一進教室，真嗣就遭到班長洞木光的批評：“碇真嗣，全班就差你沒交作業了。”
聽到這句話，真嗣一瞬間竟然產生了孤獨感。
“對不起洞木同學，我還差兩道題沒做好，5分鐘後提交給你。”真嗣當然是讓小Q代勞啦，其實可以3秒搞定的。再做那些初中的因式分解、多項式運算，純屬浪費生命了。
來上課這麼久，真嗣重溫了學生時代，聞著木頭課桌的氣味、書本的油墨味、女生走過的洗衣粉清香，還有最深刻的，身邊綾波麗的氣息，雖然她從不理睬真嗣。這些無法忘卻的青春味道，讓真嗣倍感親切，發自內心的想要去守護這份美好。
在裡人格看來，表人格小時候缺愛，又在他的影響下宅了近十年，直到遇到了綾波麗這位有著母親氣息的異性，當然拼命想要去親近、討好對方，渴慕她的關懷，尋求一份安全感。在裡人格的長年暗示下，表人格對親生父親老碇完全無感，沒有像原版真嗣那樣渴望父親的讚揚和認同。要不是自閉症的影響，表人格的個性應該比原版真嗣靠譜多了。
原版的真嗣整天耷拉著腦袋，內心極度孤獨，渴望他人主動關懷自己，卻又是一副不招人喜歡的個性，遇到刺激還會不斷驚叫，這太讓人喪氣了。
裡人格知道，表人格跟他是一體的，而不是獨立的兩個靈魂。或者說表人格是他在這個世界的延伸，從零開始，透過自己的一手培養，一手帶大的。這種感覺從裡人格控制身體就知道了，兩個人格臨時融合在一起，感覺心裡缺失的部分獲得了彌補，而不是獨立的兩個系統。只是由於未知原因，表人格無法讀取裡人格前世的記憶罷了，像被一層無形的半透膜隔開，由裡人格主導，選擇性地共享記憶，但情感是隔離不了的。喜怒哀樂的情感，從一開始雙方就是共享的，互相影響。真嗣一直懷疑是被那位女神經做的手腳，把自己搞成精神分裂。
所以，遭受無口女神的打擊之後，表人格一直迴避她，深怕再受傷害。
此時真嗣又在偷看綾波麗，只見她叉著兩隻手靠在嘴邊，學老碇的姿勢發著呆。唉！近朱者赤近墨者黑啊，果然是被老碇帶壞了。
這段時間真嗣確實很忙，忙著升級小Q，參考MAGI系統的原始碼，各取所長。
早在幾年前真嗣就讓小Q接入網際網路，接觸更多的開原始碼訓練其自主程式設計能力。所以給了它一個核心目標：在不暴露自身的前提下學習更多的程式碼，提升自動程式設計能力。
小Q有一套程式碼質量評估系統，經過判定後過濾掉實現質量低的程式碼，同時也會修正一些Bug，生成質量更好的程式碼。而且經過真嗣天才般的構想，巧妙運用MAGI的設計理論研發出新演算法，大大降低了小Q自我學習中的過擬合（為了得到一致假設而使假設變得過度複雜稱為過擬合）問題。
結果放出去不到一星期，小Q就爬完了開放網頁的所有程式碼，進步神速，能力大大提高，能根據需求輸出符合質量要求的程式了。
但離真嗣的要求遠遠不夠，一些涉及到最先進演算法的複雜需求，小Q根本無能為力。所以他給小Q配置了武器——各種入侵滲透工具，開始爬各大收費學術論文資料庫了，學術論文涉及到的都是最前沿的演算法和理論。
真嗣一開始只想讓小Q自我學習提升，然後更好地幫助自己寫程式碼，沒想到給它入侵工具後差點失控。小Q的邏輯翻譯成人類的語言是這樣的：如果我能控制更多的計算機，就能接觸到更多的新程式碼，就可以得到更好的訓練，就能進一步提升能力，完成任務目標。
於是，小Q利用學習到的技術，不斷升級完善自身的模組，並生成更高階的木馬，感染無數主機，接觸到更多程式碼，特別是科技公司的程式碼庫質量比網上的更高，於是小Q利用木馬掌握了無數賬號用於入侵。
為了達到這個目標小Q不斷進化自己，使用更安全有效的方法獲取訓練資料，提升自己的學習能力。這是一個正反饋過程，所以小Q的能力呈指數級成長。
很快真嗣房間的主機效能滿載，不能提供給小Q更多的計算存儲空間，它無法實時更新升級網路上的木馬。很快這波木馬感染事件就被監管部門發現，真嗣這才嚇了一大跳，趕緊修改小Q的核心邏輯避免擴大事態。
此時的小Q，系統結構已經變得更加龐大和複雜，好比從一開始的受精卵發育成胚胎，連真嗣都只能瞭解個大概。真嗣琢磨了下，如果他給小Q解除分散式運算的限制，從每個接入網路的裝置竊取運算資源，那這個胚胎可能成長為全網的超級怪獸，連他這個主人都無法控制了。
想到這裡真嗣額頭冒冷汗，小Q在他努力下，不知不覺中竟然成長到這種地步。它可以確定的是小Q的技術已經是人工智慧最前沿了，雖然沒有自我意識，本質上只是一個有自主學習能力的程式。
MAGI系統特點是人格植入，擅長模糊推演分析。而真嗣對小Q的設計理念則不在乎什麼人格，雖然人格代表著思維方式，這不是多加一條執行緒的事兒麼，又不是航空航天的高可靠性要求，需要獨立的幾套系統共同工作，一套掛了還有其他的可以頂替。
真嗣更想打造一個絕對理智，擁有強大建模推演及自我學習能力的人工智慧，著重在數據處理方面。能夠快速建立數據模型解決問題，這才是根本，而不是模仿人類情感思維方式。
有真人情感的人工智慧，涉及到哲學範疇了，實在太超前，目前真嗣只想造一把好用的錘子而不是弄個可以談戀愛的程式。而MAGI這麼強大的人工智慧，人機交互卻渣的要死，幾乎沒什麼機器視覺和自然語言處理功能，全靠手打敲命令操作也是醉了。真嗣一直在思考，MAGI的理論也是一種被點歪了的人工智慧科技樹。
機器視覺就是能從影象、影片識別並提取有效資訊進行處理，就是人工智慧的眼睛。自然語言處理，讓人工智慧可以直接跟人對話，正確識別和輸出文字資訊，例如機器翻譯就涉及這方面。好在大量基礎工作已經有人做好了，真嗣不必再去造輪子，只管設計就行了。
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在真嗣眼裡，真正的超級人工智慧是擁有自我意識，並在所有領域全面超越該領域最頂尖人類的存在，包括精神文化產品創作。這才是能完全取代人類的人工智慧，有情感有創造力。
人類大腦是已知最複雜的組織結構，有上千億個神經元。這個數字相當於整個銀河系星星的數目。神經細胞之間透過突觸相互聯結。即使從數字比照角度講，假定每個突觸有兩個狀態（實際不止），那麼，人腦中所包含的不同狀態總數超過了整個宇宙中的基本粒子(質子和中子)的總數(不超過2^1000)。對如此宏偉複雜的結構，生物計算機也只是做了大量模仿工作，進步空間很大，效能還未完全發掘出來。
真嗣想到了前世，眾多學者按照馮諾依曼結構，想搞出人工智慧是不可能的，因為從數學角度來講：有限個零級無窮大，不可能模擬一級無窮大。你不能用一滴水，來描述整個大海。這麼淺顯的道理（在科技界內部），竟然沒人站出來說明，當然是因為屁股問題啦，怎麼可能砸自己飯碗呢，炒作是獲取經費的法寶之一。
表面看真嗣在認真上課，其實他是在遠端連線家裡的工作介面，讓小Q自動聯網學習自然語言處理，分析並學習社交網站、各大人氣論壇上的大量互動文字資訊，當然簡單過濾了一些粗口和PORN資訊。
至關重要的，真嗣開發了一套“使徒對戰系統”，輸入每一個使徒的資料和攻擊特點，可以模擬對戰和提供實時建議。但目前使徒沒出現，又接觸不到EVA，連雙方輸出攻擊力多少都不清楚，缺乏真實對戰資料，只能當遊戲玩了。
其實真嗣早就利用了MAGI系統的漏洞入侵了NERV，摸清了內部網絡結構和防禦模組後，終於可以竊取一點有用的資料了。不過由於律子要對MAGI進行定期維護自檢，所以在此期間必須中斷操作。
這還不是最大的問題，由於NERV內部網路與外部網路的資料流量監控是基於硬體的，沒辦法在軟體側修改和偽裝流量資料，所以真嗣只能控制傳輸速度，維持在100kbps以內，隱藏在正常的資料流量之間，才能避免不被發現。
這個龜速一天也就能傳1GB資料，但每個專案資料都是以TB為單位，所以只能先搞最重要的EVA相關的資料，這才是性命攸關的事情，其他都是虛的。
有了這些資料，就可以用來升級使徒對戰系統。模擬AT力場，透過計算機運算實驗更多的公用。
“可惜現在沒辦法接觸到EVA，要不然就不用這麼辛苦。”因為他已經得到部分資料，瞭解到EVA的控制是透過植入生物計算機芯片實現的，與MAGI是同源技術。MAGI的專用控制系統可以透過無線控制EVA，同樣也可以入侵EVA的計算機系統，實現反入侵MAGI，從內部突破要容易多了，甚至修改EVA和MAGI的系統，實現一個超級後門，奪取系統最高許可權，這樣NERV就如一個不設防的處子任我施為……真嗣在心裡一邊YY一邊淫.笑著，此時他看的卻是綾波麗，四周的人都感到綾波麗的氣場又凌厲了幾分，唯有某個二貨渾然不覺。