趕到巨蟹宮的穆面前出現了哈迪斯的真正的冥鬥士，他們追問撒加一行人的去向。原來撒加他們在與沙加的小宇宙直接衝突時產生的爆炸中不知所蹤了。
在地暴星獨眼人準備向穆發起進攻時，星矢出現了。但是，突然有人將二人的行動封住，這人正是地妖星繆。他認為撒加一定先去雅典娜所在之處，所以命令獨眼人先去前面的獅子宮。繆在星矢面前現身，竟然是人類無法想象的一堆不定形物。穆對他發出攻擊後突然變成了一條毒蟲，並且從嘴裡噴出了蠶絲，把穆赫星矢封進了繭中。然後繆把自己也包在了繭中，完成了最後的進化，穆讓星矢先去獅子宮，自己一個人對付繆。面對冥界之蝶的繆，穆使用星光滅絕擊敗了繆，但繆卻化身為冥界之蝶繼續跟蹤著穆等一行人。
在獅子宮前倒下的星矢，被隨後趕來的紫龍、瞬、冰河叫醒。在去獅子宮的途中，他們發現了被剝去冥衣倒下的冥鬥士。
到達獅子宮的冥鬥士面前站的是被稱為“黃金獅子”的艾歐利亞。感覺到冥鬥士中有令人懷念的小宇宙而一時不知所措的艾歐利亞，被地伏星的萊米用蟲足帶捆住了。冥鬥士順利透過他身邊向前進發。憤怒的艾歐利亞用強大的小宇宙葬送了萊米。透過獅子宮的冥鬥士們來到了處女宮。但是他們被沙加強大的小宇宙玩弄於股掌之間。然而丘布等三名冥鬥士卻抵擋了沙加對冥鬥士們毀滅性的攻擊，後來明白原委的沙加將他們的冥衣打爛，露出了他們的本來面目。
剩下的冥鬥士成了沙加的對手，地暴星以為在冥想中的沙加是在躲避戰鬥，全力攻擊之餘卻被沙加的“天魔降服”輕鬆擊敗。把冥鬥士們全部打倒後，沙加想問清楚撒加他們的真正心意，但得到的回答只是不惜一切代價要奪取雅典娜的首級。面對這三位最強的黃金聖鬥士，領悟到死的沙加把他們帶入了傳說中的沙羅雙樹園，展開最後的戰鬥。沙加用最大奧義天舞寶輪將他們五感逐一剝奪。走投無路的三人只能使用神話時代以來就被雅典娜禁止使用的終極影之戰法——雅典娜之驚歎。為了不使復活並為哈迪斯的走狗失去意義，他們寧願承受汙名使出了雅典娜之驚歎。之後，沙加在自己選擇的沙羅雙樹園中化為星辰，臨死前向雅典娜傳達了重要的資訊。
為了向雅典娜傳達一切，留在園中的沙加用自己的血在沙羅雙樹的花瓣上寫了什麼，並把他們送到雅典娜所在的地方，然後他的靈魂就完全消失了。
返回處女宮的撒加等人面前所站的，是震怒的艾歐利亞。為了替沙加報仇，艾歐利亞發起了致命攻擊。但是穆在一旁冷靜的思考沙加死去的真正意義。這時，米羅也離開天蠍宮出現在這裡。米羅知道沙加的死之後，也憤怒得向撒加等人發起了攻擊。撒加一行人必須趕到雅典娜身邊，所以準備再次使用雅典娜之驚歎。但是，穆、艾歐利亞和米羅也使出了雅典娜之驚歎。不相上下的雅典娜之驚歎如果有哪一方失去平衡的話，聖域就會毀滅。
雅典娜之驚歎的激戰，因為力量平衡而進入僵持階段，強大的小宇宙在處女宮不斷膨脹。星矢等青銅聖鬥士為了阻止一切的大爆發把自己的小宇宙上升到了最高極限。終於將雅典娜之驚歎推向天空消解。雅典娜知道了沙加死去的意義之後下定了決心，她命令穆等人將三人帶來雅典娜神殿。並且，雅典娜把黃金短劍遞給了撒加，讓他殺了自己。撒加雖然知道雅典娜的心意，但始終無法對她下手，這時，雅典娜從撒加手中取過短劍，刺向自己的喉嚨。
星矢等人為雅典娜之死而悲傷之時，史昂出現了，並且告訴他們，真正的戰鬥現在才開始。
史昂向星矢他們說出了沙加和雅典娜之死的真正意義，並且道明了全部真相。史昂手上沾滿了神血，朝向雅典娜神像發出了召喚，因為這些血，雅典娜神像變成了女神的聖衣。為了女神的聖衣的復活，必須要女神自己的血，知道這一切的只有當時是教皇的史昂一人。為了這個目的，史昂藉著哈迪斯的誘惑，趁機進入了十二宮。因為一直處在哈迪斯的監視之下，撒加他們只能隱瞞真相，甚至不惜使用雅典娜之驚歎。史昂用雅典娜的血使青銅聖衣復活，他以教皇的名義命令青銅聖鬥士深入哈迪斯城，打倒哈迪斯。在哈迪斯城，拉達曼迪斯由於私自派出冥鬥士到聖域，受到潘多拉的責罰。比星矢他們早一步到達哈迪斯城的穆等人受到了冥界三巨頭之一的天猛星拉達曼提斯的攻擊，無法前進。
這時，穿著全新聖衣的青銅聖鬥士們出現了。
青銅聖鬥士們勇敢地面對拉達曼提斯，但是穆卻讓他們去幫助撒加，自己來對付拉達曼提斯。與此同時撒加等三人假裝帶著雅典娜的遺體前來求見潘多拉，目的是為了打倒哈迪斯。然而卻因為12小時短暫生命到期而失去力量。
得知雅典娜不顧生死前往冥界的訊息，潘多拉放棄了哈迪斯城，趕回冥界。並將後事託付給地奇星哲洛斯。對於居然趕踩自己師傅的哲洛斯，後來趕到這裡的冰河用極光處刑將其打下冥界。青銅聖鬥士們在追趕前往冥界的潘多拉時發現了拉達曼提斯，而後者打敗了穆等人。在擁有壓倒性實力優勢的拉達曼提斯面前，星矢等人也毫無辦法。但是為了報答黃金聖鬥士們的期望，為了把女神的聖衣送到冥界中等待的雅典娜手中，星矢繼續燃燒自己的小宇宙至第八感，與拉達曼提斯一同掉進了冥界。
哈迪斯城開始崩潰，所有人都必須跳入冥界入口。正當紫龍、冰河及瞬準備跳下的時候，童虎出現並阻止三人。童虎說出要活生生的進入冥界，不受哈迪斯所支配，便要領悟第八感--阿賴耶識，沙加及沙織就是這樣的進入了冥界。所以眾人必須在跳下的時候領悟到第八感，接著四人一同跳下了通往冥界之門。星矢醒來後發現自己已經到達了冥界，連忙喚醒身旁的瞬，接著二人來到了冥界的入口——地獄門。穿過地獄門就是阿格戎河，這時渡河守護者冥鬥士天間星卡隆出現。為了避免無謂的戰鬥，瞬願意把掛在身上的珍貴吊飾摘下交給卡隆作渡河的旅費。二人便讓卡隆載他們到河的對岸。在渡河的中途加路與星矢發生激戰，及後當到達了第一獄的岸邊後，星矢使出流星拳把卡隆打敗。
星矢、瞬來到了第一獄的裁判庭。士兵馬路基諾介紹說，由於守護第一獄的冥鬥士，米諾斯的代行官路尼十分討厭噪音，所以這個裁判庭是不許大聲說話的。正當馬路基諾驚慌失措的報告說有聖鬥士入侵時，由於其大聲說話，所以被路尼用鞭碎屍掉。接著路尼把星矢判到第六獄的第一谷血池地獄，不過被瞬的星雲鎖鏈所救。
突然路尼發覺瞬很像某一人，而且感到害怕起來，於是用巴理隆之鞭使出火焰絞繩，把瞬的身體四分五裂。不過這時瞬的頭顱突然對路尼說話，路尼大驚下走出了法庭，遇到了拉達曼迪斯，開始發現原來是幻覺，而星矢及瞬則安然無恙。
當路尼發覺是幻覺的時候，加隆出現在他的面前，這時，路尼知道了自己是在第一獄中了加隆的幻覺拳，不過他很快被加隆消滅，全身粉碎。這時星矢及瞬也趕來，被加隆教訓了一頓，接著要二人先行。拉達曼迪斯的絕技未能對加隆造成傷害，但是當加隆要使出幻朧魔皇拳的時候，一班冥鬥士突然現身，通知拉達曼迪斯潘多拉要召見他，於是被拉達曼迪斯走脫。最後加隆以一招銀河裂星拳把六名冥鬥士一起幹掉。
星矢及瞬透過了黑風谷，到達了第二獄，卻遇上了有三個頭的巨獸克洛貝斯，同時第二獄的守護者天獸星法拉奧出現了。星矢及瞬打暈了地獄守護犬克洛貝斯後受到了法拉奧的攻擊，這時天琴座白銀聖鬥士歐路菲現身，阻止了法拉奧的攻擊，但是卻使出絃樂夜曲把星矢及瞬打倒，最後把二人帶到一處盛開著鮮花的地方。
星矢及瞬甦醒後，看到眼前一名少女的下身變成了石頭，不久她開始說話，說出了她與歐路菲的故事。原來她名叫尤莉迪絲，她本來是和歐路菲相愛的，不過後來被毒蛇咬了一口，中毒身亡。而歐路菲為了令她復活，所以來到冥界請求哈迪斯。由於歐路菲的琴音出色，令哈迪斯十分喜歡，便答應了他的請求，不過他們離開冥界的時候不可以回頭。結果，法拉奧使了詐，在第二獄留住了他們二人。
歐路菲回來後不久，法拉奧也出現了，他還說出了當年令歐路菲留下的詭計。歐路菲大怒，以雅典娜聖鬥士的身份開始戰鬥。
法拉奧把歐路菲最有攻擊力的G絃線切斷了，不過他的絕技均衡詛咒也被破解了。最後奧魯弗斯把G絃線用牙拉直，使出絃樂夜曲打敗了法拉奧。歐路菲利用每十三日彈琴給哈迪斯的機會，帶同星矢、瞬一起對付哈迪斯。歐路菲把星矢及瞬藏在裝滿鮮花箱子裡，然後帶著二人來到了第八獄的終點朱狄加，到達大廳見到了潘多拉。不過潘多拉認為非常時期一定要先檢驗箱子，結果並未發現異樣。當歐路菲正準備為哈迪斯演奏時，冥界三巨頭天雄星艾亞哥斯、天猛星拉達曼提斯、天貴星米諾斯也來到了大廳。
面對冥界三巨頭，歐路菲唯有奏出小夜曲令眾人昏睡。但是正當歐路菲準備襲擊布幕後哈迪斯時，受到拉達曼迪斯的攻擊，原來拉達曼迪斯根本沒有留心欣賞琴聲。
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這時，星矢及瞬從箱子中跳出來牽制著拉達曼迪斯，而歐路菲則衝向王座開啟布幕，竟然看到哈迪斯的長相與瞬一模一樣。當歐路菲使出絃樂終章的時候，哈迪斯的身體卻消失了。歐路菲為了打倒拉達曼迪斯不惜犧牲自己的性命，不過拉達曼迪斯並未被打敗。突然，瞬像是變成了另一個人呵斥拉達曼迪斯退下，瞬變成了哈迪斯！！
拉達曼提斯擊敗星矢後把星矢和歐路菲屍體扔進了冰地獄，潘多拉則安撫著哈迪斯。
加隆、紫龍和冰河來到了第三獄，冥鬥士天角星洛克的滾動巨石被眾人避開了，接著紫龍一招廬山升龍霸把洛克打敗。在第三獄的出口又遇上了天敗星，天敗星連名字也未說出便被冰河的鑽石星塵拳擊倒了。來到第四獄黑暗沼澤，遇上了使著木筏的天罪星弗列基亞斯，弗列基亞斯不怕廬山升龍霸及鑽石星塵拳，還使出地獄咆哮打倒二人，但是弗列基亞斯的地獄咆哮被加隆看穿已無效，加隆接著使出銀河裂星拳把弗列基亞斯打敗。
紫龍及冰河醒來時，原來已被加隆用木筏載到了第五獄，追上加隆的時候看到加隆已把天醜星打敗。不過這時拉達曼迪斯突然出現，加隆命紫龍、冰河先走，自己留下對付拉達曼迪斯。開戰不久，加隆的銀河裂星拳已勝過了拉達曼迪斯的灰暗警告衝擊波，可是另外倆名巨頭艾亞哥斯及米諾斯也到來，加隆分別受到了二人的銀河幻像及宇宙提線傀儡木偶攻擊，情況十分危急，這時一輝突然趕到了冥界，出手救了加隆。在得知瞬的身體落入哈迪斯手中時，更揚言要按順序打倒冥界三巨頭。艾亞哥斯首當其衝與一輝接戰，面對艾亞哥斯的神鷲飛翼，一輝第二次便看穿其絕技，將艾亞哥斯擊倒在地。
這是冥界篇的前半段，哈迪斯出現，聖鬥士也正式攻入了冥界。