在頂住了美國人艦載機群的第一波攻擊後，王崇文下令開始反擊。.org
此時，北洋艦隊與金凱德艦隊的距離被拉近到170海里，對手完全在共和軍“旗魚式”魚雷機的打擊範圍之內。
在一波攻擊之後，海面上顯得有些狼藉，驅逐艦在快速穿梭著，在水面上搜尋的搭救落水的飛行員，自己人或者是敵人。“吉林號”的左前舷挨了一枚航彈，艦身冒著濃煙，但還能夠起降戰機，在它一側執行護衛任務的“長白山號”戰列艦更是挨了三枚航空炸D彈，戰列艦上猛烈的防空炮火使得正在衝向航空艦的美國飛行員們不得不提前進行投彈，“長白山號”前後甲板都燃起了大火，舯部的兩艘交通艇被炸燬，現在火勢已經被撲滅，但軍艦上仍然是濃煙滾滾。
在“吉林號”右側的“齊齊哈爾號”的情形也不好過，兩枚航彈讓這艘防空巡洋艦的上層建築變得一片狼藉。
光捱打不還手肯定不是辦法，王崇文很快就下令對位於艦隊東北方向的金凱德的艦隊進行反擊。這次他派出了四個中隊的攻擊機，兩個中隊的魚雷機，同時有三個中隊的戰鬥機來進行護航。
這差不多是北洋艦隊近一半的攻擊力量，到目前為止，北洋艦隊已經損失了大約50架艦載機，作為攻擊一方的金凱德艦隊的損失更大，在這一波攻擊中，大約有一百二十多架戰機被擊落，這基本上是他近三分之一的艦載機數量。
在派出攻擊編隊之後大約二十分鍾，在中途島西南執行搜尋任務的戰鬥機報告，發現第5艦隊主力，雙方正在向北洋艦隊方向全速逼近，而且對方的艦載機已經升空，正在進行編隊，很明顯，對方已經作好了攻擊準備。
在風帆時代，200海里也許是個遙遠的距離，但自從人類進入到航空時代後，原來需要一天多才能走完的海上路程，如今只是幾十分鍾的事。大約在半個小時後，在共和艦隊南側擔任警戒的驅逐艦雷達就捕捉到了敵機的資訊。
“營口號”驅逐艦拉響了防空警報，從它上面施放的煙霧訊號來看，來襲的敵機數量超乎了人們的意料。斯普魯恩斯一次就派出了幾乎全部的作戰飛機，500多架艦載機遮天蔽日，如同一群龐大的信天翁一樣來勢洶洶，就連擔任外層警戒的共和軍戰鬥機飛行員們也有些發楞，稍稍猶豫之後，一個中隊的戰鬥機還是勇敢地迎著敵人的機群猛衝過去。
“東海艦隊目前的位置？給程司令發報，讓他不要管我們，直拉攻擊美軍第5艦隊！”王崇文判斷形勢之後，料想到今天自己恐怕在劫難逃，程耀恆的艦隊主力還在數百海里之外，肯定來不及對自己進行救援，在命令航空艦上所有的戰鬥機和攻擊機起飛對敵人的機群進行攔截後，他下令電告程耀恆讓其不要管他的安危，首先攻擊敵人的艦隊。
1942年6月17日，上午10點05分，敵人第一波攻擊飛機接近北洋艦隊上空，這中間包括二百一十三架俯衝轟炸機的魚雷機，大約有九十架戰鬥機為其護航。在艦隊南側的水天線上方，出現了一些密密麻麻的小黑點，在陽光的照射下，金屬的機身時不時地閃閃發光。在共和軍戰機的攔截下，時而有幾個黑點拖著一道黑煙墜到海里。
敵機分散開來，分成一個個小隊，起飛攔截的共和軍戰機與敵人護航的戰鬥機纏鬥在一起，從各航空艦上起飛的150架戰鬥機和90多架“海鷂式”攻擊機在奮力對敵機進行著截擊，敵人的轟炸機群分成一個個小隊，時而躲進雲層之中，躲避著戰機的攔截。
首先是一隊“復仇者式”魚雷機繞到艦隊的東北側從低空突入了艦隊的防空圈，10點22分，位於艦隊右側的“歸化城號”巡洋艦的了望哨首先發現了突入的敵機，對著話筒大聲地喊道：“敵人魚雷機，右舷25度，低空接近！”大約16架魚雷機分成兩隊，排成單列縱隊，分別從艦隊的右後方緊貼著海面，突破了外圍戰機的攔截。
位於艦隊右側外圍的三艘驅逐艦和兩艘護衛艦首先開火，其後，兩艘防空巡洋艦和“興安嶺號”戰列艦也開始向敵機進行射擊。敵機從五海里之外飛快地撲來，這些魚雷機的目標瞄準了艦隊右側的“綏遠號”航空艦，又有12架魚雷機出現在了它們側後。
軍艦上的炮手將注意力都集中到了來襲的魚雷機身上，所有的中近程防空火炮一齊猛烈的開火，戰列艦和巡洋艦上的主炮也在向海面上傾洩著炮彈，激起一道道的水幕對敵機進行攔截。一多半的魚雷機被炮火擊落，有一架撞到了炮彈激起的巨大水柱上，直接也裁進了海里，但是還是有9架魚雷機衝近到3000米附近投下了魚雷。
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“綏遠號”在水面上全力向右舷急轉，躲避著海面上急速而來的魚雷，整整兜了一個大圈，居然神奇地躲過了所有的魚雷，當軍艦又恢復原來的航向時，艦上的官兵都大大地松了一口氣。
可是根本沒有喘息的機會，第人第二波攻擊的飛機又到了。
不斷有燃油和彈藥耗盡的戰機降落到航空艦上進行加油和補充彈藥，經過剛才的消耗，又損失了大約50多架戰機，天空中為整個艦隊進行護航的戰鬥機和攻擊機數量只剩下了一百三十多架，各航空艦中的備用戰機也都從機庫裡升到了甲板上。在半個多小時的激烈空戰中，北洋艦隊的損失並不是很大，只有一艘驅逐艦被魚雷擊中而沉沒，另外有兩艘巡洋艦受到損傷。
不過，為了躲避航彈和魚雷的攻擊，整個艦隊的陣形變得相當散亂，整個半徑擴大到了七、八海里左右，各艦艦長都在忙著調整著航向，整理隊形。
還在甲板上的戰機也開始緊急出動，去攔截敵人的機群，又一場激烈的空中戰鬥開始了。
10點51分，敵人的一隊魚雷機從左舷接近，大約5架魚雷機從“科布多號”巡洋艦和“長白山號”戰列艦的頭頂掠過，直奔“黑龍江號”而來，艦隊旗艦上左舷所有的近程防空火炮全部開火，組成一道道密集的彈幕。
當軍艦上所有炮手將注意力全部集中到來襲的數架魚雷機身上時，突然，航空艦上的了望手喊道：“俯衝轟炸機，在我們頭頂！”
數架深綠色的敵機從三千米的高空急整俯衝而下，高空中的雲層為這些敵機提供了良好的隱蔽，這些躲在雲層中的轟炸機等到了最好的攻擊時機！一些零零散散的防空火炮調轉炮口，向著這些從高空中急速而下的黑點猛烈地射擊著，但已經無法阻止敵人的攻擊。
敵機的黑影越來越大，隨著無畏式轟炸機淒厲的呼嘯聲中，從敵人的機身下甩下幾個黑色的物體，數枚航彈對準了“黑龍江號”甲板飛快地變大，在人們剛反應過來的時候，隨著一聲巨大的爆Z炸聲，這艘滿載排量近60000噸的重型戰艦整個都顫動起來，緊接著又是一次更為猛烈的震動，又有一枚航彈擊中了它。
“黑龍江號”被命中兩枚航彈，甲板上頓時燃起了大火，王崇文在剛才的爆炸之中摔倒，當他站起來再觀察海面時，發現在旗艦右側的“河北號”也中了彈，整個艦體都裹在黑色的濃煙之中。