一道道能量組成的煙柱從六號機身上逸散出來，連線到靈魂之扉的中心，進行某種能量的互動，整個機體發出刺目的強光。
大地開始震動，強度越來越大，這是黑之月即將破土而出的徵兆。
這時候，舊東京圈的市民剛收到了政府釋出的緊急災害警報，富士山火山爆發了。天空中轟隆隆作響，一朵由火山灰組成的黑色蘑菇雲，在風力和空氣對流的作用下不斷擴散，在地平線上升起，引發了大面積恐慌，民眾開始奔湧到超時、便利店搶購食品跟飲水。
接著，天空突然變得一片血紅。不是黃昏的那種夕陽紅，而是空氣都浸透了血液一般，是一種令人心悸不已的異常現象，就像用紅色塑料紙遮住了眼睛。無數居民走出建築物，開始到處張望，不知所措。
以至於，地空中高速劃過的三道導彈的白色尾跡，都沒多少人注意。
人類掌握的最強武器——核武器終於出動了，N2爆彈雖然綠色無汙染，終究還是因為威力不足。人類面臨生死存亡之際，已經不是顧忌核汙染的時候了。
在衛星和微波的引導下，三發100萬噸當量的三相彈（一種威力加強版氫彈）迅速抵達靈魂之扉上空，此處的空間環境已經發生了不可預知等變化，電磁波被吸收或遮蔽，導彈只能依靠慣性制導和地形圖像識別繼續朝著落點前進。
三道流光從天而降！
在45千米外的第三東京市觀測，只見天邊升起了一個刺目無比的太陽，一瞬間騰空而起的火球直徑達4千米。激波向外傳播，其負相位部分使空氣的密度迅速降低，形成兩道水蒸氣就會凝結的白色圓環……衝擊波在爆心投影點附近地面的反射和負相的抽吸作用使得地面掀起巨大塵柱，和煙雲相銜接，形成高達18公里以上的蘑菇狀煙雲……
氫彈爆炸產生的電磁波航橫掃一切精密電子設備，包括太空的衛星也收到不小的干擾。部署在外圍的探測器，傳感器紛紛電路紛紛擊穿報廢，中央作戰司令室的大屏幕一黑，彈出了無數告警視窗。要不是處於低下深處，還要報廢更多的電子設備。
通訊的恢復需要時間，至少在一刻鍾內，NERVJPN成了瞎子聾子。
然而核打擊之後，靈魂之扉並未關閉，發動第三次衝擊的儀式並未被打斷，眾人的心頭逐漸蒙上一層絕望的陰影。
此時，在伊豆半島中心的戰場，原來的山谷已經化為一片焦土，形成一個寬度超過一千米，深達五十米的大坑。5psi的超壓衝擊波讓方圓6.7公里的樹木倒伏，更加接近爆心的則化為焦炭燃燒起來。空間中的輻射強度超過6Sv，排除高溫真空的極端負面影響，也足以讓人斃命。
噗！
一架發著白光的機體從土石裡冒出，六號機被強大的衝擊波摁進地裡。果然，這種當量的核武器還是不起作用。畢竟一個成熟颱風每0分鐘釋放的能量，相當於引爆一顆1000萬噸當量的核彈，每小時釋放的能量等於600多顆廣島原子彈爆炸的威力，雖然威力分散了。
此時的六號機也不是完好無損，機體表面的裝甲在X射線和熱輻射的作用下，幾乎熔化了大半，表皮也有著大面積燒焦。它手中的朗基努斯之槍和卡西烏斯之槍已經恢復到了不辨彼此的雙絞槍狀態。
然而靈魂之扉並未關閉，從靈魂之扉貫注的無形能量氣柱，好像有了生命一般扭曲抽動。
六號機體表的傷勢，以肉眼可見的速度恢復著……並再次升空！
忽然，六號機的動作一滯。
低頭一看，一隻冒著青煙的手臂死死扯住了它的一條腿。
“什麼？！”
是初號機！
渾身破爛不堪的初號機，如蟒蛇一般迅速盤上了六號機，兩手死死抓住雙槍，死死纏在六號機身上，然後對著六號機的脖子就拼命啃了起來。
噗哧！
動脈湧出的鮮血如高壓水槍噴水一般，落在高溫的琉璃質地面上，發出哧哧的聲音，蒸發出大量血霧。
嘭！
兩臺機體之間炸開了一圈圓盤狀的氣流，空氣被撕裂開。初號機一個膝撞將六號機擊飛，重新奪取了雙槍。
噗哧！
一個巨大而猙獰的頭顱掉落在地，初號機竟然將六號機的脖子啃斷並徹底撕裂。
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無頭的六號機竟然沒有失去行動能力，重新升空後，靈魂之扉在數秒內關閉了，方圓數千裡的夜空終於恢復正常。看來，掌握雙槍竟然是發動第三次衝擊的關鍵。
六號機也沒想到自己重傷之下會被初號機偷襲，對著初號機沉默了一陣，很快化為一個黑點顯示在夜空中。
亞當的分身不像一般使徒和EVA，有著核心存在。這傢伙沒有弱點，掉了腦袋也沒事。
確定六號機消失後，初號機才跪坐在地，用雙槍支著身體，進入準拘束狀態。
好溫暖的感覺……真嗣的意識逐漸清晰起來，他感覺自己徜徉在溫熱的水中，非常舒服，有一種從未有過的放鬆感和安全感。
緩緩睜開眼，入目是刺目的陽光。
“嘶——這裡是……”
真嗣環顧四周，發現自己赤身漂在湖面上。環顧四周，空無一物，充滿了未知的朦朧感。不遠處的湖邊樹下有個穿白衣的女人，背影有些熟悉，正坐在躺椅上看書。
他感覺自己心跳加快了幾分，整個人忽然飄起來，不由自主朝著那個女人的身影靠近。
“醒了呢，我的小真嗣。”女人回過頭，露出充滿愛意的微笑，那是一張足以魅惑眾生的臉。
“媽媽？”
真嗣心頭巨震，竟然是碇唯。而且音容笑貌，與當年無異。儘管十多年未見，真嗣還是對她充滿了感激與敬慕。不由著急問道：“這兒是哪？你怎麼會在這裡？”
碇唯摸了摸他的頭，笑道：“真嗣長大了，成為男子漢了呢。好高興，你還能認出媽媽，我以為你忘了呢。”
“怎麼可能。我知道的，你一直在我身邊，保護著我。”
碇唯將他擁進懷裡，“媽媽對不起你，一直以來，辛苦你了。”
“對了，我是死了嗎？不然怎麼能見到你。”
“沒有，這裡是我構建的精神世界。”碇唯看著天邊的彩霞，“現在的我……存在方式比較特殊，也許只是生前一抹不甘的意識，讓我堅持到現在。”
“父親一直在想辦法見你，甚至復活……”
碇唯打斷道：“沒有什麼意義，他一直追逐的東西，不是我要的。”
她撫著真嗣的臉道：“看到你現在的樣子，我就沒有遺憾了。”
“可是……”
“我的時間不多了……”碇唯說著，周圍的景象突然扭曲起來，就像透過高溫的水蒸氣看東西一般。
“怎麼回事？我該怎麼做才能救你出去？”真嗣大急道。
“沒辦法呢，初號機保持覺醒的話，這裡就待不下去了……不過，也到了下決心的時候，以前我一直舍不得你……”
真嗣注意到，從地平線開始，湖光山色逐漸被黑暗吞噬。
“聽著，真嗣。”碇唯溫柔注視著真嗣的眼睛，“S2能量核心，是一種神秘而怪異的存在。它們竟然連通著另一個宇宙，自己卻沒辦法獨立存在，必須依賴於使徒或EVA才能觀測到活動。但是，自從初號機獲得S2機關以來，我就感覺到了……它們是有意識的，是活物，甚至還能互相通訊……”
天空逐漸黑暗下來，甚至湖水都開始虛化消失。
“到底怎麼回事？你會怎麼樣？”真嗣心頭有無數疑問。
碇唯唇角泛起一抹苦笑，“沒辦法了呢。媽媽不會消失哦，而是去另一個宇宙探索未知，就是S2機關聯通的那個神秘世界，我一直很感興趣。”
碇唯說著，額頭竟然冒出一個光團，飄在兩人之間的空氣中，“這是《死海文書外典》對使徒之力的描述，以及我的一些研究感悟……記住，不要過於依賴S2核心，因為使用這種力量，不是無限制的，也不是無代價的……”
光團一閃，瞬間沒入真嗣的眉心。他晃了晃腦袋，沒感覺到什麼異樣。
“對不起，媽媽不能繼續保護你了，以後你只能靠你自己了……”碇唯流著淚，充滿了不捨，身體卻漸漸透明起來。
“等等，我……”
這時候，碇唯已經化作一個光點，消失在天際。
真嗣感覺一腳踩空，不斷在黑暗裡下墜，還停不下來……（未完待續）