等到效忠法蘭西共和國的地中海軍團在第一次土倫攻防戰失敗之後，受到干涉軍重點攻擊的西線部隊不得不丟掉所有的外圍炮臺與多面堡，還主動棄守了奧利烏爾，退到距離土倫西北20多公裡外的勒博塞與邦多勒一線；而在共和國-軍的東線，拉波普將軍指揮的師團同樣放棄了布倫海角與法隆山，選擇在10公里外的拉加爾德與勒普拉代一帶組織防禦陣地，並向巴黎尋求援軍。
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很是不幸的，法軍炮兵指揮官馬爾田中校在堅守炮兵陣地，下令還擊英西艦隊時，不幸被敵艦發射的24磅炮彈擊中，當場陣亡。但對於拿破崙而言，卻是絕好的機遇，那位卡爾託將軍想到了矮個子的科西嘉人，隨即派馬爾蒙中尉將拿破崙中校請回地中海軍團，擔當新的炮兵指揮官。
另一方面，在順利攻佔奧利烏爾與法隆山後，干涉軍的總指揮奧哈臘將軍見好就收，沒有下令部隊繼續追擊飽受重創的東西線法軍。那是聯軍的地面部隊，包括英西聯軍，法國保王黨部隊，再加上一些那不勒斯王國和撒丁-皮埃蒙特王國的軍隊，再扣除第一次土倫攻防戰中的損失數量，干涉軍目前僅剩下2萬兵力，還不足以守住土倫城安危所繫的那許多環城陣地的。
此戰之前，英國的奧哈臘將軍就曾向小皮特首相寫報告說：想要守住土倫，反擊法國人即將到來第二次的全面進攻，將其打造成為保王黨人的南方基地，就需要將干涉軍的地面部隊增加到 5萬人的兵力。需要說明的，這個數字相當於英國當時陸軍正規軍兵力的2倍多。
由於海陸之爭以及歷史等諸多因素，英國陸軍（前身議會軍）一直採取募兵制，總兵力也始終維持在2到3萬人之間。對此，小皮特首相唯有回覆奧哈臘將軍說，最多只能將守衛直布羅陀的兵力再抽調一半（1千人），派往土倫參戰。
此外，奧地利軍隊已重新在薩伏伊和尼斯一帶組織強大攻勢，從而牽制法國的阿爾卑斯軍團與北義大利軍團，防止它們向土倫增援。不僅如此，小威廉皮特還在自己的首相官邸緊急約見了葡萄牙、西班牙、撒丁（皮埃蒙特）與那不勒斯等國駐倫敦大使，希望上述各國能夠向土倫派遣更多的地面部隊，支援正義事業。
不過，西班牙大使已經代表馬德里方面明確表示拒絕再向土倫增兵，那是白廳和威斯敏斯特宮堅決不同意將直布羅陀作為兩國友誼的象徵，重新歸還給西班牙王國；其他國家大使倒是爽快的答應了英國首相的請求，但大家派兵不多。其中葡萄牙王國屬於第一次出兵參戰，也僅有1個步兵團和5百人的騎兵。
預計等到數週之後，多國部隊干涉軍總兵力將增加到3萬。如果奧哈臘將軍能讓土倫一直堅守到4月，英國首相保證將聯軍部隊將突破5萬。為彌補兵力不足的難題，奧哈臘將軍允許巴蒂斯特伯爵在保王黨人和水手中再招募5千新兵。
……
在波拿巴到達勒博塞，即地中海軍團指揮部時，他很是悲哀的發現西線法軍在之前的撤退途中，損失了八成以上的火炮和六成多的炮兵（很多人是選擇當了逃兵）。一番清點過後，這位新炮兵指揮官發現自己手中僅有幾門野戰炮、3門12磅大炮和兩門攻城臼炮。與里昂戰役時的盛況相比，不可同日而語。
此時，就連知曉實情的朱諾上尉、馬爾蒙中尉與繆拉中尉，在面對糟糕的情況時，也只能一籌莫展地看著拿破崙。如今的炮兵倉庫裡既無彈藥，也無維修工具；尤其重要的是新炮手素質太差，根本不知如何使用，缺乏正規化訓練。
在第一次土倫圍攻戰失利之後，軍團司令官卡爾託將軍便無心指揮部隊。為了自己的項上人頭不丟失於斷頭臺，畫家將軍正忙著向遠在巴黎的救國委員會進行解釋，推脫與減輕自己的戰敗責任。慶幸的是，這位卡爾託與雅克-大衛（治安委員會委員）的關係非常好，而畫家大衛又屬於羅伯斯庇爾身邊的鐵桿親信。
等到數週之後，救國委員會也僅僅讓特派員巴拉斯嚴厲訓斥了畫家將軍的無能，隨即將其調任到旺代地區任職。至於已經由“地中海軍團”更名為“土倫軍團”的新任司令官人選，巴黎方面委派了一位胖嘟嘟的牙醫（多佩將軍）擔當。
從就任之初到1月中下旬的這5周時間裡，拿破崙中校著手重整土倫軍團的炮兵部隊。他首先開辦了一個炮兵（行軍）學校，親自與馬爾蒙中尉，還有經驗豐富的炮兵士官教導新炮手，讓菜鳥們學習如何使用發射表來計算火炮的打擊距離，如何保養與運輸火炮，構築炮兵陣地並加以隱蔽，如何高效率的發射火炮。
另外，拿破崙寫信給哥哥約瑟夫，從而藉助了薩利切蒂特派員的影響力，搞到了一份徵調令，並派出朱諾上尉分別前往里昂、布裡昂松和格勒諾布爾，去蒐集一切可能對自己有用的炮兵專用軍械器材。
此外，拿破崙還指派繆拉中尉前往北義大利軍團，拜會對自己有好感的迪戈米埃老將軍，希望後者能提供一批部署於昂蒂布和尼斯的24磅重炮。那是該軍團主要應對東面的撒丁與奧地利聯軍地面部隊，無需太多的大口徑攻城炮。
最後，拿破崙在軍團駐地勒博塞建立了一個火炮修理廠和一個彈藥製造廠。他再度藉助巴黎特派員的徵召令，從尼斯直到瓦朗斯和蒙彼利埃一帶徵用了大量馬匹和木匠、鐵匠師傅，安排馬賽的手工業主每天生產五千個築城柳條筐。
此時此刻，這位炮兵中校所扮演的角色，不再僅限於一個簡單的戰場指揮官，而是一場軍事行動的事前策劃人與事中組織者。從迴歸軍營的那一刻開始，拿破崙總是和他的部下在一起，他用自己的工作熱情鼓舞著士兵重塑勇氣。
由於圍攻土倫的部隊中沒有一個搞工程的專業工兵軍官，拿破崙既要擔任炮兵指揮官，又要擔任工程處長、輜重庫房主任。他白天在各地城鎮與軍團司令部裡忙於軍需等事務，晚上就待在炮壘上與士兵們一起過夜。
2月初，已正式接替卡爾託將軍擔任土倫軍團最高指揮官的多佩將軍，他在寫給救國委員會的報告中稱：“我發現這位波拿巴中校總是堅守在自己的工作崗位上；當需要他時，他就裹著大氅，一連好幾天睡在地上，從未離開過炮群。”
由於拿破崙的努力，在不到六星期的時間裡，土倫軍團得到了一百門大口徑的大炮，其中三分之一為遠射程攻城臼炮，以及發射二十四和三十六磅炮彈的大炮；接受嚴格訓練的炮手基本能熟練的掌握發射要領，炮長能依照發射表，現場的環境（風速、高度等）計算填彈量，調整炮口角度；而軍工廠與維修工廠的存在，使得原本奇缺的炮彈供應重新變得充足起來，火炮故障率大大降低。
透過薩利切蒂特派員，拿破崙從弗雷隆特派員豎立於馬賽監獄裡的行刑臺上，營救了好一批由於厭惡戰爭和屠殺，而自行離開炮兵崗位的炮兵軍官。這些被營救回來的人們中間有加先迪少校，拿破崙就派他擔任馬賽軍械庫的主管。
一切準備就緒之後，拿破崙指揮的炮兵部隊在奧利烏爾城外成功修築了兩座炮壘。在法軍持續三天的狂轟濫炸之後，信心不足的義大利守軍最終放棄了這座城池，繼而退守能夠得到艦炮掩護的幾座多面堡。數天之後，在炮兵的強大火力掩護下，土倫軍團擊敗了西班牙人和叛軍，再度收復了法隆山及其周邊的山谷。
上任不久的軍團司令官多佩將軍，在現場親眼目睹了炮兵在戰場的傑出貢獻後，欣喜如狂的牙醫當即晉升拿破崙中校為炮兵上校，並擔當土倫軍團的炮兵副總監。可即便如此，拿破崙打心眼裡依然看不起提拔自己的多佩將軍。
炮兵上校曾對朋友們私下說：“無論對於要塞築構也好，對於圍攻戰術也好，牙醫和畫家一樣，都是一竅不通的笨蛋……看看吧，我的預言很快就要實現了”。
不久，多佩將軍下令將自己的指揮部從勒博塞搬回了奧利烏爾。
就在入城的第二天上午，這位土倫軍團的司令官召開了一場高階軍事會議，討論從東面或西面發起主攻的問題，亦即討論從拉波普將軍的東路軍防區，或從西線師團駐區發起主攻的問題。由於生病的緣故，拿破崙缺席了此次軍事會議。
在冬天，土倫地區正值地中海溫和多雨的時節，拿破崙一度染病發燒，在病床上躺了倆天。第三天一早，拿破崙所做的第一件事情就是視察炮兵陣地，督促訓練，並聽取匯報。此時，科西嘉人的兩頰顯得越發蒼白，眼圈旁邊起了皺紋，眼神顯得神秘莫測，就如同幽靈一般，使旁人見到就感覺毛骨悚然。
然而，炮手們卻能讀懂拿破崙上校的眼神裡，燃燒著火一般的旺盛精力。也是在這裡，由於拿破崙的滿腔熱情、過人的才略、無畏的膽量，以及那種使天才有別於一般才能的微妙特質。如今，他已經徹底折服了部下們的心。
……