真實世界裡，傻妞像是感受到了什麼，突然閉上眼睛，過了一會兒對著身旁的高明說道：“尼奧體內的程式已經開始啟動了。現在已經回到了第二層世界。”
“那史密斯呢？”
“主體史密斯的程式碼已經完全斷裂，矩陣的監控程式碼已經剃除，他已經成為病毒了。而由史密斯偽裝的墨菲斯正在前往第二層世界的錫安。”
傻妞投影出一段視屏來，上面正是史密斯在第一次殺死尼奧後，尼奧覺醒並反殺的畫面，而原本可以打的勢均力敵的史密斯，也被尼奧一下秒殺。
但在尼奧離開之後，倒在地上的史密斯又站起身來，茫然的看了會兒周圍的世界，然後像是想到什麼，離開了。
史密斯的作用已經達到了。高明看完這段，站起身來，拍了拍衣服說道：“那地球上的矩陣找的怎麼樣了？”
“已經找到所有的伺服器，矩陣母體所在伺服器也已經確認。”
現實世界的矩陣並沒有隱藏自己的意思，所有的伺服器和生產基地，還有發電機大都存放在地表，僅有幾個在地下的，也沒有做遮蔽措施。
不過也是，這個世界只有矩陣可以自由活動了，還耗費功夫隱藏自己做什麼。這給高明提供了很大的幫助。
“再進行確認史密斯的狀態，確認史密斯沒有被監視的話，就將他初始化，然後你去偽裝成他。”
畫面中的史密斯一愣，一道數據流過，雖然模樣沒有變化，但露出了一個高明十分熟悉的笑容，還對著螢幕比著耶。
“明哥，已經確認過了，不過第三層虛擬空間好像被隔絕了。”
“什麼意思？”
“矩陣母體已經將第三層空間鎖定，除了幾個特定的地方可連通矩陣母體和第二層空間，其他地區已經被封鎖，矩陣似乎要重啟第三層空間。”
傻妞又具現出一個虛擬的地球，然後一個巨大的網將其籠罩住，只有在先知和梅羅紋加那邊有著零星幾個空洞。
“沒事，有尼奧在，重啟不了，準備進入第二層空間吧。”高明也不在意，矩陣是不可能輕易重啟第三層空間的。
矩陣的目的是獲得人類的感情，現在計劃已經進行的很完美，區區一個第三空間，並不會造成阻礙，反而可以更好的成為激發尼奧感情，收集資料的存在。
這一切都在矩陣母體的計算之內，救世主是人類與程式的合體，但他的立場畢竟是維護人類，對抗機器，因此母體完全就可以用“毀滅全人類”來要挾救世主。
這就是救世主的悲劇宿命。
而且高明的目的，是配合著史密斯的能力，讓史密斯將其全部佔領，然後讓矩陣母體強制清除這兩個空間，再配合著梅羅紋加他們們，強佔第一空間，一舉奪下矩陣的控制權。
“等等明哥。”傻妞拉住高明，抬手又投影出一個光屏，“我在現實世界裡找到了錫安。”
“什麼？”
高明表現的有些驚訝，因為高明一直認為錫安只是矩陣做出來的虛擬空間，畢竟高明來到這個世界之後，也沒有看到電影裡出現的飛船。
而是直接看到了被放在罐子當做電池的尼奧，還有在電影裡出現的角色。
不過既然傻妞都這麼說了，高明也不會一直堅持著自己的想法，跟著去看看就知道了。
“臥槽！還真是！”
隨著傻妞的指引，高明很快的來到了一處山谷，站在山頭上眺望，一座機械的城市映入眼簾，高明用神識探查著，密密麻麻的人生活在這裡面。
“傻妞，這是怎麼回事。”
“明哥，這確實是錫安，但也是矩陣。”傻妞投影出錫安的結構圖，“錫安的主機雖然是用著區域網，但是卻直接連結著矩陣母體，不依靠無線傳送訊息，我也是檢查裝置的時候才發現的。”
“而且，明哥你看周圍的環境。”
傻妞將錫安的影象縮小，放大周圍的地圖，指著逐漸飛來的飛船，“這就是尼奧他們乘坐的飛船。”
“等等，尼奧在這裡的話，那之前看到的那個又是誰？”
高明的神識擴散，馬上注意到了數公裡外的飛船，還有坐在裡面的尼奧，然後又將神識延伸到之前發現尼奧電池的地方，裡面的尼奧依舊好好躺在裡面。
“這是一個克隆體，裡面的所有人都是克隆體，這個範圍，才是真正的第二層空間。”
傻妞的地圖再次縮小，以錫安為圓心圈出了一個圓，高明也看到了熟悉的地方，那正是之前發現的，矩陣母體的伺服器所在。
“這是最真實的假象。”傻妞解釋道，“確實存在著一個虛擬的錫安，但也存在著一個真實的錫安。”
傻妞指了指剛剛高明探測到的地方，“這些就是生活在虛擬錫安裡的人類，真實錫安裡都是些克隆人，這些克隆人所感受到的，都會傳送到第二層空間裡。”
因為都是自己的克隆人，克隆人做出的事情都會反饋到虛擬世界中，所以他們並不會懷疑世界的真實性。
再加上矩陣的母體就在旁邊，強大的運算能力完全可以保障不會出現半點差錯，完美的將現實錫安復制到虛擬錫安裡面。
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“只有尼奧不一樣，尼奧是生活在這個世界，而且是半機械半生物狀態，所以他在現實中可以連結到矩陣母體。”
“那虛擬世界中的尼奧呢？”
“虛擬世界中的尼奧是矩陣操控的，根據尼奧在現實中的反應反饋到矩陣上。”
尼奧是救世主，擁有著人類的靈魂和程式的能力，如果也像其他人一樣復制到克隆體身上的話，很容易就會被發現，所以在第二層空間裡的尼奧，只是一個被矩陣母體操控的木偶。
在傻妞的解釋下，高明也明白了，不過也愈發可憐起這個世界的人類了，明明渴望自由，但這所有的一切都是被操控的。
什麼都是假的，第三世界是假的，錫安是假的，救世主是假的，就連他們的身體也是假的。