當午門上朱由檢君臣討論戰後事宜的時候，吳然桂正帶著關寧軍向山海關一線跑路。
跟著他們跑路的除了關寧軍的人以外，還有史可法等叛了朝廷的在朝東林官員。
“吳將軍此時不應往關寧退！”史可法喘著粗氣跑到吳三桂身邊勸起了老吳。
“不往關寧撤？難道讓本將帶著兒郎們在京城等死嗎？京城有白桿兵、皇帝建的新軍、還來了黃闖子，再等上一會估計在外作戰的新軍也回來了！京營的那幫貨又沒一個靠譜的，我關寧兒郎還有活路？史大人、做人得講良心。你們把我關寧軍坑的還不慘嗎？”吳三桂睜著圓眼，氣急敗壞的對著史可法就是一頓嗆。
他現在恨死這幫人了，要是沒有他們的忽悠。自己怎麼可能幹這檔子蠢事？最壞也不過是像馬科他們一樣被奪了軍權，呆在京城享福而已。現在倒好，自己成了亂臣賊子，此次入京是一點便宜都沒沾上，還惹了一屁股的騷，回到關寧後自己都知道該怎麼收場。
“吳將軍！吾不是勸你在京師苦戰！而是說你不該帶著兵馬回關寧！關寧眼下成了死地！若是京城的兵馬殺往關寧該怎麼辦？外有虜賊，內有新軍，將退無可啊？”
“不回關寧？還能去哪兒？”
“吳將軍應該帶大軍南下！最好是入南直隸效忠新君。”史可法眼神灼灼的向吳三桂說出了自己的想法。
“不行！我關寧軍諸將的家眷和家業都在寧遠，現下若是本將帶著他們南下，走不了多少路，大軍就會潰散。”
吳三桂斷然否定了史可法的提議，雖然他的提議頗有建設性，說的話都是實情。可吳同志做不到啊！家眷就是關寧軍的死結，他們不可能連家眷都不顧就撤往南邊。
被家眷拖了後腿逼的沒有退路的不止是關寧軍，京營的那幫叛徒同樣因此陷入了絕境。當關寧軍往城外跑的時候，朱純臣等人也想趕緊跑，然而他們沒有逃跑的條件，一家老小都在京城，還怎麼跑？
就連朱純臣本人都沒有成功跑路，成國公府家大業大，三收拾兩收拾，就被趕過來安靖京師的人馬在國公府裡堵了個正著。
人為財死鳥為食亡，正是因為捨不得家業，朱純臣才和關寧軍、東林黨合作著清君側。現在倒好，君側沒有清成，家業也徹底保不住，成國公這一系勳貴，算是徹底玩玩了。
陳新甲親自帶人押著擒獲的朱純臣到了皇宮，請大明皇帝聖裁處置這個叛徒。
“朱純臣！你為人草包也就算了，居然行這等叛君、叛國之事。對你朕也無話可說了。本兵、找幾個力士將這個禍害押到西苑的京營將士面前，就地斬了！告訴京營的罪兵罪將，京營叛國的首惡已經除了！其他人安心等待聖裁以及接下來的改制和追責。只要他們誠心悔過，配合朝廷的改制，朕會給他們一個改過自新的機會。”
京營有好幾萬人，一下子全砍了頭肯定不行，還是得想辦法讓他們活下來，當然要想恢復原有的待遇肯定是沒這個可能了，他們再也沒有談條件的機會了。
沒有走嚴格的司法程序，堂堂大明成國公，便被朱由檢一句話定了生死。
當力士們押著朱純臣到了西苑罪兵營，當場將這個狗賊的頭砍下後。京營的不少將領嚇的腿軟腳麻昏倒在了營裡。
隨後宮裡和兵部的人過來宣讀了皇帝讓他們安心悔過，爭取寬大處理的口喻。這樣的情況下，他們只能感恩戴德，感謝皇帝給他們一個活命的機會。至於以後如何改制，改制後待遇如何，他們真沒那個心去細想。
兩日後，京城的事態基本控制住了，也就是這時候，劉元斌和馬爌也帶著人進了京。
是時候正式解決問題了，朱由檢將諸將和朝臣召到了大殿內，開始給他們佈置接下來的任務。
“劉元斌任總指揮，帶領勇衛營新軍第一師及其它趕過來入京勤王的新軍作戰部隊、甘肅總兵馬爌及部將、黃得功麾下人馬，組成東進討逆兵團，即刻開赴山海關！討逆兵團首要的作戰任務是先將山海關奪下來，奪關之後再定下一步的作戰任務。勇衛營總兵黃得功將部將一體交給劉元斌統率，本人留京任中軍都督府都督，入軍令堂坐鎮京師主持即將開始的全軍大改制事宜。”
“臣等領命！”
“秦良玉將軍帶本部人馬，入宮警衛宮城！同時任秦良玉將軍為京城衛戍指揮使，提督京城衛戍事宜，全權負責京畿衛戍。軍令暫時就是這些，諸將和其它重臣回去準備，馬爌、黃得功、秦良玉三位將軍稍後，朕還有些事要與你們說。”
打發走了其他人後，朱由檢對留下的三人說道：“朕準備依照新軍的模式，對所有在京的諸軍進行大改制，三位總兵這邊可能有些瓜葛，朕得給你們解釋一二。先說秦將軍這邊，秦將軍這邊的人馬都是自家的子弟兵，若是依照新軍的法子改制，肯定行不通！顧此朕準備，將秦將軍的白桿兵全部保留建制，留在宮裡作為大內衛戍人馬。待遇這方面，則完全安新軍的待遇走。白桿兵的家眷責全部從石柱遷到京郊，朕借京營改制的機會給這些精卒的家眷們分些好地，供他們安生立命。”
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白桿兵組成成分太特殊，不具備改制條件，朱由檢覺得讓這些人當直屬衛戍部隊似乎更合適一些。
“老身謝陛下隆恩！吾石柱兵馬但聽陛下吩咐。”
“好、秦將軍忠貞體國，這份恩情朕銘記在心。咱們接著聊馬總兵這邊的事，馬總兵麾下兵馬驍勇善戰朕是知道的，朕的意思是等這次東進討逆戰事結束後，你麾下的人馬要全數編入新軍，接受新軍的制式整編，到時候人員肯定得打亂，這點馬總兵要理解。馬總兵本人，朕覺得入軍令堂有些不合適，最好的任職是到新軍擔任師長，你麾下的一些軍將也都是當將官的好苗子，在新軍應該不會屈才！當然、在正式入職新軍之前，你們得在將校堂學習三月，這三月學習時間可不能浪費！要認真學、好生領會，若是怠慢了，朕答應的軍職可未必會兌現。”
馬爌這人的能力如何，朱由檢到現在為止都不怎麼有把握。但他這次帶過來的幾個手下的年輕將領，卻讓朱由檢眼前一亮，張勇、趙良棟、王進寶，這幾個不就是後來滿清康熙朝時期的河西四漢將中的人物嗎？沒想到、此時他們已經在馬爌手下效力了！