儘管在全世界範圍內，但特定領域的學者圈是極小的。很自然的真嗣就結識了赤木直子——MAGI系統之母。赤木直子不愧是該領域的天才科學家，為真嗣解答了很多學習障礙。只是身為女人，在感情方面太過執著死腦筋。甚至把這個特點也遺傳給了女兒赤木律子，好在律子也繼承了母親的高智商基因。
赤木直子在2008年才完成MAGI的理論基礎，真嗣佔了先知的優勢，很多問題都跟赤木直子透過郵件討論，甚至在生物電腦上移植多個人格協同互動運算，最後得出結論也是他提出的。儘管這個觀點不新鮮，但真嗣透過小Q先做出了一套試驗系統，驗證了這個理論。
赤木直子在科研方面成就極高，但情商有些欠費。他只把真嗣當做一個優秀的科研夥伴，奉為同行知己，很多問題都很樂意交流，當然在不洩密的前提下。此時她已加入老碇領導的人工進化研究所，負責生物超級計算機系統的開發。
在赤木直子眼裡，真嗣是個優秀的天才，學習理解速度超高。身懷大才卻蝸居在一個歐洲小國當業餘研究者（這是真嗣偽裝的身份），實在浪費。辛虧赤木直子情商不高沒有讓情報機構調查他，不然早就露餡了。
這也是真嗣努力偽裝的結果，他從不過問赤木直子的工作內容和機構資訊，只談生物計算機領域的問題，純學術交流很正常。赤木直子也嘗試拉攏真嗣入夥人工進化研究所，真嗣只能以身體殘疾為理由拒絕。
真嗣也透過一些試探，想跟她多談些生活上的事情以拉近關係，不過赤木直子一開始很逃避私人話題。看來她心防很大啊。他費盡九牛二虎之力，在告明身體殘疾可能獲取了赤木直子的同情心，終於撬開一點縫隙。
她開始傾訴生活上的煩惱，例如忙於工作無暇管教女兒。不過沒談到老碇。
雙方不斷保持聯繫，人工智慧助手小Q的開發也一直在進行，不斷完善。漸漸地，雙方的交流逐漸深入，真嗣甚至把一些畫作發給赤木直子品評。
可惜赤木直子是個純粹的科學家，愛好就是研究工作無法品評。真嗣只是營造一個多才多藝的學者形象而已，以提高在赤木直子心中的分量。
如此，在真嗣的努力之下，兩人幾乎成為無話不談的朋友。甚至赤木直子坦言老碇的存在。
老碇親自出馬玩弄赤木直子的感情，可憐她一直矇在鼓裡。
真嗣疏不間親，也不好主動談及老碇的話題，說老碇的壞話，因為目前為止老碇都沒犯什麼錯。
幾年過去了，真嗣早已滿足融合教育的條件，可以上普通小學了，他卻死賴在教育研究所不走。因為只要上了普通小學，就沒那麼多時間做自己的研究了。
透過測試，證明真嗣有大學的知識水平，老碇也就不管了。只是定時打錢而已。真嗣閒暇之餘用畫畫和看書打發時間，還報了格鬥班，苦練格鬥技巧，提高身體素質，為將來做準備。
根據老碇的想法，真嗣這個懦弱少年如果不行，他就是個EVA駕駛員備胎。
也說不定真嗣才是備胎，因為他的表現老碇的情報機構都看在眼裡。他的資料肯定會定期擺在老碇的案頭。不過資訊科技這塊以及跟赤木直子的交流被真嗣掩飾了。
在老碇看來，真嗣只是個喜歡玩體感格鬥遊戲的自閉死宅，愛好是玩玩組裝電腦，用灰色產業掙點零花錢購買裝備。
當然深入調查會發現奇怪之處，真嗣賭五毛老碇不會對他這個小屁孩投入大資源調查，也不會派人監視，讓教育機構定期彙報就不錯了。不過跟赤木直子的聯絡是萬萬不能洩露的。
真嗣有了大量閒暇時間，都用來做研究。入侵能力提高了，開始收集有關SEELE相關的一切資料。可惜收效甚微，研究所的很多資料都是物理隔離的，網上能夠弄到的只是一些公開資料。
目前確認的就是SEELE通過幾家大財團操縱世界金融，甚至控制國聯議會，勾結軍方，勢力龐大，關係複雜。
能與SEELE對抗的，只有視其為威脅的各國政府了。
終於到了2008年，真嗣7歲了。
赤木直子完成了MAGI的理論基礎，在真嗣的幫助下這個系統架構更加成熟了，只是Gehirn的研發進度跟著計劃表走，所以時間也沒提前多少。此時赤木律子跟隨母親赤木直子加入研究所，成為主要執行人。
“Karl（真嗣化名），我的理論終於完成，進入建設實現階段。這麼順利要好好感謝你！”赤木直子很高興，迫不及待向真嗣報喜。畢竟MAGI以後會成為政府的決策參考機器，遲早會公開，也不是什麼絕密內容。
“恭喜！我的貢獻微不足道，這全憑您的才能實現的，您給我的幫助更多，是我該感謝你才對。”真嗣回覆。
雙方保持這種穩定的交流。真嗣維持之際，只能一個人埋頭苦幹。畢竟赤木直子的研究所上萬名頂尖人才合作，加上SEELE的海量資源支援，他一個人儘管開掛但人力有限。
目前的條件限制，只能讓小Q走生物計算機加電子計算機混合路線，發揮這兩個系統的優勢。開發升級過程儘管困難重重，但頂不住真嗣奇思妙想不斷，靈感不絕，智慧程度已經不下於主流商用系統了。頻繁跟同行專家們交流，真嗣始終朝著技術最前沿的方向努力，不至於走歪路錯路。
小Q的智慧程度不斷完善，在真嗣的規劃中，走的是另一種方向了，他甚至有一個大膽的設想：如果將小Q植入人體……
透過跟赤木直子的交流，他也瞭解MAGI的基礎架構和實現原理，當然更多細節和涉密內容赤木直子不會透露。
畢竟MAGI系統由一人牽頭開發，但一些模組都是各領域專家合作完成。例如安全領域，反入侵系統等。
真嗣又埋頭鏟了兩年屎，基本脫離社交，成為一個徹底的自閉死宅，有時候甚至一個月都沒說幾句話。
除了林老師定期去看他，基本脫離社會了。
“真嗣，你爸真狠心把你扔在這邊不管，為什麼不願意去找他呢。”林老師私底下跟他講中文，難得有個人可以說母語。
“他工作忙吧，我不想煩他。”真嗣一邊看書一邊說道。
“今晚到我家吃飯吧，我做了糖醋排骨哦。”林老師非常喜歡真嗣，經常帶他回家吃飯。也許更多是看這孩子可憐。
“嗯，好的。”真嗣摘下眼鏡，難得露出一個笑容。
吃完飯，在林老師那邊待了會兒，回到住所已經很晚了，真嗣收到赤木直子的郵件。
“Karl，我的MAGI系統終於完成！根據你多年前的提示，我植入了我身為科學家、女人與母親的的3個人格。計算執行起來這三個系統爭論不休呢。最後的決策出自於這三大系統的商議，一般問題少數服從多數，特殊問題採用一票否決制……”
“NERV的大腦終於完成了嗎，很好。”自己參與了部分基礎理論的完善，至少瞭解了最基礎的東西。MAGI正式部署後，只要再試驗一些細節，以後入侵能省很多功夫。
畢竟MAGI的副本會部署到其他NERV分部，甚至SEELE本部。作為系統中樞至關重要。
真嗣很快回覆賀喜，並提醒她少抽點菸注意身體。
此時赤木直子還在昏暗的辦公室裡加班，收到真嗣的回覆心裡暖暖的。想到跟老碇的戀情，從來都是她主動，連Karl都比他關心自己，心裡又開始發緊。
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這時候辦公室出現自動門開關的聲音，赤木直子回頭一看，是一代目綾波麗，還是個小蘿莉的樣子。
不過，一代目綾波麗很像碇唯讓她不喜。
自從碇唯死後，赤木直子高興了一陣子，以為能小三上位，沒想到老碇只是吊著她。目的是利用她的才幹完成MAGI的開發，系統建成之日，她也就沒有利用價值了。
“麗醬，有什麼事嗎？”赤木直子儘量裝出親和的笑容。
“我迷路了。”
“這樣啊，我帶你走吧。”
“不用。”一代目綾波麗說話也是面無表情。
“那樣你一個人回不去不是嗎？”
“不用你管，老太婆，我一個人回得去。”一代目綾波麗開啟嘲諷模式。
“你叫我什麼？大聲點，我沒有聽清楚。”赤木直子怒了。
“老太婆。”幼`女版綾波麗面無表情說道。
“大聲點，再給我說一次看看？”
“不是我說的，是所長說的啊。提到你的時候，所長就是這麼說的。他說老太婆囉嗦又煩人，老太婆已經沒有利用價值了，沒用了。”一代目綾波麗發出了錐心一擊，無視了赤木直子的可怕表情，繼續說道：“你都不知道，我看你可憐才告訴你的。所長每次提到你，都那樣說哦。”
想到自己放下女人尊嚴付出的一切，赤木直子受刺激之下終於失去理智，“你憑什麼……”狠狠地掐住了綾波麗細嫩的脖子，“反正你就算死了，也有替代品，跟我一樣！”赤木律子面目猙獰吼道。
清醒後她才發現這個孩子已經沒有心跳和呼吸了，這個像碇唯的孩子，像她最嫉恨的女人，已經死在自己手中。
“叮咚，有新郵件。”小Q提醒道。
“咦，這麼快赤木又發郵件了。”真嗣開啟郵件。
“Karl，這是我最後一封郵件了，我真是愚蠢的女人被男人利用那麼久。我殺了人，犯下不可饒恕的錯誤，附件是我一生的心血，MAGI系統的原始碼下載地址……屬於絕密，你實際上是開發者之一以後靠你繼續完善了……這是我最後的禮物了。最後對你說聲謝謝，也許我該早點認識你，永別了。”
赤木直子發完這封郵件就清除了所有跟Karl的來往郵件記錄，顯然不想給他帶來麻煩。
收到這份邏輯混亂的郵件後，真嗣才知道，該發生的還是發生了。
不過得到MAGI系統的原始碼，純屬意外，源自一個女人微不足道的報復。
2010年，NERV的中樞電腦MAGI完成的當日，開發者赤木直子在MAGI系統的高臺上墜亡。人工進化研究所Gehirn經過改編，成為了新的秘密組織NERV。
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