5年後，也就是2015年3月，真嗣在一個早晨收到老碇的信件，通知他到位於箱根的第三新東京市。可能考慮到他精神情況特殊，老碇特地派了兩個正裝配墨鏡的黑衣人上門。
為什麼叫第三新東京市呢？因為原來的東京市在第二次衝擊下被海嘯摧毀，然後營建的第二新東京市，隨著經濟崩壞，戰爭爆發，又被新型炸彈摧毀。所以才有了第三新東京市，位於日本箱根，是專為對抗使徒建立的超級要塞。
“開始了，老碇的計劃提前了。”真嗣想，原劇情老碇想拉屎才挖坑，使徒來襲當天才接真嗣過來救場。
這樣才合理嘛，哪有使徒來襲才匆匆接廢柴少年上馬，萬一途中被炸死使徒踩死，或者廢柴少年死活不敢上……不知道老碇哪來的自信。
就算知道碇唯的靈魂會保護自己的孩子，沒測過的東西，任何一個環節有問題都可能導致計劃失敗NERV自爆全劇完。
真嗣現在每天清醒時間提高到一小時左右，無論他做何種嘗試都無法加快這個時間。
人格表裡不一的情況，困擾他多年，百思不得其解。
表人格是正常成長的意識，無法共享裡人格的前世記憶，除非裡人格透過潛意識的暗示讓他知道。
所以，表人格就只是個正常的自閉少年。好在經過多年的自我調教，表人格除了個性天真逗比，思維跳脫之外沒什麼大問題。
老師林昭雪特地請假過來送他，真嗣很感動，相處多年兩人姐弟情分多些。
臨別之際，“真嗣，我特地用六爻給你算了一卦，是大壯卦哦。”林昭雪又開始神棍了，真嗣很無奈。
“好吧，卦象何解？”真嗣只得配合她這個愛好。
“這是中上卦哦，此行不可莽撞，否則不吉……”她忘了什麼，趕緊翻書查詢起來。
“做決定要強健適中，不可過分消耗自己的力量。在事業順利的時刻，尤其不可妄動。更應注意，很可能已經處於進退維谷的狀態，務必自保待機，及早有所準備。”真嗣拿起手機查了查。
“對對對，真嗣，你青出於藍啊！對卦意這麼熟，可以出師了。”
真嗣撇撇嘴，“這是我開發的自動算卦解卦APP，只要點6次就可以出結果。作為臨別最後的禮物吧。”
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“啊，真嗣好厲害！快傳給我。”林朝雪很滿意，玩了下，“這可以省去我好多功夫啊。”
“那這三枚古幣就送你了，作為紀念吧。”
真嗣只能收下。
沒什麼行李，昂貴的生物計算機實驗開發裝置都委託搬家公司打包好準備帶走，實在帶不走的便宜貨只能作為垃圾處理了。
當然，最珍貴的裝置就是小Q所在的高性能膝上型電腦和MAGI，筆電可以隨身攜帶，去除不必要模組的簡化版MAGI只能裝在小型主機上，足有150公斤重，必須委託保險公司押運帶走。
當然還有滿牆的碇唯畫像，統統打包帶走。
NERV本部的MAGI系統如此龐大，是因為需要足夠強大的效能，來維持整個基地的多個系統甚至政府的決策，相當於數據中心的存在。
保險起見，儲存硬碟裡面隱藏了微型炸彈，只要有人試圖透過非法手段竊取內部資料，就會觸發炸彈毀滅一切。
真嗣作為曾經的IT工作者當然知道災備的重要性，在全球多處伺服器都分卷加密備份了小Q和MAGI系統，甚至敏感數據都不敢儲存在身邊的裝置上，確保萬無一失，手頭裝置即使被破壞也可以很快恢復工作。
於是，真嗣比使徒來襲提前3個月，來到了超級戰爭要塞都市——第三新東京市。
這座耗資可能達數十萬億美元的要塞都市，從2005年開始建設，十年後年使徒來襲前建成，這基建速度明顯是開掛了。
來不及感嘆NERV本部壯觀的地下都市，真嗣就被帶到老碇的辦公室，那間寬大的、天花板畫著卡巴拉世界樹的大辦公室，一起的還有冬月和金髮白大褂的赤木律子。
此時的真嗣一幅外出旅遊裝扮，揹著看起來不輕的雙肩包，黑T恤配牛仔褲，膚色蒼白，頭髮又長又亂，已經兩個月沒剪了。
戴著一副茶色眼鏡（幸好是方框的不然就跟老碇同款），以避免跟陌生人的目光接觸，活脫脫一個老碇少年版。
手上拿著一本英文書，封面書名是《StrikeTheFatherDead》（打死父親）。
“好久不見，真嗣。”老碇開頭打破尷尬的沉默。
真嗣的視線隱藏在劉海後面，好一會才聽到回應，“你好，大叔，你認識我？”聲音像涼開水一樣沒感情。
冬月跟律子側目，他們似乎看到老碇額頭上的青筋隱現。
“你叫我什麼？你連我都不認得了？”也許考慮到真嗣的情況，他語氣儘量保持冷靜。
真嗣抬頭打量了老碇1秒又移開了視線，“哦，原來是爸爸，3493天前見過，那時你沒有絡腮鬍。”
律子跟冬月心中一凜。
“叫你過來，是讓你在這邊學習——這兩位是冬月老師和赤木博士，赤木博士會負責你的一些測驗，注意配合。”
真嗣按禮節向兩位長輩問好。“冬月老師，也是媽媽的老師嗎？小時候聽她提過。”
“沒想到你對我有印象啊，我跟你母親共事過一段時間。”冬月很意外。
老碇臉色更加陰沉了，“沒什麼事就這樣吧。”說完用眼神示意律子。
“真嗣，跟我來。”
關門後，沉默了五六秒，冬月才開口：“很特別的孩子，像你。”
“我擔心他的精神狀況不適合當駕駛員，到時候別不堪一用。”
“他剛才的表現很正常啊。”冬月笑道，老碇吃癟可不常見。
走道裡回響起律子跟真嗣的腳步聲，從一開始雜亂，兩人逐漸同步起來。律子加快腳步，真嗣跟上，又同步了。
律子感覺怪異，才想起真嗣的資料來。3歲時被診斷為高功能自閉症，在專業教育機構治療至今。
天賦異稟，智力超常，自學掌握多門外語和計算機技術，具備大學知識水平但沒有正式文憑。
脫離社會多年，不社交也沒朋友，常年呆在房間裡鼓搗電子設備。
疑似暴力傾向，喜歡體感格鬥遊戲，掌握多種格鬥技巧，有教訓小混混的記錄……
問題少年一個，律子得出結論。
“赤木博士，你喜歡我父親嗎？”真嗣問。
律子一愣，心裡起了巨大的波瀾，但表面仍不動聲色，“小孩子這種事不要亂說哦。”
“可是剛才你看我父親的眼神，跟班裡的小白看我的眼神一樣耶。”真嗣說著，用手機找到小白的照片。
律子一看，果然是一隻有故事的薩摩耶，眼神會說話……
律子：“……”
“小白很喜歡我的，每次要吃的都會這樣看我。”真嗣“天真”地說。
真嗣又開始打量起律子的紅絲襪，“赤木博士，你也喜歡穿絲襪嗎？紅色的我以前沒見過呢。”
“是嗎？”律子的步伐開始凌亂了。
“我還記得小時候，晚上爸爸經常讓媽媽穿黑絲襪，他們躲在房間裡做這個遊戲……家裡買了好多黑絲襪卻從沒見過媽媽穿出去……”
“碇還有這個愛好……”律子的臉色開始發紅。
“記得有一次，爸爸想讓媽媽留長髮，說最喜歡黑長直了。可媽媽說做實驗不方便，最後還吵了起來。”真嗣繼續胡說八道。
律子的臉色由紅轉紫。
“當時你還那麼小，怎麼可能記得那麼清楚。”律子理智開始迴歸。
“168步。”
“什麼？”律子停下來。
“出了辦公室，你一共走了168步，現在170了。”
“我記事起就有這個天賦，很多東西都記得，老師也誇我記性好。”
“啊，美里，你怎麼在這？”過道拐角，葛城美裡路過時被叫住了。
“律子，這位是……你怎麼了？”葛城見律子的臉色有些古怪。
律子除了控大叔感性外，腦子裡全是理性邏輯，不擅長處理真嗣這個燙手山芋，於是趕緊甩鍋。
“是碇司令的孩子。真嗣，這位是作戰一課的葛城美裡，由他負責你接下來的安排。還有明天的體檢別忘了，我還有事先走了。”接著快速對葛城美裡交代幾句，扔下資料夾就落荒而逃，留下一臉迷之笑容的葛城美裡。
葛城美裡快速翻了翻真嗣的資料夾，俯身笑道：“真嗣是嗎？告訴我，你對律子做了什麼讓她那麼緊張啊？”律子的形象一直以來都是冷酷理智型的。
“沒什麼，我只是問她喜不喜歡我父親。”
“什麼？”葛城臉色一僵，“哈哈，你真有趣！”
由於多年來的不安全感，真嗣控制裡人格的覺醒非常吝嗇。總擔心出現意外來不及救援，所以能用表人格應付的事情，一般不啟用裡人格。
於是，自進入NERV本部，裡人格就沒活躍過，鬼知道會不會有什麼意外事故發生。
“吶，真嗣，先看看這本NERV的介紹手冊。”美里遞給真嗣一本《歡迎來到NERV》的手冊。
“你看什麼書呢？”美里結果真嗣手裡的書，一看封面，臉色一僵。
趁真嗣悶頭看手冊時，美里也開始仔細閱讀真嗣的資料，只有薄薄兩頁，卻越看眉頭越皺。
“律子扔給我一個大麻煩啊。”
等電梯時，門開了，老碇在裡面。
“碇司令。”美里馬上打招呼。
真嗣連頭都不抬，只顧翻頁。
老碇氣場十足的眼神對真嗣免疫。
尷尬的沉默持續了3秒，電梯門終於關上了。
美里若有所思，應該是想到她的父親。看了真嗣的“可憐”經歷，也許她在真嗣身上找到了自己曾經的影子。
葛城美裡她從小被父親拋棄，和母親一起生活，經常看到母親偷偷啜泣的她天真地認為是因為自己不夠好才導致了父親的離去，她並不瞭解研究是父親捨棄了她們母女。
當她懂了之後，她開始憎恨父親，他奪走了她童年的快樂，給了她痛苦的回憶，給了她一個悲傷的母親和支離破碎的家庭，還有一顆孤僻而寂寞的心。
然而最刺激她的那一剎那——她最恨的父親，在第二次衝擊之前的最後幾秒鐘，將她送進了保護倉，使她成為第二次衝擊的唯一生還者，並給她留下了胸前的疤痕、十字墜和最矛盾的回憶。
她曾經深恨的並以為決不會愛自己的人卻捨棄性命救了她。不管是在第二次衝擊即將發生之前，一切研究全部毀於一旦，使得她父親終於醒悟家人才是根本，還是她父親一直就愛她們母女，只是專注於事業無法自拔……總之，他救了她，犧牲了自己，起碼說明他心裡還有她，她以前的一切憎恨都源於他心裡只有研究沒有家庭。
而這一切的根源並不成立，但這些憎恨又不可能輕易抹殺。可以想象當時幼小的葛城心靈中對父愛的渴求和感激與對父親的憎恨和敵視之間的激烈碰撞決不亞於第二次衝擊。
於是，她3年沒有開口。也許是遺憾所至，也許是後悔所至，也許是不解所至，也許是原諒所至，也許是爽然若失而不知何去何從……