之前的同步測試，初號機拒絕了克隆體真嗣駕駛。然後是傀儡系統，也無法啟動了。律子從資料找不到原因，臉色無比陰沉。
初號機是莉莉絲的複製品，不是亞當系的EVA，連渚薰也奈何不了，現在只好讓綾波上馬了。
沒想到，插入栓剛置入機體內部，開始啟動的時候，初號機渾身顫抖起來，發出不甘的怒吼。
“同步連線失敗，精神連線被拒絕！”
“連她也不行嗎？”律子臉色十分難看。
插入栓裡，綾波感受到了神經迴路的逆流衝擊，腦袋像針扎一樣痛，她還是一聲不吭忍下來了。
“我能感受到你的心……充滿了憤怒和傷心……”綾波述說著自己的心聲：“我只是想……實現碇君的願望……擊敗所有的敵人。”
透過LCL，這個意念傳入的機體的神經連線中。
“什麼情況？”美里急匆匆過來了。
律子搖搖頭。
“無法啟動嗎？”美里看著機架上的初號機，若有所思。
“既然這樣的話，麗……”
“再試一次吧。”綾波的聲音道。
“有用嗎？”美里問道。
“最後一次。”
“好吧，那就試試。”
律子下發了啟動指令，初號機的眼睛亮了起來……
“竟然成功了？”律子有些吃驚。
美里心頭的石頭落了地。臨行前，她告誡綾波道：“麗，你要小心，使徒有針對人心的攻擊手段。”
“是。”綾波停頓了一會兒，又說了一句：“也許，我根本沒有心。”
市區上空，此時各種炮彈組成一片片彈幕，對著NERV狂轟濫炸。由於穹頂那五六十米直徑的大洞根本來不及修復，很多炮彈落入了地下都市，炸出了很多彈坑。震動傳導到下方，人心惶惶。
“這是……不好！”青葉茂看著螢幕，突然大叫了一聲，一把推開椅子站起來：“對方發射了十枚N2導彈，朝我們這邊來了！”
“還有多少時間？”冬月站了起來。
“14秒……不，只有11秒了！”
一枚N2導彈有萬噸的當量，足以將殘存的第三東京市地上建築犁為平地，連地下都市也要遭殃。
螢幕上顯示著實時彈道資訊，以及不斷縮小的倒計時。許多人臉色煞白，額頭冒汗。更多的則是反應不過來，呆呆的沒什麼表情。
“……5……4……3……”
突然，一個紫色的巨大身影出現在戰域圖中。
“是初號機！”瑪雅率先打破了沉默。
初號機一躍而起，撐起一個巨大的AT力場面，幾乎覆蓋了大半個市區。
轟轟轟！
數個毀天滅地的巨響連在一起，聲震幾百裡。初號機展開的力場，將爆炸的光和熱、以及衝擊波阻擋在外。
天空好像多了上千個太陽一樣明亮，熱輻射也被AT力場反射出去。
緊接著，爆炸中心的低壓捲起了超過十二級的大風，在力場覆蓋面積之外，無數樹木跟植被被連根拔起，或成倒伏狀。拳頭大的石頭跟雜物也被暴風裹挾其中，釋放著巨大的破壞力。湖水被倒捲上空中，然後迅速蒸發，消失殆盡。
最後，席捲的塵埃和水汽，在都市上空形成了一個數百米高的蘑菇雲，蔚為壯觀。
幸運的是，大部分居民避難點都建在地下，或者堅固的防禦工事裡，足以抵擋核爆攻擊，所以傷亡極小。不過，初號機照顧不到建築就遭了殃，徹底化為廢墟了。作為第三東京市的市民，面對這種飛來橫禍，實在欲哭無淚。
地下指揮中心的各種破壞告警狂閃個不停，待幕牆畫面恢復時，初號機仍然站在爆炸的中心，以兩手託天姿勢。
高強度的外裝甲微微焦化，部分表面有熔融的痕跡。在這種大範圍攻擊之下，初號機為了撐大防護面，不得不降低了單位面積的力場強度，以至於出現了機體損傷。
“麗！”美里呼喚了一聲。
“我沒事。”
聽到這句話，美裡松了一口氣。
緊接著，日向庚的電腦又狂閃起來。
“怎麼可能，這麼恐怖的力場波動！”看著上面幾乎爆表的資料，他趕緊擦了擦眼鏡，“是探測機器人故障嗎？”
初號機的身前突然出現一個球形力場，緊接著迅速增大。龐大的機體做了一個投擲鉛球的姿勢，將這個AT力場球轟上了天。
監控中心的顯示屏出現了一個速度恐怖的紅點，迅速穿透了大氣層，跨越了2.8個地球直徑，襲向了使徒。
螢幕一閃，重新整理了資料。
“使徒圖樣……消失了！”日向庚扶了扶眼鏡，滿臉難以置信。一向打醬油的綾波，竟然有這個乾脆利落的作戰風格，這太像真嗣的作風了。
“作戰成功！”美里宣佈了勝利。
眾人愣了一會兒，才歡呼起來。
二號機的插入栓裡，明日香痛苦地閉上了眼睛。“沒想到會被她救了，我真的越來越差勁了……”
眾人忙於收拾戰後爛攤子的時候，明日香則偷偷找到了“真嗣”。
看著那個呆呆的傢伙，臉上的表情失去了往日的欠揍神采，眼神也變得呆滯無光。
她拿著一個資料採集的裝置，採集了真嗣的指紋、虹膜和頭髮。
“記得我嗎？”
“你是第三適格者，式波·明日香·蘭格雷。”
“那記得我們以前的事情嗎？”
真嗣的表情一片迷茫，“不記得了。”
“你說我媽媽還在二號機裡，不記得了嗎？”明日香的聲音有些顫抖。
真嗣搖搖頭。
嘭！
她朝真嗣的側臉狠狠打過去，對方沒有閃躲。明日香的拳頭一偏，打在牆上……
“不，我不相信！”
看著螢幕上的數次匹配結果，明日香無法接受。
忽然，螢幕一閃，冰刀又刷存在感了。上面顯示了一句話。
“沒錯，這是真的。”
明日香嚇了一跳，四處張望著，以為有人在窺視她。
“不用害怕，我是真嗣生前的AI助手，你之前經常用我搜片子呢。”
明日香：“？？？”
“開發者死後，我就作為遺產留下來了。”
“你怎麼不跟他一起死？”明日香感覺有人在戲弄她。
“沒有得到自我格式化的授權，我是不死的。”
“碇真嗣呢？又在裝神弄鬼耍我是吧！快讓他出來！這次我下手可不留情了。”
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“這是上次戰鬥的事故報告，以及克隆體的生產過程……”
明日香神情麻木翻閱著報告，直到看到律子趁真嗣昏迷的時候，用一個機器克隆了他的人格……然後是克隆體的培養畫面……她想到了綾波身世，記得真嗣隱約提到過。
美里百忙之中來到了休息室喝口水，她現在狀況很不好，臉色蒼白，冷汗連連，覺得有些頭暈。
肚子裡像綁了一個鉛球，有著墜漲的撕扯感，只能癱坐在座椅上。她摸了摸肚子，咬牙道：“一定是這個小東西鬧的……”
美里一向百病不生，身強體健的。現在因為有了小生命，血條大減。
“美里，你跟我來一下。”這時候，身後出現了一個聲音。
“明日香，怎麼了？”美里見她臉色很不好看，關切地問了一句。
明日香深吸了一口氣，道：“關於真嗣的事情，我想跟你談談。”
美里臉色一凝，看著明日香的眼睛，還是點了點頭。
兩人找個一個偏僻的雜物間作為談話地點。
半小時後，明日香哭著跑出來，不顧阻攔回到地面，朝家裡的方向趕去。
NERV這個充滿了汙穢和罪惡的地方，她一刻也不想多待。
真嗣的死，對她是個不小的打擊。更別說剛才，他又在潛意識裡救了她一回。
明日香的駕駛服還未褪下，邊跑邊擦著眼淚。無人的街道上，紅色的身影速度極快，幾乎成了一道風。
“嗚嗚……真嗣大笨蛋，你怎麼說死就死了，還死的那麼慘……馬上給我活過來，欠我的揍你還沒還清……嗚嗚……”
明日香趴在地上，哭成了淚人。上次她這麼痛哭，還是在母親去世的時候。
哭泣的聲音驚動了一條流浪狗，它從草叢裡鑽出來，小心翼翼走到明日香身邊。
明日香抬起頭，看到的是一隻醜得感人的黑狗，正用滴溜溜的大眼睛好奇地注視著她。
“看你媽啊，滾開！”