2015年6月，就是真嗣預言的使徒來襲的時間，主線劇情終於開始了。
這段時間，真嗣埋頭鏟屎升級小Q，成果喜人。但還是有些不如意的地方，讓真嗣大為頭痛。由於自然語言處理用到了人格生成系統，小Q不可避免的被眾多網友帶歪了，變得又賤又汙，嘲諷功力十足。
這顯然脫離設計初衷，真嗣只能怪網友素質太低，一個不留神就被帶歪了，畢竟大部分罵人不帶髒難以遮蔽。
鑑於人格生成系統具有本性難移的特點，要更改的話得重頭再來訓練一遍，得不償失，再說也沒那個時間搞了。真嗣只搞了中、英、日三種語言的自然語言識別系統，考慮到保密因素，平時只用中文，聽不懂的語言對別人而言只是噪音而已。
這樣也有好處，大腦解析母語才是反應最快的，國產戰機、航天系統的操作按鍵、儀表用的都是中文標識，緊急情況快個幾十毫秒，也許能避免重大危機。
期間真嗣不是搞機就是鍛鍊，過得緊張而充實。小命受威脅的情況下，沒什麼心思勾搭綾波了，而且綾波三天兩頭請假，不是做EVA相關測試就是定期維護身體。
而美里自跟真嗣裡人格熟悉後又恢復到邋遢慵懶的樣子，隨著預言時間的到來，她也不淡定了，連啤酒消耗量都增加了20%，只能讓手下的人提高警惕，做好準備工作，並制訂了多套預案。
真嗣除了定期體檢，沒機會去NERV。也接觸不到EVA，看來老碇真計劃在火燒屁股的時候才讓他強行上馬開EVA打怪獸，讓SEELE對他們父子把持初號機這件事無話可說。因為這樣就是形勢所迫不得不用，誰叫你們找不到新的適格者。
真嗣心裡早就將老碇罵了個千萬遍，沒法提前上機就沒法收集資料，難道真的要靠媽媽暴走救命？依靠不能掌握在自己手中底牌，實在沒有安全感，這可不是他的風格。媽媽要是不靈了那結局就要跟以前的噩夢一樣慘……
透過持續不斷的情報監控，真嗣獲得知零號機被安排在今天進行連動實驗。原來的劇情，綾波麗就是在這次試驗中受重傷。在美里的幫助下，真嗣獲准可以旁觀這次實驗。
於是他一大早就在綾波麗的必經之路等她。
不一會兒，就看到路口女神踽踽獨行，無聲走來。
“綾波！”
綾波麗用停下來。
“今天你的實驗比較危險，一定要小心。”
好一會兒，真嗣才聽到一個清冷的聲音，“我知道了。”
綾波麗要離開時，裡人格真嗣想到原劇情裡，老碇讓重傷的綾波麗出場刺激真嗣，對冬月說了一句“又不是死了”，分明不管她的死活。
之前卻在綾波麗受傷時裝模作樣地演戲，跑上去徒手開啟插入栓，燙傷了手並獲得女神好感+100%，真實目的卻是為了利用燙傷帶上手套，為以後的右手植入亞當胚胎做準備，真是老奸巨猾啊。
真嗣不能忍啊，就嘴欠對綾波麗說：“綾波，我父親只把你當做工具，不必犧牲自己！”
真嗣收到了女神的警告目光，真嗣豁出去了，“包括我也是他野心的犧牲品。”說完不等綾波麗反應真嗣就跑了。
能做的已經做了，之前已透過美里的影響，指出了實驗安全隱患，改進了插入栓的緩衝系統以減少傷害。
這是真嗣第一次見EVA，在視窗看著巨大的獨眼的零號機，黃白塗裝，人還沒有它的拳頭高，非常具有視覺震懾力。
“開始啟動。”
“連線主電源到所有迴路。”
一開始螢幕的監測數據還正常，接著副操作員伊吹瑪雅的聲音開始急促起來。
“啟動系統發生異狀，第三諧波也發生問題！”
“中樞神經素子內部開始拒絕訊號。”
“主傳導系統受干擾，流動中……”
零號機身體突然開始抖動抽搐起來。
“神經脈衝逆流！”
“無法抑制！”
“直接相連監視器斷線。”
螢幕上的狀態資料一片飄紅，全是警告資訊，真嗣心中一緊。
“插入栓系統不穩定，逐漸深入EVA那邊！”
律子發出指令：“馬上停止接觸，緊急封鎖到6號為止的迴路！”
伊吹：“不行，訊號無法傳達！”
零號機掙扎力度加大，開始咆哮起來，一聲爆響，固定架已被拉出牆壁。
“零號機失控！”
真嗣已經下樓準備接應了。
老碇當機立斷：“切斷電源，停止實驗。”
插頭掉下後，零號機開始砸牆破壞起來，並不斷抱頭嘶吼著。
“距離完全停止還有35秒。”
“自動停機系統沒有反應。”
“自動彈射系統啟動！”
接著插入栓在火箭火焰的推動下朝上直飛，一頭撞到天花板上，並不斷被推著撞擊房間四壁。
“特殊酚醛樹脂，快！”
紅色的樹脂液體從牆壁噴下並迅速凝固，固定住失控的零號機。
“嘭！”巨大的插入栓從天花板掉下來，直徑超過一人高的金屬筒，應該有好幾噸重。
“麗！”老碇像火燒屁股般跑到實驗室入口，見真嗣還在撅著屁股拉門，可能裡面被酚醛樹脂堵住了，他已經用吃奶的力氣推了一會兒。
沒想到老碇停都不停，飛起一腳把真嗣踹飛，再用身體把門撞開。
“臥槽，老碇這樣截胡要臉不！”
真嗣氣得吐血，連忙提著水桶跑進房間，老碇已經把艙門開啟了，空氣中散發著一股烤肉的香味。
那是因為插入栓與牆壁劇烈摩擦產生了高溫。
綾波麗很快被醫務人員抱出來準備送醫了，幸運的是她意識還清醒著，看來傷得沒原來那樣重，路過真嗣這邊還瞥了他一眼。不過這次老碇的眼鏡沒掉地上被綾波麗收藏，這也是一件好事吧。
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真嗣無語了，利用這個關鍵的印刻效應刷綾波麗好感，徹底泡湯了。有這樣跟兒子搶女人的父親麼？！“唉，以後少點套路，多點真誠吧。”
真嗣戴上眼鏡，“葛城，跟我吃午飯吧。”
美里眼神一挑，知道是裡人格的真嗣出來了，立馬跟上去。
“我有預感，吃完飯使徒就來了。”
美里滿臉凝重，“你確定？”
“嗯，我說過了，對我越有生命威脅的事物感知越強烈。”真嗣解釋道。
“不要急，一開始肯定是軍方出面抵抗，實在不行再把指揮權移交給NERV，應該還有午睡的時間。”真嗣故作鎮定，此時NERV的重要性還沒體現出來，作為聯合國直屬機構卻是小透明，話語權不足。