1916年9月1日，身在法國遊學的蔡元培收到中國駐法使館轉來的電報，電報是由民國政府教育部部長範源濂發來的，聘請蔡元培擔任北大校長。從1898年京師大學堂建立開始，當時北大建校僅僅18年，1916年時的北大雖然已經改名為國立北京大學，其作為“皇家大學”的官僚氣與衙門氣依然是濃厚的，教員中有不少是北洋政府的官僚，這些教師即使不學無術也受到學生的巴結，以便日後自己當官仕途方便。
陶希聖對那時的北大曾有這樣的回憶：民國初年，貴族子弟仍然不少，學生和教員仍然是八大胡同，也就是當時北京妓院集中地，受歡迎的重要顧客。北大的這種腐敗名聲，蔡元培早有所聞，他下定決心要整治教務。1916年1月6日，蔡元培接受了北洋政府大總統黎元洪的北大校長委任狀。
1917年1月4日，蔡元培赴北大上任，據當時正在北大上學的顧頡剛的回憶，到任當天，校工們在門口恭恭敬敬地排隊向蔡行禮，蔡脫下自己頭上的禮帽，鄭重其事地向校工們回鞠了一個躬，這就使校工和學生們是大為驚訝，蔡元培從來也沒有把北大校長一職當做是一個官職。
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他不做官，也要求學生們不做官。蔡元培對學生們說，諸君須抱定宗旨為求學而來，入法科者，非為做官，入商科者，非為致富，宗旨既定，自趨正軌。蔡元培1月4日到北大上任，1月11日就呈請教育部聘請陳獨秀出任文科學長，為請來陳獨秀，蔡元培三顧茅廬，他的誠意和胸懷最終說服了陳獨秀，使陳獨秀決定將《新青年》搬到北京來，這才有了後來以北京為中心的轟轟烈烈的新文化運動和“五四”運動。
此後陳獨秀又推薦了胡適，聘請陳獨秀與胡適是蔡元培“兼容幷包，思想自由”的著名八字方針下的兩段佳話。蔡決心以這八個字來塑造北大。在“兼容幷包的精神下，北大吸引了中國的各路學術精英，以文科為例，從陳獨秀、胡適、李大釗、錢玄同、劉半農、周作人、魯迅，到辜鴻銘、劉師培、黃侃，大師雲集。
各種文化社團是風起雲湧。師生問難質疑，坐而論道的學風，民主自由的風氣開始形成，成為北大異於其他大學，吸引後來一代又一代學子的獨特傳統。
實行教授治校也是蔡元培在國外留學期間感悟得到的。在蔡任北大校長期間，建立起教授會、評議會，各科學長由教授會公舉等舉措，都是仿效德國大學的管理辦法。
北大內部紛爭的複雜背景
當初蔡元培入主北大，就是要以“兼容幷包”的精神改造北大，重建北大，將北大變為真正意義上的中國最高學府。這勢必會在用人上引發一些觀念上的矛盾，例如新文化運動和守舊文人之間的爭執。這種爭執其實只是表面現象，其深層次原因還是思想觀念和政治因素。革命元老蔡元培到北大當校長，是黎元洪當大總統時候的事情，現在北京政府權力掌握在段祺瑞和安福系的手裡，蔡元培實際上與段祺瑞政府處於全面的對立狀態。
年年初，北大學生傅斯年、羅家倫等主編《新潮》雜誌，其中的激進思想終於授人以柄，北京官場、學界乃至一般知識界，對北大不利的傳言越來越多。
教育部長傅增湘月6日致函蔡元培說：“自《新潮》出版，輦下耆宿對於在事員生，不無微詞。”“近頃所慮，乃在因批評而起辯難，因辯難而涉意氣。倘稍逾學術範圍之外，將益啟黨派新舊之爭，此則不能不引為隱憂耳。
其間林紓寫了兩篇影射小說和致蔡元培的公開信，蔡元培看到林紓的公開信後，公開答覆，就林紓對北京大學的攻擊以及對胡適等人的詆譭，表明了自己的立場和態度。林紓的言行立即引起新文化運動主將們的集體反對。李大釗希望守舊派能夠光明磊落地同新派思想家辯駁、討論。魯迅認為林紓是前清舉人，和民國無關。
段祺瑞和安福系的主要人物都來自安徽，而陳獨秀、胡適這些人也是安徽人，但是這兩股安徽勢力各自爭鋒。陳獨秀在6月被捕時所散發的傳單，其主要鬥爭矛頭指向的就是段祺瑞和安福系的徐樹錚、段芝貴等人。
段祺瑞政府對蔡元培和北大已經嚴重不滿，接下來或許會有所動作。在“五四”前夕，北大和蔡元培處境艱難，他們之所以會被巴黎和會外交失敗的傳言觸動，發起“五四”運動，也是不希望坐等政府來收拾處置他們。（未完待續）