥據關扼險，分割薊鎮東協三路屬山海關為一鎮。
山海關鎮以六千兵，分左右二營，左營由遊擊吳自勉充本鎮中軍兼管山海路事，右營仍駐三路之中，與東協臺頭營相為犄角，與薊鎮劃地分管。
有人主張加強京城內的防守，唯恐奴爾哈赤所派的jiān細乘機混進宮禁。
萬曆皇帝還允准兵部懸賞：有能擒斬奴爾哈赤者賞銀一萬兩，仍予世職，可晉升為都指揮使；擒斬其餘八大總管、十二親伯叔弟侄及有名頭目等，都從厚從優升賞，分別給予衛指揮使、衛指揮使同知、衛指揮僉事、正千戶；被虜如李永芳等，投虜如佟養性等，若能俘獻奴爾哈赤，俱得免死，可酌情升賞。
受到震動最大的是遼東地區，為了添補空缺，朝廷重新起用了廢將李如柏為鎮守遼東總兵官、徵虜將軍，又徵調廢將杜松屯山海關，劉綎、柴國柱赴京候用。
閏三月初一日，河南道御史熊化上奏反映，遼陽望援至急，建議薊遼總督汪可受移駐廣寧，巡撫李維翰移駐遼陽，與李如柏協力拒守。
與此同時，順天巡撫和保定總兵則移駐山海關，保定巡撫移駐易州，相為接應，以護近郊。
宋朝統治者對遼東地方則把希望寄託於遼東經略身上，而這個人選於三月二日落到了遼東舊巡撫楊鎬名下，起升他為兵部左侍郎兼右僉都御史經略遼東。六月，李維翰被罷職以後，楊鎬又兼遼東巡撫。
萬曆皇帝諭令杜松、劉綎等都催他星馳出關，以備調遣，給了太僕寺金六萬兩，買戰馬。又任命御史陳王庭巡按遼東兼監軍事。
八月，新設遼東餉司於廣寧，管理東征糧餉。
此時，後金軍入鴉鶻關，攻下了清河城，副將鄒儲賢等戰死，遼東地區更加不安，而杜松等尚未出關，調各鎮兵馬也多數未啟程。
萬曆皇帝特賜楊鎬尚方劍，總兵以下不用命者，得以軍法從事，聽說靉陽、寬甸群眾望風奔逃，因靉陽千總陳大道等擅離職守，即斬首以徇。
重開遼東海運，自山東至蓋州並娘娘宮，再轉陸運至廣寧、遼陽。作了如此部署，朝野人士仍然擔心遼東局面難以應付。
正如朝鮮使者所通報的那樣，奴爾哈赤還要進攻遼陽、廣寧，直抵關門，而宋朝統治者忐忑不安的也莫過於此虜深入之念，時刻不忘。
對於遼東戰事，朝廷在困難的情況下，仍然想盡辦法解決軍餉糧草裝備。
五月二十三日，總督倉場戶部尚書張問達奏言：今倉儲空虛，京倉每年支放為二百三十餘石，現在倉之糧為五百八十六萬一千五百餘石，僅有二年之積。
通州倉每年支放七十二萬餘石，現在倉之糧為三十六萬五千八百餘石，不過半年之儲。
所在皆入不敷出，平時已不可支，若有急需更難濟事。額之虧，皆由於積弊日久；用之不足，則由於弊之未清。
五月二十九日，戶科給事中官應震奏：太倉之積，初年尚稱充足。
自徵播州楊應龍、徵東抗倭、徵寧夏哱拜三大役費銀多達一千二百餘萬兩之後，漸告空虛。
近來又因皇太后李氏逝世、福王赴封地、瑞、惠、桂三王婚禮等共費銀至七十餘萬兩。
太倉每年所入止三百七十餘萬兩，正額原以供邊餉，而今諸費皆取於此，加以災傷減免救濟，太倉豈能不匱！
六月初八日，因軍餉缺乏，外解之銀不至，戶部商議向工部、太僕寺各借現銀五十萬兩，以濟九邊軍需。
工部、太僕寺各以庫貯無幾為由，拒絕借給。萬曆皇帝令工部與太僕寺各借給二十萬兩應用，其餘陸續給發。
六月二十一日，戶部尚書李汝華說：太倉每年收入三百八十九萬兩，支出邊餉三百八十一萬兩，其餘庫局內外等用又約三十萬兩，出大於入。
以內供而言，萬曆六年進過大工舖宮各庫監局錢糧共計八十七萬六千三百七十五兩。
二十七年至三十年共進過諸王冊立分封冠婚典禮各錢糧共二百五十五萬七千二百三十七兩，幾乎為一年之收入。
再以邊餉論之，九邊十三鎮邊餉，隆慶間每年共為二百三十九萬左右，今增至現銀計三百八十一萬九千零二十九兩。
加以各省直奏留賑濟災民，仃徵減免，太倉虧額尤不堪言。
六月戶部奏：遼東兵餉，經議需用銀三百萬兩。今內庫已發一百萬兩、南京戶、工二部五十萬兩、太僕寺及水衡八十萬兩，總計二百三十萬兩。
但因此中未解者尚多，而數月以來調兵遼東安家諸費已達五十三萬餘兩。
以前科臣曾建議用俊秀監生捐官納錢，此辦法在山東救荒時曾經實行過；再用裁減衙門役夫工食之半，此在以往東征抗倭時亦一度實行過，請依故事予以允行。萬曆皇帝下詔從其議。
八月十一日，戶部議改折南京倉糧充邊餉，已報行。而南京戶部則只同意以今年倉糧之半改折濟邊，另一半留給軍士。
戶部說：萬曆三十五年南糧，今始動支，則實有九年之積，改折二年何損，萬曆皇帝命下會議，至同年十月十七日經會議定改折南京倉糧一年助邊。
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宋朝初期曾行海運，通餉遼東，後一度停止，至萬曆三十六年八月，以遼東形勢日趨危急，兵餉缺乏，又議開海運餉遼。
當時議行登、萊海運，山東巡撫李長庚說：自登州望鐵山西北口至羊頭凹，歷中島、長行島抵北信口，又歷兔兒島至深井，至蓋州，剝運一百二十裡，至娘娘宮登陸，至廣寧一百八十裡，至遼陽一百六十裡，每石所費不過銀一兩。
戶部會議以為便，萬曆皇帝於該月十六日下詔行之。