喬丹就這樣在紐約碰得焦頭爛額。這個時候，他知道怎麼讓記者們閉嘴。他第一個舉動是禁止記者採訪，並且整個公牛隊也皆拒絕會見記者。為此公牛隊被&ba罰款5000美元。
&ba大區決戰採用七戰四勝制，先輸兩陣無需太悲觀。面對困境仍然不慌不忙是傑克遜教練的優點，他說:“先想下一場比賽勝利，才能繼續前進。”接下來的第三戰在主場，公牛隊的表現極佳，完全壓倒尼克斯隊，雖然喬丹的投射欠準，但是球隊仍有100分以上的成績，以10比八破了尼克斯隊。當中以皮蓬的表現最令人注目。這一戰是他們的轉折點，他們重新拾回兩連冠的自信。
第四戰，一直投射失準的喬丹終於恢復狀態，0球入1八球，最後更取得54分之多，完全控制了比賽。公牛隊以105比95獲勝，將總比分扳平。雙方同又回到一條起跑線上
雙方二比二打平之後，公牛隊重回紐約作客的第五戰是關鍵性賽事，因為公牛隊如果要出線，最少要作客紐約時取得1場勝利，由於據過往歷史的顯示，戰至第7仗的時候，主場球隊會取得壓倒性的優勢，因此必須先勝第五戰，然後再取之後主場第六戰的勝利，這樣就會避開第七場比賽。
第五戰最後一連串的表現實在值得重溫，當時公牛隊以1分之微領先，尼克斯隊十分心，尤因和斯塔克斯採用擋拆戰略，這時公牛隊採用的措施就是不讓斯塔克斯做掩護，使他走往相反方向的底線，退到底線的斯塔克斯只好把球回傳給尤因，但被防守尤因的金所擋，球落到史密斯手上，史密斯在籃底嘗試投籃，但這時喬丹已經補了過來，將球蓋回到史密斯的手裡，史密斯接球後又出手，這時皮蓬又跳起來將球蓋掉，同樣球又被史密斯撿到，接下來又被格蘭特蓋掉一次，史密斯總共出手了四次，都被蓋掉。
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最後籃球落在格蘭特的手上，跟著立刻便傳到喬丹手上，喬丹沒有停球就再傳給已經快速反擊的阿姆斯特朗，而後者也不負所望投球擦板入籃，最終公牛隊便以分之微勝出此仗。
麥迪遜廣場花園內一片死氣沉沉，紐約球迷均認為尼克斯隊可以得勝，因此十分洩氣，到此時，不僅尼克斯隊忘記了喬丹的大西洋城之行，連挑剔的記者們都開始紛紛轉調、繼續為飛人唱贊歌了。但喬丹依然不接受記者採訪，似乎要將全部精力放在球場上。
第六戰，雖然場地是芝加哥，但是並不輕鬆，喬丹這場比賽的投射再次失準，幸好有皮蓬，皮蓬的出色的表現完全可以填補喬丹，特別是第四節的重要時刻，最後一分鐘時他的三分投射，便是全場具最決定性的一球，他成了公牛隊在這輪賽事中勝出的最大功臣。喬丹的公牛隊以96比八八再度勝出，氣走了本來不可一世的尼克斯隊，也使萊利再一次領教到飛人的厲害。
&ba總決賽的對手是太陽隊，感覺跟91年對湖人隊的時候很相似，當年是魔術師對喬丹，而今年則是巴克利對喬丹，兩次都是好友的對戰。由於公牛和太陽兩隊都是出色的球隊，因此戰況相當白熱化。
在以前，人們問喬丹，為什麼你能和巴克利成為最要好的朋友喬丹答道:“因為我們在場上的位置不同，這樣我們就不需要互相盯防，所以我們才成為最好的朋友。”但這次兩隊交戰，這兩個好朋友之間就展開了一場真刀真槍的鬥爭。用喬丹的話來講:“太陽隊，他們只知道打比賽，但不知道怎樣打贏比賽，這就是太陽和公牛的區別所在。”
雖然這次公牛隊並不佔有主場優勢，賽前人們也不看好公牛隊能奪冠，可喬丹卻信心十足，在出發前的飛機上，傑克遜希望球員們至少能在太陽隊的主場偷回一場勝利，可喬丹卻說道:“為什麼不是贏回兩場呢”
雖然太陽隊中的得分主力是巴克利，可為巴克利提供支援的球員卻是約翰遜，跟對付騎士隊的普萊斯一樣，傑克遜吩咐阿姆斯特朗要緊守約翰遜，由於約翰遜持球後的動作極快，只要半場一對一稍有空隙，便會被他擺脫。
阿姆斯特朗第一戰的防守十分成功，約翰遜第一戰1次出手，只命中4次，第二戰八次出手，也只命中次，而且第一戰的助攻亦只有次。客場比賽結束後，公牛隊果然在客場取得兩場勝利，勝利的天平已經倒向芝加哥這一邊了。
在第三戰時太陽隊主教練在排兵步陣時有了變動，約翰遜的上場時間由前兩場的平均分鐘增至第三場的全場賽事。在三度加時的6分鐘內，除了最後1分鐘外，約翰遜共上陣達6分鐘，取得5分，9次助攻以及7個籃板。度加時後，體力較佳的太陽隊終於取回次勝利。
第四戰時的喬丹又開始發威，這一仗就彷如喬丹的個人戰，決心取勝的喬丹憑一己之力替球隊取得勝利。7次投籃有1球命中，最終以個人的55分帶領公牛隊取勝。
第五戰是決定主場優勢的重要比賽，雖然是主場戰，但是絕對不易應付，大家要考慮的事很多，關係到勝利後跟家人的會面地點，遊行時的路線等。除了喬丹外，其他隊員都已經做好了慶祝的準備。相反，太陽隊則顯得十分輕鬆，好像什麼也不在乎的樣子，雖然喬丹的表現極為活躍，但球隊的表現始終不及太陽，最終在主場落敗，局勢變成三勝二負。
巴克利率領太陽隊在公牛隊的主場贏得兩場，這下公牛的隊員已經沒有了第一次到菲尼克斯時的樂趣，大家都因為第五場的敗戰而心情欠佳，這次喬丹穿了一件相當花哨的衣服，嘴裡還叨著一支大雪茄，在飛機上說道：“讓我們到菲尼克斯慶祝我們的第三次總冠軍吧!冠軍級人馬，你們的狀態如何”就這樣一句話，就將全隊的士氣調動起來。”
比賽前三節，公牛隊的進攻一直很順利，但是進入第四節時，由於主場氣氛熱烈，太陽隊也因此受到感染開始發力反擊，公牛隊的進攻開始不順了，連續出現4秒違例和無謂的失誤。第四節前11分鐘公牛隊就只有喬丹得9分，但在努力防守之下，最後14秒公牛隊以分之差落後，這時太陽隊投籃錯失，公牛隊得到最後反敗為勝的機會。
暫停的時候，傑克遜主教練半開玩笑叫隊員們爭取三分球，不過，作戰方法安排為:後場的喬丹傳球給前場的皮蓬後，再從他右側走過接回傳球，再作投射，而阿姆斯特朗處於同場的右邊，如果喬丹受到防守阻礙的話，亦可以傳球給阿姆斯特朗投。
然而實際進行時，傳球給皮蓬的瞬間，防守皮蓬的巴克利從他的左側跳出攔截，因此本來是打算從右方作攻擊，就在慌忙間由格蘭特和帕克森在左邊展開攻擊。皮蓬過了巴克利向籃底前進，同時格蘭特擺脫了防守他的韋斯特，有見及此，皮蓬便傳球給格蘭特，格蘭特所處的位置距離球籃較遠，不是他的最有效射程，雖然可作簡單投射，但是他在上仗只有分的進賬，而本場比賽的五次投籃亦無一命中，得分方面並不理想，加上在格蘭特接球的時候，一直防守著帕克森的安吉企圖攔截皮蓬傳給格蘭特的球，所以放棄了防守帕克森，於是格蘭特便立刻把球傳給處於三分線外而且無人防守的帕克森，這是一個很好三分球機會，由於帕克森在完全沒有防守下接球，投進了這最重要的一球，將比分反超。
這時距比賽結束還有9秒，最後，太陽隊的攻擊由約翰遜負責，不過，他的投籃卻被格蘭特賞了個火鍋，這時裁判哨響。公牛隊奪得了三連冠。成為&ba繼凱爾特人隊之後年來第一支可以連續三年捧杯的球隊。喬丹當選為總決賽v而喬丹在總決賽中與太陽隊的6場比賽所創下的平均每場41分的紀錄也被載入史冊，至今無人打破。
連續三年長時期的爭戰，喬丹也隱約感到隊內的團結協作正日益分崩離析。然而，就在這個時候，喬丹的父親不幸去世了，
對喬丹來說，9年7月6日是個不祥的日子。這天，喬丹接到一個來自南卡羅萊納州警察局的電話，電話中的訊息震驚了喬丹老喬丹於7月日被槍殺!
喬丹的父親詹姆斯的屍體是在南卡羅菜納州的一片樹林裡被發現的。當時，他正準備開車行駛在南北卡羅萊納州的邊界上，由於疲憊，他在路旁停車休息。就在睡夢之中，被人搶劫槍殺。他的屍體是在幾天後的一個釣魚的人發現的，屍體躺在車的座椅上，頭上有彈孔，死得很悽慘。老喬丹身上的現金不見了，手指上戴的喬丹送給父親的總冠軍戒指也被盜走。
喪父之痛無疑是對喬丹的一個沉重打擊。他一連數天把自己關在屋子裡，不說也不動。當時傳媒對此事議論紛紛，因為警方隨即所拘捕的嫌疑犯都是十八九歲的青年，所以傳媒猜測殺人動機可能會是對籃球痴迷而瘋狂的球迷想要得到總冠軍的戒指，或是其他喬丹的對手的球迷為了打擊喬丹。
由此聯想到格拉芙的狂熱球迷了為保住她不敗的神話刺傷了塞萊斯的事件，91年月到9年6月這段時間，塞萊斯的世界排名幾乎都是世界第一。這對有壇女皇之稱的格拉美衝擊很大。9年，漢堡球公開賽，一名格拉芙的瘋狂球迷為了保持格拉芙的年終第一排名，在塞菜斯賽間休息的時候用匕首刺傷了塞萊斯的背部，這導致塞萊斯當即退出漢堡公開賽，並讓她離開國際壇整整個月，人們更傾向於後一種猜測。這些議論使喬丹感到更加沉痛。他覺得自己對父親的死負有某種責任，雖然他自己也說不清楚究竟是種什麼樣的責任。
在喬丹的心中，父親佔有的位置無人取代。詹姆斯不但是喬丹自然生命的締造者，而且也一直是他的教導者、更是他忠實的觀眾和球迷。喬丹曾回憶到他的童年時代：“我的家給了我爭取成功的信念。我時受的教育非常有益，一直在幫助和推動我成為今天的我。我的品格和笑聲都像我父親，我的商業頭腦和嚴格如同我的母親。”喬丹打球時喜歡伸出舌頭的習慣，就是老喬丹留下的印跡。