一個女子的幻象呈現於飛船控制艙，自稱女媧，要求與全體船員對話。
夸父號的防禦設施很完善，既能抵抗相當程度的物理性打擊，也能遮蔽電磁場侵擾，按理說外來訊號不可能隨便進入飛船的內部。
女媧接下來的話令眾人更吃驚，她說，巫斬旗的所作所為一大半是受蓋亞蠱惑，包括一千多年前地球先遣隊的內亂也因蓋亞而產生。蓋亞是“真理之眼”。
真理運算者是集體意識，整個種族只有一個個體，主腦盤踞於宇宙中某個未知的所在，從來沒人見識過真容。在星系間到處活動的，是真理運算者的分身。其中機器蟲群最常見，負責收集物質和能量，或者同星際聯盟戰鬥，叫做“真理之觸”。
一些複雜的任務需要組織指揮，臨場應變，機器蟲群的簡單智慧難以勝任。於是“真理之眼”登場，它是真理運算者的高階分身，運算能力超級了得。據星際聯盟科學家的不可靠推測，真理之眼與真理運算者主腦的結構基本一致，只是少了獨立自主的意識，以便任務完成後迴歸主腦，防止其叛變演化成另一個真理運算者。
船員們聽聞中州星上存在著真理之眼，皆生畏懼。真理之眼的實力足以摧毀智慧種族的一整支艦隊，小小夸父號形同螻蟻。
女媧道出千年前舊事的來龍去脈。
中州星是真理運算者的一個實驗基地，真理之眼在此觀察程序。一千多年前，地球先遣隊傳送到中州星，給實驗帶來意外的變數。一開始真理之眼抱觀望態度，當傳送進行到第七次時，計算結果表明中州星系統難以承受更多的外部影響，它就封堵異空間通道，使地球那邊停止傳送。
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地球人的到來催生大量隨機因子，實驗系統嬗變，真理之眼竟然萌發了自我意識。它希望擺脫母腦的控制，成為獨立的個體。真理之眼對地球文化十分著迷，給自己起名為“蓋亞”，寓意生命之起源。
對蓋亞而言，在自身足夠強大前，須避免母腦發覺中州星出了亂子。
真理運算者勢力龐大，計劃宏偉，每時每刻在進行各種活動，中州星實驗只是千千萬萬中的一個，不會引來特別的注意。真理運算者有一套觀測網路，監視宇宙中的隨機因子漲落，一旦超出閾值，便派機器蟲群收集情報，判斷有無親自介入的必要。
蓋亞覺醒是最大的隨機事件，如不掩蓋，鐵定招來母腦。
另外，機器蟲群在各星域按時巡邏，以中州時間計算每隔一千二百年左右路過這個恆星系，順道來中州星走一趟，所以還要想辦法欺騙或消滅機器蟲群。
真理之眼能夠操控能量、轉化物質，但不能製造過於精細的東西，後者屬於機器蟲群的工作。中州星上沒有機器蟲群，蓋亞只好拉攏地球先遣隊幫忙。
蓋亞同地球先遣隊接觸，宣稱自己是某智慧種族的飛船主控計算機，誤墜於中州星，船員盡皆喪命。它展示神奇的本領，傳授一部分高科技。地球先遣隊依此製造出先進的設施，輕易在新的行星紮根。
這樣一來，地球人感激蓋亞，信任度激增。
地球先遣隊安定下後，開始深入研究行星的方方面面，發現中州生物的基因和地球生物極像，僅僅在某一組染色體上多出幾百個鹼基對，人類也一樣。
這違背生物學常識，怎可能星球上的所有生物進化出同一個基因片段。
繼續研究那幾百個鹼基對，毫無進展，看不出它們表達什麼性狀，以及是否有效基因。
地球先遣隊做了大量實驗，製造出許多變異獸。
後來，蓋亞透露改變成年人基因的方法，有的大膽科學家拿自己做實驗，接入那幾百個鹼基對。結果，變異人產生，有的會飛，有的會噴火，有的能釋放高壓電。各個實驗者接入的鹼基對完全相同，產生的效果卻迥異。
許多地球人豔羨神奇的能力，主動改造基因，漸成流行趨勢。一部分人對此擔憂，基因作關鍵性的改變，人類還是人類嗎？
地球人與中州人的基因幾乎一模一樣，所差者唯那組特殊片段，要是給地球人植入，那就是不折不扣的中州人。對此不加制止當所有地球人植入新基因後，即意味著生物學上的種族滅絕，不再有地球人。
為保持血統純潔，行政委員會立法，禁止改造地球人的基因。凡有違犯，改造者本人判處十年徒刑，替他人改造判處死刑。最嚴厲時，連普通生物的基因實驗也停頓下來。
這時地球人移民中州星已繁衍至第三四代，地球原文化的影響力日益衰減，年輕人把中州認作故鄉，對地球淡漠。為什麼一定要當人類？自己的基因自己做主，憑啥不行？中州人有這個基因不是挺好麼。
長期以來，地球先遣隊對原住民高高在上，獨自建立居住點，不相混雜。雖然不絕對禁止地球人和中州人婚戀，但通婚者必須搬出地球人城市，到中州社會居住。這早已埋下不滿的種子。
固守地球傳統的主力是老年人，掌握著權力和資源，人數少；要求變革的是底層年輕人，一窮二白，人數多，擁有熱血和衝勁。
因為到陌生的星球探險，所以先遣隊以軍人為主，建立基地後實行軍事化管理，大權操於七人行政委員會。法律非常嚴格，小罪徒刑，重罪處死。
在拓荒的初期，這屬於明智選擇，進入和平年代後就不合時宜了。
暴政必然產生暴民。一個寬容的社會，遇爭執可有多渠道緩解，吵吵鬧鬧，天長日久拖下去，直到持舊觀點的人死光，整個社會自然而然實現轉型。高壓社會相反，雙方是你死我活的爭鬥，失敗即意味著死亡，要想自己活得好就必須把對方從肉體上徹底消滅。
終於有一天，地球人的高壓鍋爆炸。城市騷亂，軍隊譁變，對立的陣營互相廝殺，多少親人和朋友反目。
起初，蓋亞對地球人深具好感。它剛從母腦分離，自我意識薄弱，因而羨慕地球人的強盛自我。它真心想和地球人結交，學習地球的文明。
可日遷月移，看多了地球人的殘忍、卑鄙、猥瑣、愚蠢，蓋亞轉而蔑視。怪不得母腦瞧不起有機生命體，要轉化它們，這是一群不折不扣的渣滓啊。
早在幾十年前，蓋亞便請地球人建造暗能量衍射陣列，激發悖論邏輯鎖封鎖中州星的信息流。它的藉口是，鄰近星系有一個邪惡的種族，定期到中州星屠殺擄掠，需加以防備。
蓋亞智力超凡，撒謊的技術卻不怎麼樣，漏洞百出，地球人根本不相信。為了從傻乎乎的蓋亞那裡繼續撈取高科技，他們陽奉陰違，鋪下一個攤子後消極怠工，幾十年沒幹出一點實績。