馬爌聽了皇帝的解釋後，當場表態支援。他現在雖然貴為一鎮總兵，實際上直接控制的兵馬也就三四千而已！新軍一個師長指揮的兵馬就有一萬多，哪才是真正當將軍的感覺。以少換多，這買賣肯定划算。
“黃總兵！咱們說說你的任職安排，朕準備以恢復五軍都督府職權為依託，重建中樞軍令部門，對整個中樞的軍機事宜進行全盤改制。此事得有重將坐鎮，顧此朕準備任你為五軍都督府中軍都督。改制完成後大明所有戰兵的指揮權盡數集中在中軍都督府。其它四軍都督府、分管大軍的後勤、兵械、參贊、監察事務，兵部則負責錢糧預算、徵兵、邊防規劃建設等不涉及直接戰事的軍務。這事完了還要詳議，現在你主要做的是先交出勇衛營的兵權，然後在京主持京營、新軍、及其它在北直隸軍隊的整體改制事務。”
“陛下、臣尊令！”
“虎山你能顧全大局，朕心甚慰！此次關寧軍反叛雖說是壞事，但朕亦認為是好事。讓朕下定了決心，對大明所有的兵馬軍隊進行全盤的改制。朕設想的改制完成後，大明所有兵馬將直屬於中樞朝廷，兵馬將大致上分為兩個體系，一個是以新軍為藍本直屬於朕和五軍都督府掌管的戰兵體系，另外一個是中樞和省、府共同掌管的保境安民旅體系，詳情容後再議！今日朕留三位將軍，主要是先通口氣，免得生出不必要的誤會。”
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與秦良玉、黃得功、馬爌三人談過話後，朱由檢輕鬆了不少。於公於私這三人是必須要爭取的舊軍將領，朱由檢的真實想法是黃得功以後就是大明軍隊的常務副總司令、秦良玉是京城衛戍司令、馬爌則是在新軍中任主戰師長或軍長，如此一來未來改制完成的大明軍隊，從上到下都有舊軍的將官存在，並不是將舊軍全給撇乾淨。
劉元斌帶人準備了三天時間後，便率領大軍出發，啟動山海關奪關之戰。他和趕到京師的新軍這段時間累的不輕。在宣化、固關一線連打了兩場大戰，現在又要趕到山海關去作戰，也就是新軍比較聽話，不然還真不能這麼用。
關寧軍逃到了寧遠、山海關一線，不管是短期還是長期計劃，都不能容忍他們一直待在那地方。尤其是山海關，絕不容許被關寧軍掌控。
朱由檢對這次討逆作戰的計劃是先佔了山海關，要是各方面情況容許，則一鼓作氣將關寧軍徹底變為歷史。要是情況不容許，也得佔了山海關再說。
嚴格意義上來說、山海關一直不是關寧軍掌控的，在吳三桂入關叛亂之前，山海關總兵是高第，也不知道這人現在在幹嘛！高第是秦軍體系出來的，與關寧軍是兩張皮。從這個佈置情況來看，之前的朱由檢就對關寧軍有防備之心。
本來想大小相制，讓秦軍和關寧軍相互制衡，結果是這兩股勢力都靠不住。萬幸下手早了一點，將唐通、馬科、白廣恩他們給提前換了，不然這次很可能會出更大的事。如今還真解釋不清楚是改制了這三部兵馬，才刺激著姜襄和吳三桂當了叛徒，還是他們肯定會成為叛徒，只不過因為這三人的下場而提前爆發了。
由於這場突變，京城的整個行政運轉體系癱瘓了好幾天。直到劉元斌他們開拔，朱由檢才有閒心召開一次大朝會，與在京的官員們見見面，看看這場大變局，最終的影響如何。
“陛下、京城各衙門口的官員，有一部分從了賊，今日大朝議來的官員有些不齊！”行完朝禮後，周延儒趕忙將人員不齊的現狀向皇帝通報。
“不齊就不齊吧！完了內閣和吏部議一下、將缺員增補上就是，如果缺員嚴重，可以從監理司衙門和海關署向朝中補一些官員進來。”
“陛下、此事我們下去詳議。”
“好、現在是說說目前的大局勢，根據最新的軍情，闖賊已經退到了太原休整，新軍在宣化等地發起的兩次戰役共擊斃和俘虜闖賊九萬餘人，騾馬五萬匹左右，其它繳獲也還可以。總體來說，闖軍是傷了根本，短時間內無力再行入京。在古北口一線阻擊建虜的曹若海也傳來了最新軍情，虜兵入關被阻，現下已有退兵之意。東線這邊劉元斌正在全力往山海關推進，若是順利拿下關城，則最近這段時間的京師危情算是徹底度過了。”朱由檢將最新的情況大體向朝臣們解說了一下，由於訊息是從多個渠道過來了的，即使是內閣也並不完全掌握，不總體通報一下大臣們未必瞭解全域性。
等大家消化了一下訊息後，朱由檢繼續開口說道：“朕接著說未來一個月內、朝中諸臣要做的事，一是務必要讓朝政執行完全恢復正常、二是派要員巡視北直隸各府縣、全力安撫此次兵災造成的不利影響，特別是對京師東部的府縣要多加關注，要將關寧軍這幫禍害造成的影響降到最低。三是京營各衛要進行改制，涉及的兵政、民務非常復雜，朝臣們要全力協作，為今後大明所有衛所的改制打一個好樣板。四是這次俘虜的闖賊有近十萬，這些人的如何安置同樣是個問題，咱們得議出一個妥善方略。”
俘虜的闖軍數量近十萬，目前由於繳獲的糧食還可以，他們還有的吃！可他們不能一直待在宣化一線，得儘快拿出一個安置辦法。按照慣常的處置手段來說，就是給他們找塊地，讓俘虜們去種地繼續當農民。北直隸這邊、眼下找出安置十萬百姓的土地，應該並不困難。清軍數次入關搶走了不少百姓，紛亂的局勢讓不少良田成了荒地，擠一擠安置個十來萬人並不難。
不過朱由檢不準備這麼來，從了賊的百姓就不再算百姓了，或短或長的流寇生活，給他們造成的影響會讓他們再難就地成為農民。要對他們進行一定的改造方能轉變他們的生活習性，不然就和以前一樣，降而復判判！