不得不說，日本還是有狂信徒的。手打即使在德川幕府的禁教政策之下，大部分信徒不得不轉入地下活動，但是他們還沒有放棄信仰。
但是，真正的最致命的打擊，也正是因為這個原因。
在鎖國期間，天主教徒受到殘酷血腥的鎮壓，日本天主教徒的數量急劇下降。但是，仍然有一部分人偷偷信仰天主教其中以天主教主要的根據地九州為主要集中地。也就是這裡爆發了標誌日本天主教徒最後一次奮迅的島原之亂。
1634年起，島原天草地區連續發生天災，導致民不聊生。在幕府的殘暴統治之下，以天主教徒為主的民眾，終於爆發了江戶時代最大的一次邪教暴動島原之亂。
儘管教科書上把這次暴動叫農民起義，但是作者覺得，還是叫邪教暴動比較合適。因為其領導骨幹都是信徒，而且都是貴族和武士不是普通農民。還有明確的宗教式的宗旨，無論怎麼看，都和農民不搭邊。
島原之亂的領導人天草四郎，本名益田時貞，父親益田好次是小西井長的家臣。後來時貞被過繼給天草甚兵衛，改名為天草時責。天草自小聰穎過人，有神童之稱，且外表俊秀。有一位相士曾對天草說：閣下面相尊貴，本應掌握天下，只可惜生在德川時代，難成大事。
天草接受天主教思想，在民眾中宣傳天地本同根，萬物是一體，其間並無尊卑之別的教義，被教民奉為天童。
1637年，天草四郎領導了島原天草的信徒暴動史稱島原之亂。
島原之亂的領導人，大多是在大坂冬夏之陣中逃出來的西軍浪人，其中大部分是西軍的天主教徒。西軍戰敗之後，站錯隊的大多數大名不是被沒收就是被減封。老大都保不住了，小弟就更不用說了，很多武士都丟掉了飯碗。
其中一部分在失去主君之後，就逃到了島原天草等地方。其中比較著名的有出仕天草家志岐家的天草五人眾等豪族。他們招募各地浪人，最終推舉天草四郎作為總大將。
在天草四郎的領導下，起義軍迅速佔領島原半島南部的原城，於城上豎立起十字架，掛上畫有十字架和聖像的旗幟。他們宣佈要推翻幕府，建立地上天國，成立天主教信仰的新政府。據統計，參加暴動的教民共三萬七千餘人，其中有戰鬥力的為一萬三千餘人。
同年12月，幕府先後接到島原天草農民起義的訊息，急忙派遣板倉重昌為幕府毒使，赴九州領導鎮壓起義軍。板倉到達九州後對起義軍發動兩次進攻但均以失敗告終。
因此，幕府又派譴松平信綱前往九州督戰。獲此訊息後，板倉感到幕府對自己不信任。，鰓年元旦，在松平信綱到達九州之前，板倉對原城起義軍發動了突擊進攻。但是在天草四郎領導的原城義軍的奮力抗戰下，板倉軍隊大敗損失三千九百餘人板倉重昌戰死。
松平信綱到達九州後，以板倉的失敗為教訓，採用包圍的戰術企圖等待城中糧盡義軍自動瓦解。與此同時，沒有什麼辦法的幕府軍居然請求荷蘭人幫忙炮擊原城。但是荷蘭人也沒有多少大炮，攻擊同樣的不給力，一番折騰之後仍然沒有什麼實際效果。
別看荷蘭人也是信天主教的，但他們動起手來也一點不會客氣。
看到這個，大夥是不是有些眼熟。沒錯這幾乎就是中國太平天國起義的前奏。當年歐美列強照樣是幫助韃子，一點兒也沒有考慮什麼香火之情。
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然而由於圍城，糧食缺乏義軍戰鬥力大大下降。1638年2月28日，幕府軍發動十餘萬軍隊對義軍發起總攻擊，因飢餓力衰，義軍大敗，原城陷落。天草四郎及其屬下全部義軍戰死。島原天草農民起義宣告失敗。
島原之亂結束後，幕府的各藩也受到了嚴厲的處罰，松倉家的當主被判斬首之刑，天草領的領主寺澤高堅被減封，後來在江戶發狂自殺。
島原之亂的失敗，是天主教最後一次在日本中世的歷史舞臺上出現。天草四郎領導的起義軍，依靠著狂熱的信仰，可以用不到一萬五千人的兵力抵擋十餘萬人的幕府軍隊近一年可見一支被宗教洗腦之後的軍隊的堅定性。
正是因為這樣，天主教被幕府更加的敵視，打擊力度進一步加大。
此後，尖主教從此一蹶不振，對於天主教的信仰完全轉入地下人數也非常少。自1549年以來傳入日本的天主教幾乎消失，歷時僅僅不到90年。直到明治維新時期，天主教才重新開始抬頭。
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天主教在日本撲街的原因有很多，分析起來主要哼哼三點，其實都是他們自找的。
其一，天主教這種一神教有著極強的排他性，他們在傳教過程中，所表現出來的對日本神道教佛教，以及儒家思想的反對和藐視，也是自古以神國自尊，深受儒家思想影響的德川統治者所不能容忍的，這是對積澱已久的日本傳統文化的挑戰，自然會引起日本統治者強烈反感和抵制。
此外，天主教還反對日本社會中的一夫多妻制和蓄妾行為，反對墮胎切腹販賣人口等。天主教的此些倫理思想都是直接地正面地與日本傳統倫理道德思想相對立，相衝突，兩者之間的矛盾是不可調和的。
其二，天主傳教規模的擴充套件，信徒的激增，引起幕府的恐慌。1581年，日本全國信徒稱有15萬人。到17世紀初日本全國的天主教徒已激增至75萬人之多天主教已深入民間，遍佈日本各地。傳教士透過把信徒組織起來，編成講組進行有計劃有組織的傳教活動。此種傳教行為使德川幕府深感不安，深恐這些天主教徒被豐臣秀吉的遺族舊臣以及反德川勢力所利用組織暴亂。
而且天主教逐漸滲透到德川幕府統治的內部，形成幕府統治的潛在威脅。天主教不斷滲透到日本社會的各個階層之中，許多地方大名領主中央官吏以及德川氏的近臣都成為虔誠的天主教徒。1609年發生的切支丹武士岡本大八與切支丹大名有馬晴信的瀆職事件，已引起了德川幕府的高度警覺和震驚。且許多切支丹大名武士，對天主教的虔誠程度遠遠超過了對幕府的忠誠。
此外，位於日本西部地區的多數大名領主基本上都是對德川幕府心懷不滿的那種。他們要麼是豐臣政權的遺族或舊臣，要麼就是像島津那種，一向對中央政權陽奉陰違的土皇帝。
而天主教有著很強的凝聚力，就似一張無形的網，將他們緊緊連在一起，形成一種潛在力量。這些潛在力量一旦爆發或被天主教所利用，則足以動搖德川政權的統治。
為此德川幕府為穩固政權統治，必然會採取相應的措施來抑制和打擊天主教。
其三，也就是重要的一點。那就是天主教這個外來的西方宗教並不像是他們宣傳的那樣善良，也並非是僅僅為了信仰。要不荷蘭人怎麼會幫助幕府，對天草義軍開炮。
這些傳教士可都是侵略的開路先鋒，他們與歐洲殖民主義侵略勢力有著千絲萬縷的聯絡，使日本統治壽一直對其心存疑慮和恐懼。雖然他們在日本採取了和平的傳教方針，但那完全是因為日本比較強大他們一時吃不下。
天主教當年一直都是這樣，如果遇到軟柿子，就直接捏了，比如倒黴的印第安人和非洲人，還有菲律賓和越南等地區。而遇到強大的則是採取滲透和平演變等較緩和的方式進行，恍如對中國日本印度等地區就是使用的這種政策。當然使用這種政策的地區，他們都無一例外的遭到了可恥的失敗。
如1596年的聖菲力蒲號事件，就把天主教的侵略本質暴露無疑。在豐臣秀吉的部將增田長盛與該船船長談及西班牙的廣闊領土是如何得到時，船長回答說：先派傳教士，使其國民成為信徒，然後派遣軍隊與信徒裡應外合，征服該國。豐臣秀吉聞此後隨即開始第一次禁止天主教，並對天主教傳教士和信徒進行大肆屠殺。
後來的德川幕府也是一樣他們為維護國家安全和民族尊嚴，防止西方殖民勢力利用天主教東侵即採取極為殘酷的禁教政策打擊消滅天主教也是可以理解的。
當然，到了現代社會，這些顧慮都已經不存在了，所以天主教才重新發展起來了。但是經過了這麼多年的壓制，他們再也牛叉不起來了。
到了現在，日本的天主教信徒也不過才50萬人多點，別說不能和佛教神道教等老牌宗派相比，就連一些大點兒的邪教都比不上。
而且別忘了，現代日本人的宗教思想是很隨意的，比起同屬東亞的韓國人完全是兩回事天知道棒子的腦子是怎麼長的，他們的天主教信徒裡面，有很多的狂信徒。。所以這50萬的水分相當大，虔誠教徒能有5萬人，教廷都可以感謝上帝了。