在專門為孤獨症兒童服務的教育機構裡，“孩子們都好可愛，源堂，他們表面看起來也沒什麼不同。”碇唯看著走廊裡熙熙攘攘的小豆丁感嘆道。
走道裡孩子們互相推搡著，卻是安靜的，沉默的。
“這些孩子都不打鬧，也不吵。”老碇百忙之際還是陪碇唯來了。
“真嗣在這裡，會孤獨的吧。真的要讓他留下嗎?”周圍的窒息感讓碇唯不太舒服。
“先待一陣子看看效果吧，真嗣屬於高功能自閉症，在自閉症人群中只佔十分之一左右，比較容易干預。”
“嗯，專家也說真嗣可以更早開始融合性教育(融合性教育是指特殊兒童與普通兒童同時在一個環境下接受教育)。”碇唯看著呆站在一旁的真嗣說。
“真嗣是個有特殊才能的孩子，不是病人。他只是很多東西需要額外引導而已。你看他平時不愛搭理別人的樣子，其實他心裡非常敏感。你給他的愛，他都能清楚感受到。他也會回應，只是表達方式不同。”
碇唯清楚記得，一次下班回家晚了。真嗣在客廳裡等她，也不說“媽媽回來啦”，只是默默走近，把一顆糖果塞進碇唯手裡就走開了。那是她最喜歡的檸檬口味，而她只提過一次喜歡這個口味，真嗣就記住了。
真嗣確診為高功能自閉症後，碇唯找了最好的治療機構進行干預，因為這種症狀越早治療越好。碇唯在工作之餘，也積極學習相關知識，給與真嗣更多的關注和引導。
表面上，真嗣只是安靜內向了點，有點不善言辭。但強大的學習記憶能力十分出眾，特別是在語言學習方面，抱著一部大辭典幾個星期就背完記住了內容，也許光芒掩蓋了缺陷可以讓人接受。
“3年了，真想讓時間慢一點啊。”真嗣感嘆道。在他人看來，他只在牆角看一本大部頭——《生物計算機基礎》，入迷的樣子，翻頁有模有樣的樣子非常可愛，當然誰都不認為他能看懂。母親碇唯從事相關工作，家裡不缺這種書。
重生以來，他都在不斷地探索感受新的世界，新的身體。
“以前看的都是二次元的動畫，現在是完全版的真人現實世界。”雖然接觸的人不多，但現實人物都跟動畫人設一致。總給他一種不真實感，非常怪異。
最大的煩惱，是無法全天清醒過來。只能靠潛意識讓自己進行一些活動，例如閱讀。經過這些年的摸索，他發現自閉的自己好比另一個人格，可當做“表人格”。除了對數學計算、記憶和圖形色彩方面天賦優異之外，跟該年齡段的孩子無異，也沒有讀取前世記憶的能力。
此時真嗣的意識，如果沒有覺醒的意願，就如同一個旁觀者，透過第三者視角觀察自身的一切活動。不過可以透過潛意識暗示引導表人格的言行，如同操縱一臺不靈光的機器。例如決定晚飯吃什麼，迷路該走哪條路，要讀什麼書。
不過，一旦清醒過來，相當於凌衝這個人格完全覆蓋了表人格的意識。此時，凌衝作為裡人格，一旦覺醒就如靈魂歸位，自帶學者綜合徵天賦技能。更令他高興的是，前世的記憶歷歷在目，前所未有的清晰深刻。讀過什麼書，從小學課本到大學專著，看過什麼動漫本子，甚至碼過幾行程式碼都事無巨細，歷歷在目。
非常奇妙的體驗就是，他可以讓表人格一邊閱讀記憶知識，裡人格一邊思考吸收。雙線程工作，互不干擾。而且他發現裡人格在潛意識中思考吸收知識更加快速，相當於時間流速放緩了，這大大加快了他的學習速度。
“難道，這種異常精神情況就是獲得天賦的代價?”有時真嗣挺鬱悶地想。
“但是，這種雞肋天賦除了提高我的學習速度和知識量，對戰使徒根本沒有卵用。不會是那個二次元女神經搞的鬼吧?”從一開始，真嗣就為駕駛EVA做準備，因為這樣才能改變女神的悲劇命運。
“一定要改變綾波麗和明日香的命運，否則又是悲劇收場，那我進入這個世界就沒有意義。”真嗣暗暗計劃著。
於是，真嗣從前世擅長的技能入手。他本是一個軟體工程師，學硬體出身，任職於一個大型網路公司從事技術研發工作。
事實上就是技術宅一個，平日沉浸在自己的世界，跟朋友交際很少。因為工作性質原因，靠技術吃飯，不喜歡種種跟人打交道的事情，遠離玩辦公室厚黑學。活得單純而平淡，就一點二次元愛好，沒想到因為搶手辦死於非命。
透過對大量前沿資料的吸收，才對EVA世界的科技實力有了大概的瞭解。這個世界的科技發展不均衡，科技樹都點成一顆歪脖子樹。有多個領域的技術秒殺前世的科技水平。
武器方面的N2(NonNuclear)系列眾所周知，有核武器威力的非核武器，綠色環保，不輻射花花草草。
首先生物科學領域不用說了吧，根本不是一個時代的技術。EVA就是本世界最高科技造物，是極為先進的生物技術，都涉及到“靈魂打撈”技術了(儘管只對Adam和Lilith有效)，就是體外克隆量產綾波麗移植人格(靈魂)。
其次是計算機領域，三賢人系統MAGI本質上是生物計算機和電子計算機技術集大成之作，運用生物芯片製造。能夠移植人格的超級計算機，其強大的處理能力，政府機構甚至用這套系統作為決策依據，已接近強人工智慧的水平。據稱，其運算速度要比當今最新一代的計算機快10萬倍，能量消耗僅相當於普通計算機的十億分之一，儲存資訊的空間僅佔百億億分之一。
其次還有許多不起眼的“黑科技”，因為技術實現實在太bug了。
高振動粒子刀，刃處高速振動的粒子可以將對手自原子層面切斷，屬於無視對手裝甲材質的破壞武器。
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反物質武器陽電子狙擊步槍(或陽電子炮)，這涉及到反物質的製取和儲存。
還有超電磁強化盾，可擋住雷天使十幾秒。
仿製朗基努斯槍，這算人類科技造物，能夠變形還自帶動能。
NERV月球支部，建立了整個建造基地。以及NERV、SEELE的全息投影技術，這涉及到的材料科學和航空技術，管中窺豹可見一斑，顯然十分先進成熟。
最奇特的黑科技是：無法被使徒消化的沃克曼磁帶播放機，以及高智能溫泉企鵝PENPEN。
所以，本質上EVA是一部主題黑暗，帶科幻、宗教元素的校園動漫。雖然有種種不科學的黑科技，矛盾的設定，濃厚的宗教元素，但看著真爽。而且青少年可以在其中找到自己的縮影，又有妹子可以擼，開創整個二次元產業輝煌時期的作品，當然受眾廣影響深。
真嗣最感興趣的當然是生物計算機技術，有空閒都在閱讀相關資料。得益於強大的記憶和理解能力，學習速度飛快，汲取先進知識的快感讓他深深沉醉其中。
2003年，真嗣3歲。國聯完成了對南極的調查，根據調查結果設立了位於箱根的人工進化研究所。冬月首次探訪人工進化研究所，之後開始協助源堂。在人工進化研究所的地下有個廣大的球形巨大空洞，而NERV本部就利用這個空洞而建造。此時，E計劃始動，零號機也開始建造了。
E計劃，即“亞當再生計劃”，就是基於亞當胚胎的研究建造EVA機體的計劃，其成果便是“Evangelion”機體，始於零號機的建造。顯然，這是SEELE“人類補完計劃”的子計劃，補完劇本的步驟之一。
箱根(第三東京市)，蘆之湖湖畔。
碇唯帶著嬰兒車上的真嗣，跟冬月談話。
“相同的天氣日復一日，這國家沒了秋天實在是件無可言喻的傷心事。”冬月面朝湖面感嘆。
“SEELE手上的《死海古卷》，要是按照上面寫的，十幾年後會發生第三次衝擊。”
“阻止最後悲劇的發生的組織，就是SEELE和Gehirn(NERV的前身)。冬月老師，解開那個封印非常危險。”碇唯勸阻冬月不要公開第二次衝擊的真相和SEELE的存在。
“資料都交給碇了，因為這不是個人能做到的事情，我們將不再重演上次的悲劇。我也收到委婉的警告，看來他們想讓我消失易如反掌啊。”看來冬月曾受到SEELE的威脅，強迫其入夥。
“對殘存下來的人類也是一樣，要毀滅人類是十分簡單的。”
“就算如此，你也不必去當被實驗者啊。”冬月擔心碇唯的安危。
“一切都按照命運的安排，這也是我留在SEELE的原因。”碇唯抱起了真嗣，“而且，這也是為了真嗣。”她已經下定決心了。
“人類仿造神造出了EVA，這才是真正的目的吧。”冬月說。
“嗯，人類只能在這顆星球上生存，但是EVA可以無限制地存在下去，和寄宿其中的人的心靈一起。就算過了50億年，地球和月亮都消失了，EVA也會一直存在下去。即使只有一個人活下來，雖然會非常孤寂，但只要繼續活下去的話……”
“那樣人類曾存在過的證據就會永遠地留存下去吧。”冬月接著說。
顯然，這次實驗的後果碇唯是做好心理準備的。靈魂留在初號機裡，也是她的意願。
碇唯也是反對SEELE的人工成神計劃的。而SEELE的手段之厲害個人力量無法抗衡，公開的反抗肯定沒有任何用處。因此阻止其人工成神計劃的最好方法就是潛入其補完必備道具——Lilith的複製品(初號機)並將其控制。
SEELE的補完計劃裡最後用的都是源自使徒的傀儡系統(DummySystem)。唯只要能使初號機擁有自己的意志抵制傀儡系統就能在最後阻止SEELE的野心。
可惜，真嗣此時還是一個奶聲奶氣的小屁孩，無力阻止這件事的發生。
結果，碇唯還是在次年的EVA啟動實驗發生預料中的意外，同步率達400%，靈魂永遠留在初號機裡。
“碇唯也算是遵從了自己的意願吧。”凌衝想，TV版的真嗣同步率也達到400%化成汁，最後也能憑藉自己的意願回來。如果碇唯想脫離初號機的話，早就自己回來了。
所以在EVA裡，碇唯最偉大，她為了人類能夠繁衍下去犧牲了自己。
可憐的老碇，一直被冬月和唯的計劃矇在鼓裡。