朱平槿前世的哲學，最重要的論述便是抓主要矛盾。對於朱平槿這樣的領導來說，就是不能所有問題一把抓，而要抓住事關全局的核心要害。朱平槿解決了槍桿子由誰掌握的問題，軍改的其他難題便迎刃而解。
廖大亨在他的奏疏中，簡明扼要地列出了軍事改革的主要內容：
設立保成都、重慶、保寧、瀘州四個旅級軍區，分別指揮川西、川東、川北和川南四個方向的作戰。四川都司羅大爵、川北副將劉鎮藩、署瀘州判官賀有義，加上已經任命的宋振宗，分任川西、川北、川南和川東四個軍區的司令。
四川都司所轄十二衛十一所已經完全傾廢，一律革除。邊衛實土衛實行文武分治，設立州縣和守備團、營。衛所軍官，將根據上級需求和本人自願進行雙向選擇，或改為文官，或改入護國軍。病老身殘才疏無法勝任者，準致仕以子孫襲替。
那些被淘汰的衛所軍官中有世職的，作為對他們祖先功績的補償，四川官府將根據世職高低，設立一個特殊的投資基金。他們的子孫，可以在這個基金裡不幹事只拿錢整整一百年。
沒有世職的下級軍官和士兵，汏劣存優補入護國軍，享受護國軍的軍餉待遇。淘汰的，一律除籍為民。
衛所武官包括營兵將領，將領家丁，願入護國軍者，參照朝廷“在營家丁”例，准許加入護國軍，與護國軍相同待遇。
衛所城池，部分改為州城、縣城，部分留作軍事要塞；軍田房舍土地，除留作軍用的以外，一律移交地方官府作為官產官田。
各地自建的團練兵，在護國軍守備團、營成立後，准以自願的原則加入護國軍，其餘一同裁撤。
四川行都司的五衛八所和各土司的軍隊，關係到邊陲穩定，暫時不動。
為了加快軍改節奏，妥善安置淘汰下來的官兵，廖大亨特別建議成立一個專門的機構，名叫“軍改善後衙門”，由馬乾負責，專門負責官軍改編善後事宜，並負責軍地聯動協調。
……
官軍的主力——營兵，當然是這次軍事整編的重頭戲。
川北大勝，參戰將領們的功照請，官照升。但他們的部隊，依舊納入整編範疇。劉鎮藩、丁顯爵、張奏凱、塗龍四員副將憑戰功升正旅。
劉鎮藩部人數最多，改編為護國軍第十一團團部和四個步兵營、一個騎兵營；
丁顯爵部改編為護國軍第十二團團部和兩個營；
張奏凱率部取得漁溪大捷，升任保寧軍區副司令，所部改編為護國軍兩個營；
塗龍同樣升任保寧軍區副司令，所部改編為護國軍通江縣守備營。
參將王祥擊敵不備，奪取巴山咽喉巴州，大敗圍城土暴子，並擊斃土酋闖食王，立下了巴山之戰的頭功，破格提拔為正旅級，並升任保寧軍區副司令。但其所部不足一千五百人，因此所部改編為護國軍第十三團團部和兩個營；
參將賈登聯率部在銅城寨浴血奮戰，升為副旅級，所部改編為護國軍第十四團團部和四個營；
遊擊將軍楊展奇襲南江，並解通江之圍，升為正團級，所部改編為護國軍第十五團團部和三個營；
遊擊將軍侯天錫協助劉鎮藩全殲土暴子陳琳部，升為正團級，所部改編為護國軍騎兵第四團團部和兩個騎兵營。守備侯應起單人匹馬說服王朝陽部投降，並有殲敵之功，升副團級警衛騎兵營長；
松潘副將朱化龍屏邊有功，升副旅級，所部營兵及茂州衛、松潘衛、疊溪所改編為護國軍騎兵第五團團部和兩個騎兵營以及茂威、松潘兩個守備團。
白水關副將龍輔皇，龍安參將鄧若禹等人屏邊有功，升副旅、正團，所部改編為白水關守備營和龍安守備團。
馬湖參將郭成達及敘南衛、太平營諸將，俱有升賞，所部改編為敘州、馬湖兩個守備團和太平守備營。
川北總兵甘良臣，賞罰不行、威信不著，釀成王朝陽部叛亂。念其久歷戎行，屢有積勞，著免去川北總兵之職，改任正旅級參軍兼大（竹）、鄰（水）、華鎣守備團團長（注一）。他留在廣元、朝天關的部隊與利州衛的戰兵，合編為利州守備團。
除了官軍營兵，原護國軍的部隊也需要整編或調編。
各護莊總隊和大隊就地改編為各地的守備團和守備營。
最令其主子頭痛的貪吃蛇馮如虎部已經瘋狂擴編至近萬人，整編為護國軍第八團和達州守備團及各縣守備營。
進駐荊楚的幹部團一部整編為護國軍第九、第十團。
天全土司騎兵第二營和董卜土司騎兵第三營分別擴編為騎兵第二、第三團。高君錫、姜奇峰所率天全騎兵分別編入這兩個團。
騎兵第一營缺兵少馬，暫時解散為護國軍各步兵團的隊屬騎兵連以及直屬總參訓練部的騎兵教導連。
……
宗藩典兵、解散衛所和整編營兵，已經是將大明皇朝的天戳了一個窟窿。
然而孤注一擲的廖大亨尤不罷手。在他的奏疏中，還提出了兩個重要的軍事改革內容，一是廢除“以文御武”，實行“集體領導”；二是廢除兵民區別，實行“全民皆兵”。
這分明是石破天驚的味道！
大明按照“以文御武”的體制，逐漸形成了兵部——總督——巡撫（兵備副使）——兵備道——地方府、州、縣等一整套的文官軍事指揮體系。
四川總督一般由秦楚總督兼領，四川主兵、客兵的實際領兵權都在四川巡撫手中。
四川巡撫之下，有四川兵備副使為貳。
四川兵備副使之下，有安綿、重慶、夔州、敘馬、建昌、威茂、松潘、分巡上南道共計八個兵備僉事，又稱兵備道。
兵備道之下，則是各府州縣的親民官。雖然親民官對地方駐軍沒有法律上的指揮權，但是在“以文御武”的體制下，對那些“粗鄙無文、不知忠義”的廝殺漢，文官毫無疑問具有絕對的領導地位。
蜀世子朱平槿橫空出世後，四川巡撫廖大亨從勾結到投靠。四川兵備副使陳士奇拉稀跑肚子廋死獄中，屍身臭不可聞。聽話的川東兵備馬乾升署四川兵備副使。
八個兵備道，劉士鬥署了建昌兵備，松潘道黃諫卿死在瀘州城，上南道胡恆幾顆官印一齊揣了，安綿兵備病死於劍州，敘馬兵備早已告老還鄉。最慘的是威茂兵備，他深度捲入了陳士奇案件，被廖大亨下令拿了，命若遊絲。
鑑於營兵衛所編入護國軍，於是廖大亨趁機建議逐步廢除兵備副使、兵備道領兵的制度，撤銷兵備、清軍等文官領兵監軍的衙門，繼續依靠三總部指揮護國軍，並參照蜀王府制度，在各地官府與當地駐軍之間建立軍政委員會，作為聯絡文武和集體決策的機構；在護國軍連以上單位，建立監軍制度，作為對軍事主官的監督分權。
這實際上便徹底廢除了“以文御武”的體制，並以蜀王府控制下的集體領導體制取而代之。
在集體領導體制下，文人與文官、武人與武職徹底分開。個人入仕道路的不同，只是授官的參考而已，不是終身的身份。文武官員平起平坐，僅有職責分工不同。文人也可以領兵，但前提是他必須有蜀王府賦予的軍事指揮權。沒有這種權力，文官無權插手軍隊的事情。武人也可以插手地方，前提是必須有上級認可的集體決議。這樣一來，文武便進行了深度的整合。在集體領導的大框架內，既制衡又合作。
廢除“以文御武”，廖大亨自己的領兵權也被廢了。不甘自廢武功廖大亨具有的豐富官場經驗，立即提出了一個替代的方案，既可以使他不至於大權旁落，也可以使他登上權力之巔：那就是在蜀世子殿下之下，三總部之上，設立一個更高層級的指揮機構，輔佐日理萬機的世子殿下。
朱平槿當然不會在政治交換的緊要當口與廖大亨討價還價。善於創設新式機構的朱平槿當即插言，廢除承運朝會之後設立的軍機委員會，另在蜀王府設立軍機處，作為自己的軍事統御機構。
廖大亨、馬乾、陳其赤、鄭安民、曹三保、程翔鳳、舒國平、孫洪、王崑山等九人為軍機大臣，入值軍機處。廖大亨以四川巡撫身份兼任首席軍機。另外，再增補王府文案李長祥、張維、譚芳，撫臺幕友孫定邦等人為軍機秘書。
馬乾的兵備副使已經沒有多少實質內容，入值軍機處，他便成為了軍機處裡唯一的專職軍機。此外，馬乾還管著官軍的編遣善後大權，明眼人立即清楚，馬大人簡在世子之心，要大用了。
至於女人譚芳意外入值軍機處，則是世子親自提名，目的是保證羅姑娘能透過她的秘書隨時掌握軍事動態，保證軍隊用度不綴。
廖大亨奏疏中所謂的“全民皆兵”，即是洪其惠在承運朝會中提出的所謂現役、正役、預備役三級兵役制度的翻版。廖大亨在奏疏中正式提出這個制度，就是把全民義務兵役制由王莊擴充套件到了全省。
只是由於川北各地的人口損失明顯大於預期，為了保證護國軍的兵源充沛，廖大亨建議將“丁”的概念，明確為蜀地十五至四十歲的健康男子。現役由二十丁抽一改為十五丁抽一，正役和預備役抽丁比例維持不變。
廖大亨估算，這樣全省可以維持現役常備軍九至十萬，經過訓練的正役二十五萬左右。如果再加上荊楚徵集的新兵以及從行都司調來的軍隊，可以將常備軍增加到十二萬左右。此數雖較闖獻流賊總數少得多，但只要士氣高昂、裝備精良、糧餉充沛，亦能戰而勝之。
兵役制度中最重要的部分，不是哪些人應該服兵役，而是哪些人可以免除兵役，逃避兵役又當如何懲罰。
怕死是人的本能，沒有深仇大恨，沒有走投無路，沒有嚴刑峻法，單是靠優厚的軍餉待遇和光明的職業前景是不可能徵召到足夠兵源的。
成都府各縣王莊是蜀王府的大本營，莊丁數十萬。雖然蜀王府制定了很多富農裕民的政策措施，多次大聲疾呼號召莊戶們“保衛勝利果實”，但主動報名參加護商隊的人始終不足，本鄉本土入役還有錢糧補貼的護莊隊卻擠破了頭。去年川北變亂，朱平槿以迅雷不及掩耳之勢徵召護莊隊，這才把這些莊戶從工地農田直接帶入了戰場。
蜀王府自己的莊丁尚且如此，那些富有的士紳階層豈會心甘情願與一群草標軍戶摸爬滾打吃糠咽菜還要拼命？
所以在廖大亨的奏疏中，確定了“自願應募和強制徵兵相結合”的兵役原則。先募後徵，募之不齊，則以強徵補足。沒有免徵資格卻拒服兵役者，會受到嚴厲的懲處，甚至是以“臨戰逃脫”之罪殺頭。
免役資格的劃定也是難點。
勳貴官員和學生匠人在傳統中是免役的，但蜀地的現實不允許這樣，因為這兩類人實在是太多了。
如蜀藩朱姓宗室，便有近萬人之數。加上沾親帶故的，人數要放大十幾倍；帶武職的官員，亦有萬人之多；至於秀才生員在校學生的人數就更多了，單是成都、華陽兩首縣，每縣便有數百近千。
若是這些人全部免了，那全民兵役制度便徒為具文。有錢有勢的人免役，還會在社會輿論和社會心理上造成災難性的影響。窮人會想，闖賊獻賊搶的都是你們朱家和官紳家，幹我們屁事，憑什麼要我們窮人為你們富人拼命？
因此廖大亨建議：免役之人，必須嚴格限定為在任之官、在學之士和在局之匠。除此之外的所有丁男，一律入役。若想免役，均需繳納免役錢。其標準設定，就是三條人命的價錢！
在任之官、在學之士、在局之匠，都有定數。廖大亨的建議，都是事前經過朱平槿首肯的。唯有一項，廖大亨留給了朱平槿自己拿捏。
眼見世子將目光掃向自己，石泉老王連忙出列遞上他的奏疏。在奏疏中，石泉老王認為朱平槿以蜀藩世子之尊尚且領兵殺敵，蜀地宗室同宗同脈，食祿國家，焉能坐視？
他建議，凡是獻王的子孫，男子年十五以上四十以下，均應列入軍籍，參與軍事訓練，聽候蜀王府調遣。若有違反者，概以畏戰棄國之罪剝奪爵位，革除宗祿，廢除宗籍。凡申請免役之宗室，必須繳納兩倍於普通人的免役錢！
為了順利推進兵役制度的施行，石泉老王還建議在總監軍部下設立兵役司，並推薦南川王長子朱平欆（SHUANG）出任兵役司正使。
南川王朱至湘，萬曆四十五年襲封，是個老實巴交的乾癟半老頭子。朱至湘的嫡長子少年夭折，朱平欆為朱至湘嫡二子，三十而立，不喜置產卻喜讀書，在蜀藩宗室中素有賢名。其長子妃尤氏，溫淑賢德，情商很高，特別會灌雞湯，甚得老媽喜歡，與老婆的關係也不錯。尤氏還曾響應護國安民的號召，親率宗眷宮人為護國軍縫製戰衣，是蜀地宗蕃中主動與蜀王府靠近的一支，尤其與老婆貼得緊。
朱平槿估計石泉老王推薦朱平欆，有老婆的意思，便用目光徵求身邊人的意見。可他在老婆臉上沒見著反對，卻見到了十萬個大寫的“不耐煩”。
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準了！
朱平槿輕快地結束了廖大亨和石泉老王的奏報，點了劉之勃和陳其赤的名，讓他們將修改過的《墾荒條例》草案趕緊報上來。聽聞此言，羅雨虹扭動一下坐麻的屁股，捏起了拳頭。
注一：甘良臣是鄰水人。這個職務的安排有讓他回鄉養老的意思。