艾亞哥斯與一輝交戰，面對艾亞哥斯的神鷲飛翼及銀河幻像，一輝並沒有倒下。相反，一輝每一次被擊倒後站起來實力便更強。最後，一輝使出了鳳凰幻魔拳及鳳翼天翔把艾亞哥斯打敗。這時一輝的身體突然消失，原來是被潘多拉的三叉戟力量把他由第五獄傳送到朱狄加神殿，帶到了哈迪斯的面前。一輝見到面前的瞬，想起了年幼時遇到潘多拉的情境。原來瞬早已被哈迪斯選為自己的肉體，當時被潘朵拉帶上瞬頸上的吊飾就是證明。
一輝的攻擊對變成為哈迪斯的瞬完全沒有作用，還被哈迪斯所傷。哈蒂斯接著說出大日蝕的秘密，數分鍾後太陽系裡的所有行星會排成一直線，地球因為被月球遮蓋，所以會出現日蝕。不過這次日蝕後地上以後再不能看到日光了。大冰河時期會降臨，所有生命都會死亡，地上變得黑暗及冰冷，也會成為冥界。
一輝為了救回地上的世界，使出了鳳翼天翔，可是反而被哈迪斯小宇宙的力量所傷。當哈迪斯要全力把一輝幹掉的時候，瞬的身體違抗哈迪斯的意志，阻止了哈迪斯，瞬的靈魂也出現並要求一輝把他的肉身連同哈迪斯一同消滅。
正當一輝要對哈迪斯出手時，潘多拉雖然出手制止，但一輝受到仙女座星雲鎖鏈的保護。最後一輝向瞬擊出致命一拳，但是中途停止了，他還是不忍心對弟弟的身體出手。
而這時瞬的頭髮變成了黑色，他已經被哈迪斯完全控制了。一輝更立刻被打敗。潘多拉命令天哭星巴連達因把一輝帶到冰地獄慎重處置。
哈迪斯突然感到一股不安的小宇宙，要潘多拉退下，自己單獨待一會兒。
另一方面，星矢在冰地獄醒來，正巧巴連達因帶著一輝到來。星矢以雅典娜聖衣作賭注，誘使巴連達因把他放出來與之對決。但星矢根本傷不了巴連達因絲毫，反而被其絕技生存慾望打倒在地。當潘多拉退下後，處女座沙加來到哈迪斯的面前。沙加要向哈迪斯攻擊的時候，這時沙織出現並阻止了沙加。
面對巴連達因的攻勢，星矢頑強的戰鬥著。為了不使雅典娜聖衣落入敵人手中，星矢燃燒起最後一刻的小宇宙，使出天馬流星拳將其打倒，自己也精疲力精倒下了。
在朱狄加神殿，沙織請求哈迪斯以神力阻止大日蝕，並願意以自己的生命作交換，沙加要反抗的時候被沙織制止。接著，哈蒂斯用槍刺向沙織，不過沙織以空手接住而受傷，血流到哈迪斯的身上。瞬接觸到雅典娜的血令小宇宙開始甦醒，幾經掙扎後終於令哈迪斯的靈魂從瞬的身體裡走了出來。哈蒂斯的靈魂向沙織作出攻擊，在爆炸後二人消失不見了。另一方面，冰河、紫龍和童虎因感應到沙織小宇宙消失而急忙趕往神殿。
星矢趕來喚醒了瞬，發現朱狄加神殿後面的嘆息之牆，同時沙加也告訴星矢，沙織為了追趕哈迪斯而到了牆壁的另一面，這是除了神以外任何人都不能進入的地方。
另一方面，在冰地獄的穆、艾歐里亞、米羅及一輝得到雅典娜的小宇宙復活過來，而一輝卻離他們三人獨自離去。星矢的拳打不破嘆息之牆，想以身體撞向牆壁，不過被沙加出手阻止。
沙加對瞬說，要打破可嘆之牆是必須要藉助太陽光，不過這裡是地獄的最深處，所以陽光不可能照射進來。接著，沙加以犧牲自己小宇宙的力量發出比擬太陽的光芒衝擊可嘆之牆，不過未能成功。這時，童虎趕來阻止了沙加，隨後穆、艾歐里亞及米羅也來到了朱狄加神殿。童虎對各人說，只要集中黃金聖鬥士的力量，是有可能造出太陽光的，所以把天秤座黃金聖衣的武器交給穆、艾歐里亞、米羅及沙加，眾人一齊向嘆息之牆發動攻擊。
在嘆息之牆面前，童虎他們的攻擊還是被反彈了回來。與此同時，世界各地正同時發生著日蝕，聖域的魔鈴他們推測這很有可能是永恆日蝕。正當星矢想獨自犧牲自我打破牆壁時，聖域十二宮中已死去的黃金聖鬥士的聖衣飛到冥界，十一件黃金聖衣齊集，產生共鳴。正在趕去朱狄加的加隆發現其它的黃金聖衣呼喚著雙子座聖衣，雖然面前出現強敵拉達曼迪斯，還是把聖衣除下，以小宇宙把聖衣送到朱狄加，交還給撒加。最後在沒有聖衣保護的情況下加隆抱著拉達曼迪斯使出銀河裂星拳同歸於盡。得到加隆把雙子座聖衣送來，十二件黃金聖衣齊集，這時聖衣突然開始解體。
十二件黃金聖衣齊集，聖衣開始解體，已死的黃金聖鬥士們的靈魂穿上聖衣，向星矢眾人做最後的告別。
射手座艾歐洛斯取出弓箭，準備射向嘆息之牆，這時童虎命星矢及瞬離開。最後，十二個黃金聖鬥士燃燒自己的全部小宇宙，攻擊可嘆息牆。
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冥界三巨頭之一的天貴星米諾斯趕到，用宇宙提線傀儡擊敗星矢他們想阻止黃金聖鬥士們破壞嘆息之牆，就在開啟大門時發生強烈的爆炸，把米諾斯震飛了出去。星矢、瞬進入神殿，見到嘆息之牆出現了一個大洞，黃金聖鬥士們全部消失，只剩下十二件黃金聖衣。這時，紫龍及冰河也趕到。他們正為悲痛黃金聖鬥士們的犧牲時，潘多拉也發現一輝也從冰地獄回到了神殿。
在這裡，眾人還經歷了一番苦戰，最終108冥鬥士全部戰死，五小強，也全部順利透過了異次元空間，進入了到極樂淨土。
星矢最先到達了極樂淨土，滿身的泥土與血汗令極樂淨土的妖精們受驚。死亡之神達那都斯出現，一擊把星矢擊倒；睡眠之神休普諾斯這時也趕來了。星矢從達那都斯和休普諾斯的對話裡知道雅典娜還未死去，她被休普諾斯捉到哈迪斯神殿中，封在傳說的神聖大甕之中。當大甕吸去雅典娜的血液而變成紅色時雅典娜便會死去。星矢知道後站起來亦趕向神殿，達拿都斯立時攻擊星矢。雖然星矢避過了第一擊，但是最後還是被達拿都斯打倒。星矢最後使出天馬彗星拳擊向達那都斯。
在聖域，魔玲找到了星矢的姐姐星華。原來在六年前星矢被送到聖域後，星華走到希臘找尋星矢，不過卻失足跌落山下而失去記憶，此後一直住在聖域的附近。
另一方面，星矢的彗星拳令達那都斯受了輕微的傷，令達那都斯大怒，要令星矢的精神及肉體都受到痛苦。達那都斯以小宇宙攻擊正在聖域的星華。不過幸好有魔玲、莎爾娜、貴鬼及邪武等一班聖鬥士以身體圍在周圍保護著星華。魔玲、莎爾娜等人以小宇宙築起保護牆，但還是被達那都斯一擊打傷。
這時把一切映像看到眼裡的星矢終於忍耐不住，使出天馬迴旋碎擊拳，可是也沒能打倒達那都斯。在這絕望的時候，瞬、紫龍及冰河相繼到來支援星矢，但是全被達那都斯打倒。最後一輝也趕到，使出鳳翼天翔把達拿都斯的頭罩打破，但是達那都斯拿出真正實力使出絕技恐懼的神意把一輝聖衣打得粉碎。在超次元另一面的冥界，十二件黃金聖衣發出共鳴，達那都斯於是把其它四人的聖衣也都一一擊碎。這時，五人都穿上了透過超次元來支援他們的黃金聖衣。
星矢、紫龍、冰河、瞬、一輝分別穿上了射手座、天秤座、水瓶座、處女座及獅子座的黃金聖衣迎戰達拿都斯。
可是合五人之力也未能打敗達那都斯，相反達拿都斯用絕技恐懼的神意也把五件黃金聖衣打得粉碎。
自神話時代以來，一次也未曾被破壞過的黃金聖衣，居然被達那都斯打得粉碎，令星矢他們也開始放棄希望。不過，當星矢的意識逐漸消失時，他聽到了沙織的聲音，說他們不是什麼也沒有，只要還有生命，就可以再次創造奇蹟。
同時，星矢也聽到來自聖域的眾人鼓勵的聲音；還有已經恢復記憶的星華的聲音，令星矢從新站起來。這一次，星矢的小宇宙無止境地燃燒，令化成了灰的天馬座青銅聖衣復活，變成了最強、最後的神聖衣。星矢穿上了神聖衣後，力量完全恢復過來，連達那都斯的絕技恐懼的神意也能夠抵擋，最後使出天馬流星拳及天馬彗星拳把達那都斯擊敗。
星矢為了救沙織，帶著雅典娜的聖衣，先向哈迪斯神殿進發，一輝則牽制著趕來增援的休普諾斯。不過身上沒有聖衣的一輝很快被休普諾斯打敗。在這危急的關頭，仙女座的星雲鎖鏈解救了一輝，仙女座神聖衣也復活過來，穿在瞬的身上。瞬叫一輝先走，去支援星矢，自己對付休普諾斯。交戰不久，瞬被休普諾斯的絕技永恆的睡眠打倒。這時，紫龍、冰河的天龍座及白鳥座神聖衣亦都復活。二人避過了休普諾斯的永恆的睡眠，使出廬山升龍霸、鑽石星塵拳合力把休普諾斯打敗。
在哈迪斯神殿，星矢對大甕的攻擊完全沒有作用，反而被大甕反彈回來的攻擊所傷。一輝也趕到支援，不過鳳翼天翔亦不能損壞大甕分毫。可是一輝因為沾到了雅典娜之血而令身上的鳳凰座神聖衣重生。接著星矢及一輝集合二人的力量也不能把大甕打破，最後一輝想到直接攻擊哈迪斯自神話時代以來便一直沉睡的肉體。於是二人向哈迪斯的肉身石棺奔去，不過到達後哈迪斯的靈魂回到肉身，破棺而出。
哈迪斯復活，用小宇宙把星矢、一輝彈開，企圖用神劍把沙織及大甕一起劈成兩半，一輝拼死擋下這一擊。這次星矢亦拼命保護沙織，以身體擋了一劍，站在大甕的前面。這時紫龍、冰河及瞬也趕到，五人集中力量，燃燒小宇宙，向哈迪斯作出攻擊，可是，哈迪斯並未倒下，還向五人反擊，連他們身上的神聖衣也出現裂痕。
哈迪斯因為受到五人的攻擊而受傷，這時他記起了在神話時代，亦曾有一次被聖鬥士打傷，這個聖鬥士長得跟星矢一模一樣，也是天馬座的聖鬥士。哈迪斯決定把星矢徹底消滅，星矢以彗星拳反擊，不過並沒有作用。這時哈迪斯向眾人展示地上大日蝕已經完成，世界將會變成黑暗。當哈迪斯向星矢發動最後一擊時，突然劍被彈開，球形的物體保護著星矢；紫龍、冰河、瞬、一輝也受到相同的保護。原來是沙織製造的生命之球保護著他們，並將送他們回地上的世界。另一方面，關著沙織的大甕失去血紅色，血流回沙織的身體內。
當哈迪斯要消滅沙織時，星矢向大甕扔出雅典娜的聖衣，沙織亦破瓶而出，穿上了雅典娜的聖衣戰鬥。沙織開始不敵哈迪斯，在被殺之際，星矢眼見沙織有危險，想不都想就打破生命之球，擋在沙織的面前保護沙織，向哈迪斯發出天馬流星拳，令哈迪斯倒下，可是胸膛也捱了哈迪斯的一劍而小宇宙慢慢消失，沙織非常傷心。哈迪斯站起來，嘲笑星矢白白送命的愚蠢行為，令沙織大為憤怒。紫龍、冰河、瞬及一輝也衝出了生命之球，四人連同沙織的力量攻擊哈迪斯，終於利用黃金權杖置哈迪斯於死地，大日蝕也逐漸消散，眾人亦回到光明的世界。
而這就是整個冥王篇的劇情，是聖鬥士正篇故事的最後一章。至於說之後的各種篇章，也不能說他們是番外或者外傳，因為其他篇章的故事，差不多等於是在不斷的補齊故事線，每一代的聖鬥士，每一代的雅典娜，以及每一代的各種聖戰。但這正意義上的最主要篇章，就是這一代的故事，最終結果，就是以哈迪斯的失敗而告終。
是的，失敗，但不是戰死，神靈是不會被殺死的，他們只能被封印。
除非，是直接吞噬掉他們的神魂！
聖域，雅典娜的宮殿，星矢從巨大的軟床上爬起來，後面，雅典娜還在沉睡之中。
他信步走到巨大的陽臺前，低頭俯視，一道道的死氣，出現在他的視線之中。
看到這一幕，星矢不由得咧嘴一笑。
“波塞冬的慘狀在前，你居然還敢冒出頭來，也不知道是誰給你的勇氣，很好，正好的神魂還略有不穩，這一次，就拿你開刀好了。”