在接下來的幾分鐘裡，對於共和海軍來說簡直就是一場災難，不斷地有俯衝轟炸機和魚雷機闖進艦隊的防空圈中，投下炸D彈和魚雷，處於艦隊最外層的一百多架戰鬥機左支右絀，大部分都被對方的戰鬥機給糾纏住，只有大約五十多架戰機在奮力攔截從高空或是低空接近的敵人機群。.org
整個艦隊的隊形一片混亂，幾艘受傷的軍艦拖著長長的煙跡在海面上轉著彎，儘可能地躲避襲來的魚雷，作為屏護的戰列艦和巡洋艦也陣勢凌亂，象無頭蒼蠅似的在海面上亂竄。艦隊上空炮火炸開一團團的黑煙，猛烈地對著天空進行射擊。
為了躲避轟炸和魚雷，“吉林號”航空艦在海面上整整轉了一個大圈，當它再次調整航向時，已經被整個艦隊甩到了10海里之外，與為其護艦的巡洋艦和驅逐艦一起形成了一個小的防衛圈。
敵人的飛機在艦隊上空肆虐著，艦隊的防空火力可阻擋不住高速機動的戰機群的攻擊，等到共和軍的戰鬥機群再返回到艦隊上空時，近百架敵機已經完成攻擊，正在高速地擺脫逃逸。在數分鍾之內，旗艦“黑龍江號”又被命中兩枚航彈和三枚魚雷，三條魚雷全部都打在了右舷，這艘標準排水量近50000噸的重型戰艦艦全傾斜，甲板上到處都是一片大火。
“河北號”的情況更嚴重，這艘“天津級”航空艦在這波襲擊中只被命中一枚航彈，但卻挨了5枚魚雷，最主要的是動力艙被炸燬，只有靠著備用柴油機在緩慢地行駛。
“綏遠號”受到重創，它挨了兩枚魚雷和一枚航彈，但甲板上的大火已經被撲滅，經過緊急修理後，勉強還可以使用。
另外擔任護衛的“恆山號”、“長白山號”戰列艦也都挨了兩枚魚雷，兩艘戰列艦是替航空艦而硬挨了幾枚魚雷，若是沒有它們的阻擋，恐怕兩艘航空艦只怕現在已經凶多吉少。“齊齊哈爾號“防空巡洋艦在規避魚雷時與“伊春號”驅逐艦撞在了一起，“伊春號”驅逐艦被撞沉，“齊齊哈爾號”艦艏也被撞掉，受到了重創。
另外，“赤塔號”巡洋艦和“漠河號”驅逐艦也都受了傷，海面上一片狼藉，到處都是油汙，軍艦拖著黑煙，消防人員正在奮力地撲滅大火。
“黑龍江號”的機庫裡蔓延著大火，整個飛行甲板都已經變形，王崇文大將和艦隊的參謀人員被轉移到了“長春”號巡洋艦上，整個艦隊的指揮權暫時移交到了“吉林號”上的第12航空艦隊指揮官方春霖少將的手上。
兩艘受創嚴重的航空艦上的飛行人員開始撤離，只留下艦員、損管人員和消防隊員，對軍艦進行拯救。兩艘航空艦的邊上，各有2艘驅逐艦和2艘護衛艦，這些軍艦用高壓水槍向航空艦上噴灑著水柱，幫助它們滅火，其中的一艘驅逐艦還負責向航空艦上的消防設施提供電力。
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程耀恆帶領東海艦隊的主力匆匆趕到戰場，雖然他的艦隊離王崇文還有三百多海里，但斯普魯恩斯的第5艦隊卻進入到了東海艦隊的攻擊範圍，程耀恆的出現，挽救了北洋艦隊的命運。
斯普魯恩斯正在準備下一波的攻擊，當他向西南派出的偵察機報告說發現增援的共和艦隊後，這位海軍少將果斷地放棄了攻擊，命令艦隊全力向東南方向後撤。在兩次攻擊行動中他已經損失了三分之一的轟炸機和大約一半的護航戰鬥機，如果按照尼米茲的命令再次給中途島附近的共和艦隊進行攻擊的話，很有可能在共和艦隊的攻擊中毫無還手之力，遭受重大的損失。
稍稍讓王崇文感到欣慰的是對金凱德艦隊發動攻擊的航空兵發回電報，共和軍對敵人的攻擊十分有效，由於攻擊時金凱德的艦隊正在忙於回收戰機，他手上的四艘航空艦都受到了不同程度的攻擊，其中“胡蜂號”和“大黃蜂號”受到重創。
11點30分，代理指揮的方春霖少將下令整個艦隊向西南方向程耀恆大將所在的方位退卻，由唯一還能夠作戰的“吉林號”航空艦負責斷後，整個艦隊開始向後退出戰鬥。
“河北號”受到的損傷最為嚴重，大部分鍋爐已經停止工作，航速已經降到了6節，雖然火勢已經得到了控制，但整個艦體傾斜嚴重。在經過重新評估後，王崇文下令棄艦，因為整個艦隊目前還處在危險當中，如果是在正常情況下，這艘航空戰艦還有一些挽救的可能。軍艦上的人員開始撤離，但這艘戰艦依然頑強地浮在水面。
在搜救完艦上的倖存人員後，王崇文大將下令“琿春號”號驅逐艦向這艘航空艦發射了四枚魚雷，最終將其擊沉。
黃昏時分，受到重創的北洋艦隊與程耀恆率領的東海艦隊會合，兩支艦隊一起向關島方向退卻，總參謀部下令放棄了失敗的中途島戰役，艦隊開始返航。
王崇文轉移到了程耀恆大將的旗艦“青海號”航空戰艦上，從側舷登上“青海號”甲板上的海軍大將神情顯得有些沮喪，自己指揮的一場海上戰役以失利而結束，而且還損失了一艘航空戰艦，放到誰的身上都會感到不高興。
不過，到了半夜，在夏威夷群島一帶活動的潛艇部隊卻傳回了一個好消息，他們向在海戰中受傷的金凱德艦隊發動了魚雷攻擊，並且擊沉“胡蜂號”和“大黃蜂號”兩艘老式艦隊航空艦，總算是又為王大將挽回了顏面。
一場雖然激烈卻毫無多大意義的海面結束，交戰雙方的目的其實都在對方的艦隊身上，相比較而言，尼米茲的戰略還算成功，如果不是在返航途中遭受潛艇攻擊的話，共和海軍的損失應該在對手之上。
經過這場海戰，美國海軍的信心終於恢復，但雙方也已經意識到，要想在一場決戰中摧毀對手是件不可能完成的事情，最終的戰爭結果將會是一個長期而漫長的雙方互相消耗的過程。但隨著裝備的越來越強大，相隔著太平洋的兩個敵手，卻又都對對方必存忌憚，變得更加小心翼翼起來。
戰爭進行到現在，發生了一些微妙的變化，俄國人在經歷了最初的潰敗之後，逐漸又恢復了生氣，經過一個冬天的喘息，在朱亞什維利格勒與德軍展開了殊死的戰鬥，希特勒自認為是無敵的德國鐵流，最終被俄國人阻擋住了。
在俄國戰場，德國人開始顯露出兵力不足的弱點，蘇軍在穩住陣腳後，開始進行一些區域性的反攻，希特勒開始意識到了失敗的可能，脾氣也變得越加暴躁，讓人難以捉摸。
而在共和軍方面，也開始進行一些戰略調整，減緩了進攻的強度和步伐，並在區域性開始實行防禦戰略。