五月十二日深夜，南京已經陷入了恐慌當中，人們已經知道李自成佔領了當塗，正向南京進發。儘管朝廷已經向史閣部緊急下令，要求他派出部隊攻擊李自成，延緩李自成的進擊速度，等待僕從善、黃蜚、方國安等鎮人馬來增援京師。
可是人們都不相信會有什麼作用。之前高傑還在太平府阻擋左良玉的清君側大軍，可是突然之間高傑就沒有了蹤跡，讓李自成順利的佔據了當塗。既然高傑會突然消失，那麼其他軍將也極有可能不聽號令。
達官貴人們亂哄哄的四處走動，串聯訊息。有的在收拾金銀細軟準備逃跑，有的則是慷慨激昂，想要聯合起來死守南都。畢竟來的是李自成，專殺高官顯宦和皇親國戚，他們不得不有所準備。
而南京的百姓們卻是一片漠然，弘光皇帝並沒有給他們什麼好處，倒是選秀女的時候有不少百姓家的女兒被搶拉了去。可是他們聽說，李自成對治下百姓也不怎麼樣，各種稅賦雜役依然會收。反正誰來了都一樣，他們都是一樣的命運，不會有絲毫的改變，所以他們漠不關心。
但是皇宮裡卻是更加惶恐。
馬士英和阮大鋮急匆匆的深夜進宮，向朱由崧彙報最新情況。他們比外間知道的要多一些，他們剛收到訊息，劉澤清已經逃離揚州，瓜州失守。而且鄭鴻逵的江防水師也不戰而逃，長江天塹已經沒有意義。南京不但要受到李自成的攻擊，而且還要會被渡江而來的李巖夾擊，情況萬分危急。
朱由崧本來因為被打擾休息而不悅的表情，在聽完馬士英的彙報之後，已經變成驚恐。他結結巴巴的問：“馬愛卿，這，這是真的嗎？揚州，揚州已經失守了？”
“千真萬確！”馬士英也是急急忙忙的回稟：“臣之前安排了一個家人去揚州，這訊息是快馬剛傳來的，不會有錯。”
朱由崧惶恐的吩咐：“那，那該怎麼辦？現在趕緊通知給位大臣，來宮裡商議對策呀。給史可法下旨，讓他馬上帶兵來南京護駕。給黃得功下旨，給劉良佐，給各鎮將下勤王詔。”
“陛下，來不及了。”阮大鋮馬上勸阻：“當塗到京城，已經沒有守備的部隊了，鎮江到南京也是一樣。只要一天的時間，闖賊就會兵臨城下。再加上逆賊李巖的部隊，怕是會有十數萬大軍圍城，就算是各鎮兵馬過來，也一樣不能解京城之圍呀。”
此時朱由崧想起了可怕的洛陽之圍，數十萬流賊將洛陽圍的水洩不通，一群又一群的往城牆上爬。城內的窮鬼們也是四處活動，隨時準備在城內製造混亂，與城外的流賊相呼應。而城中的守軍，除了向他父王催要錢糧，就沒有其他事情可做。一旦軍將們的願望沒有達成，他們就會同城外的流賊裡應外合，將城池交給流賊，而後他們自己好一起瓜分錢財。
而馬士英卻是立刻接話：“陛下，萬萬不可開朝議呀。”
“先生，此話是何意呀？”朱由崧臉色慘白的問。
“陛下難道忘記先帝的教訓了？”馬士英痛心疾首的說道：“朝廷諸公，各個自詡錚錚鐵骨，他們最在意的就是氣節，自然會對遷都之議全力反對。先帝想要南遷以圖再起，可是迫於眾臣的壓力，一個多月時間屢議不決，最終錯過時機，被流賊圍困於北京。可憐先帝剛烈，自縊煤山，而那些反對南遷的正人君子，殉國者又有幾人？向闖賊祈職者又有多少？陛下要三思啊。”
朱由崧聽到崇禎自縊，整個身體哆嗦一下。他想起他父王癱坐在地上讓他逃跑時的情景，想起了慘死於李闖之手的家人，想起了逃跑時惶惶不可終日的悽慘。他突然神經質的點頭：“對，對，不能與大臣們商議，不能與他們商議。”
阮大鋮馬上說道：“請陛下稍作準備，子時三刻，臣等護送陛下出城。”
“夜晚出城，沒有問題嗎？”朱由崧突然又恢復了一些理智，關心的問著：“還有，咱們君臣要到哪裡呢？”
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馬士英自信的彙報：“陛下放心。臣子為京營勇衛營統領，臣還有家兵一千，而且今夜出城，闖賊就算插翅也飛不到京城近前。所以此次南下，絕對安全。”
朱由崧終於放心了，點頭道：“好，好，朕這就去準備。”
阮大鋮提醒：“陛下，只要人走了就行，其他細軟東西，到了地方都能再置辦整齊，陛下無須操心。”
“朕省的，省的。”朱由崧連連應聲。他可是從洛陽一路逃難出來的，自然不會在乎那些身外之物。
馬士英和阮大鋮早已經準備妥當，只等著朱由崧了。經過漫長的等待，終於到了出城的時間。大隊人馬在夜間出城，居然沒有引起南京的任何警覺。
他們連夜南下，等午後終於到達漂水的時候卻是遇到了麻煩。由於他們這次是秘密出逃，地方上自然不知道是皇帝出行，所以當地的部隊毫不猶豫的對這夥冒充皇帝的盜匪發動的攻擊。別看京營裝備光鮮，薪餉是其他軍兵的兩倍，可是戰鬥力卻是低了幾層。
一行數千人馬，被當地土兵一攻擊，居然被衝散了隊伍。馬士英護著鄒太后向杭州繼續行進，而馬鑾卻是帶著朱由崧不得不向西南逃跑。因為江西防線還有黃得功和劉良佐，還有史可法，這個時候也顧不上門戶之見了。要是落在李自成的手裡，他們是必死無疑，史可法就算再政見不合，也不至於敢弒君造反吧。
朱由崧和馬士英等人一跑，南京城中就徹底亂了。大臣們去找皇帝商議守城之策，卻是發現皇帝已經棄城而逃了。士民們憤怒了，居然有人衝進了錦衣衛大牢中，把還在獄中的假太子給搶了出來，要讓這位假太子來做皇帝，來領導他們據城死守。沒辦法，來的是李自成，他們這些官紳富戶，不抵抗也沒有什麼好下場。
但是也不是所有人都想倉促讓一個假貨來當皇帝，守備南京的勳臣趙之龍等人，就傾向於向李巖的部隊投降。畢竟李巖還是挺溫和的，開封的周王一系就得到了很好的待遇。他們這些勳戚大臣投降過去，不但性命無憂，還能保住幾代人積攢下來的家財，還能過上安定的日子，是此時最好的選擇了。
不過李巖的部隊似乎沒有李自成來的快，這倒是一個麻煩事呀。