在文化救國與教育事業有所進展時，軍隊的第一輪改革也在同時進行著。
軍隊嚴重依賴僱傭兵，這是帝國面臨的最致命的問題之一。
羅馬軍隊招募僱傭兵的傳統甚至可以追尋到（古典）羅馬帝國時期，那會兒由於羅馬版圖越來越大，羅馬人也逐漸提供不了充足的兵源，因此僱傭軍成為了必不可少的中堅力量，他們大多數都為羅馬軍團提供輔助性幫助，例如“努米底亞”標槍騎，希臘方陣重步兵等等。
到395年狄奧多西將羅馬帝國分給他的兩個兒子管理時，這一情況更加明顯，尤其是羅馬帝國西部政府。東部帝國相比於西部，無論是制度還是財政都比後者要好許多；而西部帝國除了義大利本土和阿非利加，其餘行省基本上收不上什麼稅，國家政治制度的崩潰，加上連年內戰，以及（本土）國民“鉛中毒”嚴重，本國軍隊的戰鬥力自然一落千丈，皇帝們不得不依靠大量的僱傭兵來維持統治，但僱傭兵本來就非常耗錢，要求的薪水比普通士兵高上不少，自然讓西帝國本就不怎麼好看的財政收入更加難看了，而連年戰事又逼得統治者增加僱傭兵數量，自然加大了財政壓力，而這一切都將轉接到底層社會，社會和經濟的崩潰自然更加嚴重，如此惡迴圈下來，西部帝國到最後甚至無兵可用。
（而且西帝國的僱傭兵還經常反水，給了錢馬上就跑去當二五仔了）
東部帝國吸取了西部帝國的教訓，加之本國經濟良好，戰事較少，以及文官制度的運轉，因此歷代統治者極力排斥軍中僱傭兵及蠻族士兵的數量，因此在很長時間裡東帝國都沒有出現過軍隊大規模叛亂的事情。
一直到查士丁尼一世為止，“大帝”為他的繼承者留下了空空的國庫以及一個危機四伏的帝國，大瘟疫導致帝國無論是經濟還是軍事都已經雙重崩潰，新皇帝面臨這一切幾乎束手無策，為了增加財政收入不得不減少官兵的軍餉，自然導致後者的不滿，甚至叛變。
波斯羅馬戰爭打了整整二十多年，雖然東帝國獲勝，但兩國實則都已經兩敗俱傷，國家接近崩潰的邊緣，阿拉伯人正是抓住了這個機會，才在短短幾年內便橫掃了大半個東帝國和整個薩珊波斯。
在這一時期，軍區制開始實行。
1071年曼奇科特戰役後，尤其是科穆寧王朝時期，軍中僱傭兵數量開始大幅度上升，光在阿來克修斯一世時期就已經很明顯了。而如今，就拿科穆寧軍為例，目前絕大部分都是喬治亞士兵，還有的來自亞美尼亞、有的來自法蘭克、有的來自羅姆蘇丹或更遙遠的阿尤布埃及……而羅馬士兵不僅數量少得可憐，而且戰鬥力也不堪入眼，在軍中作為輔助兵種使用。
還是那句話，如果東帝國想要復興，那麼她就必須要有一支強大的陸軍和海軍，並且中堅力量必須是羅馬人自己。一味的依靠外族僱傭兵，最終自會淪落到毀滅的下場，巴列奧略王朝第二代君主安德洛尼卡二世就體會過這個滋味。
但，軍隊改革必然會引起其他人的不滿，必然出現一系列短時間內很難攻克的問題。
改革就像是分蛋糕，每一次分蛋糕時總會觸碰到別人的利益，就看蛋糕的主人怎麼分配。
不改革，意味著亡國；改革，意味著流血。古往今來，哪個政治家改革時不會引起反對聲甚至是叛亂呢？每一次改革的過程都觸目驚人，改革成功的代價是必然有一部分人流血，甚至被連根拔除。
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想搞不流血改革，隔壁巴列維就是個典型的例子。
阿來克修斯想要改造軍隊，減少僱傭兵數量，第一個反對的就是僱傭兵領袖，這沒什麼好說的；那些與僱傭兵有聯絡的領主也不會同意；提高羅馬士兵的質量和數量，最關鍵的因數就是重建軍區制，以及軍區制改革，這更會引起當地大地主、貴族的強烈反對，因為軍區制最重要的一點就是重新分配土地。
想想看，大地主要的是土地兼併和壟斷，錢都流入自己的褲兜裡，怎麼可能捨得吐出一塊肥肉？
土地兼併不僅嚴重影響軍區制問題，而且還加劇了社會矛盾，因為自由農越來越少，土地都被地主吞併，導致破產者越來越多，最後一個個淪為乞丐，富人越來越有錢，窮人越來越多。
光是阿來克修斯想徹底改革軍隊，都需要面臨這幾大難題，每一個都相當棘手，尤其是最後一點，相當於他要同時跟地主和貴族階級作對，玩的不好第二天就被刺殺了……
因此，阿來克修斯目前只能嘗試第一輪改革，而不是完全改革。改革的核心要點已經說過了，而第一輪主要針對僱傭兵的軍中比例問題。
僱傭兵雖然經常“二五仔”，但在給的錢夠的情況下，一般來說大部分僱傭軍是不會造反的，這也是為什麼歷代皇帝越來越重用僱傭兵（畢竟軍區制出現後，自己人更可怕）。而目前大敵當前，這些僱傭兵暫時成為了對抗拉丁人的中堅力量，因此萬不得解散。
關於羅馬士兵戰鬥力划水的問題，最大因數是之前提到的軍區制問題，考慮到目前時間問題（主要是沒空管領主們），阿來克修斯只在軍區制儲存較好的特拉比松地區重新劃分了幾塊軍區，為中央提供兵力和資源。
阿來克修斯在恢復軍區制的過程中，由中央政府直接負責，堅持希拉剋略時代的原則，實行軍、政權利集中於軍事首腦的一元化管理體制，軍事首腦“將軍”由皇帝親自任命，直接對皇帝負責。
各級軍事官員和士兵在科穆寧軍隊重新佔領和控制的地區按照原軍事編制駐紮下來，並以科穆寧的名義按照兵種和級別重新分配土地，形成新的農兵階層。
重建軍區制還可以促進當地經濟發展，為中央政府減輕財政壓力，提高國庫收入。
但目前受於各種限制，阿來克修斯在接下來很長時間裡，軍區都受制土地大小，雖然受到的壓力會小很多，但提供的兵力卻是少之又少……
想要完全重建軍區制，還需要些年頭，最起碼，先把擴張問題解決了再說吧！