崇禎二年，正是京察之年，首輔溫體仁利用這個機會打擊異己，把有可能威脅到他的官員，全部藉著這個機會，找因由弄走。
四月中，馬懋才向朱由檢遞上奏摺，當初李雲崖給了朱由檢三個預言，第一個是天啟皇帝的死亡，第二個是是陝西旱災，朱由檢十分在意，去年也確實有災情傳來，他特地派馬懋才去陝西考察，馬懋才回來告訴朱由檢：“去年全年無雨，草木枯焦，民爭採山間蓬草為食，篷草盡，則剝樹皮而食，樹皮盡，則掘山中石塊而食，不數日則腹脹下墜而死。”
又說“饑民相聚為盜，與其坐等餓死，不如為盜而死。燒人骨為薪，煮人肉為食，而食人之人，不數日面目赤腫，燥熱而死。於是死枕藉，臭氣薰天，安塞縣城外掘數坑，每坑可容數百人，不及掩埋者，又不知還有多少？小縣如此，大縣可知，一處如此，他處可知……”
寫得如歷歷在目，朱由檢看得鼻子發酸，下令戶部發銀救災，兩個月之後，大明侯報上登出災銀被官吏貪汙的事情，皇上撥出多少銀子李雲崖都知道，未出京城被大小官員們腰斬一半，到了省裡剝一層，州府剝一層，到縣裡再剝一層，幾十萬兩銀子最終所剩無幾，連這點銀子也被縣裡分發給當地鄉紳，讓他們代發給災民，最後的結果自然可想而知了。
朱由檢看完之後怒氣沖天，一腳踢到了龍書案：“該殺！該殺！統統該殺！”咬牙切齒，一拳將窗欞打碎，把一個小太監給當場嚇尿了。
朱由檢讓刑部和大理寺徹查此事，因為有了上次的經驗，他不怎麼相信刑部，又派錦衣衛去陝西，一明一暗兩條線，最後結果都是報紙所載不實，但是結果比較有趣，刑部和大理寺這邊說京城裡的官員並沒有貪汙，銀子到了地方，被貪汙了一部分，抓出十幾個府裡得小吏當替罪羊。錦衣衛調查的結果是下邊得到的錢都分發給災民了，只是上邊根本沒下來那麼多的銀子，還推脫說有很大一部分被去年作亂的盜匪給搶走了。
看著兩種結果，朱由檢體會到了一種前所未有的無力感，這證明不但在京城的官員們相互勾結，錦衣衛到了地方，也被下面的人給收買了。
今年二月戶科給事中劉懋上書要裁撤驛站冗卒，說是每年能剩下來幾十萬兩白銀，朱由檢正因為國庫空虛，錢不夠花，答應了，結果失業的驛卒，流竄的饑民，還有逃亡士兵紛紛起義，陝西那邊已經一片糜爛，偏偏去年大臣們紛紛辭職，朝堂上人才空乏，政務搞得一塌糊塗。
在聽說了要裁撤驛卒的訊息之後，李雲崖特地進宮來見朱由檢，指出那樣做的後果，李雲崖知道李自成是驛卒，被裁撤之後起義了，所以一再勸說要朱由檢收回成命。
朱由檢卻覺得他有點危言聳聽，只讓他管好中研院和軍校那一攤，朝堂上的事自己來解決。
萬萬想不到，今天李雲崖所做的預測，全部都應驗了，陝西大旱，這是天災，驛卒裁撤則是*，加劇了反賊的許多氣焰，到如今已經一發不可收拾。
回到後宮，周皇後也勸他：“臣妾不懂得治國之道，但想著，那麼多大臣窮經皓首研習聖人教化，總不會不如一個方外之人……”
朱由檢立即把臉沉下來了：“皇后難道忘了，後宮不得干政！前朝的事情，大臣們如何，朕又如何，不勞皇后費心！”說完一甩袖子，轉身走，這是他跟周皇後成婚以來第一次紅臉。
朱由檢心中煩躁不安，幾乎愁白了頭髮，連剛出生不久的寶貝兒子都沒空看，然而屋漏偏逢連夜雨，遼東又傳來訊息，袁崇煥矯詔，也是以皇上的名義，斬殺了皮島上的毛文龍！
毛文龍所在的皮島靠近朝鮮一帶，處於滿清的另一方，每當皇太極出兵去打錦州得時候，毛文龍率兵上岸，斜插滿清的軟肋，弄得滿清非常難受，不敢全力進攻大明，必須留人在後方看家。
最重要的是，毛文龍是東江鎮總兵，左都督，由先皇天啟時候賜下的尚方寶劍，相當於軍區司令員，這麼大個官，袁崇煥說斬給斬了，要知道這時候算是判定的死囚犯，也得由皇上親批才能問斬。
朱由檢這時又想起李雲崖說的，袁崇煥非帥才，與大將不和，久必生禍，現在終於爆發了！
他對袁崇煥的憤怒自不必說，但仍然下旨表彰袁崇煥，說毛文龍飛揚跋扈，目無軍法，他做得很對，讓他繼續鎮守遼東……只要袁崇煥能夠完成他得諾言，五年之內平定遼東，這些都可以既往不咎，哪怕他不能解決建奴，只要能守住遼東，也可以暫不處置他！
朱由檢暗暗地攥緊了拳頭，強行忍下心中的怒氣。
李雲崖知道，在崇禎二年的時候，皇太極有一次入關，但這話他不能跟朱由檢說，否則的話，萬一皇太極不來它可慘了，他要是三長兩短，甚至哪怕不再被朱由檢信任，未來的大業無法在進行下去了，不過他還是告訴朱由檢，讓他調滿桂為遵化總兵，鎮守京城北邊的大安口、龍井關一代，以防止建奴從這裡殺過來。
滿桂也是邊關大將，資歷比袁崇煥還老，他跟袁崇煥不和，兩人當年把官司打到御前，後來滿桂被調到了山關裡，兩人一個守關裡，一個守關外。
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朱由檢對於軍事方面的事，從不剛愎自用，他很相信專業，於是拿到朝堂上來說，他也是心眼實，有心讓李雲崖在朝臣方面得形象有所改觀，說這是李雲崖的建議，結果立即引起了大臣們得集體反彈，連溫體仁的人都開始表示反對。
溫體仁經過去年一年的運作成功入閣，今年又藉著京察打壓異己，搞得風風火火，本來他也沒想這麼早對上李雲崖，但他深知李雲崖是自己的一個強勁的對手，如今李雲崖自己把把柄遞過來，他正好順水推舟，借力打力。
於是滿朝文武都說建奴絕不可能從大安口和龍井關一代過來，因為這樣建奴需要繞過寧錦防線，甚至得從蒙古那邊繞，並且這條道多是山地，十分難走，有兵部的官員甚至說，如果是建奴敢從這條道進來，他便如何抄起後路，如何關門打狗，如何一戰將建奴全部殲滅。
朱由檢聽說之後，也放了心：“雲崖也是憂國憂民，想要未雨綢繆，既然不妥，也罷了，此事不必再提！”後面攻擊李雲崖的話，不讓大家再說了。
李雲崖知道這件事情之後，嘆了口氣，繼續做自己的事，軍校的訓練始終在按部班地進行，他不斷從裡面抽調出少量的人去做別的事，然後再從京營裡調人來補足，始終保持在不到六千人的數量。
經過了一年時間，兵工廠裡生產的火|槍大炮質量又上了一個臺階，孫元化果然是專家，還有徐光啟幫忙，李雲崖說的一些現代的道理，他們一聽懂，然後應用於實踐。
李雲崖是個眼高手低的，知道很多理論，但在這個時候都無法落實，那些工匠們是眼低手高的，手藝雖然精良，但只會幹活，文化水平太低，孫元化這三位正好彌補了中間的斷層，甚至能夠舉一反三，用很多李雲崖想象不到的“土辦法”代替後世的辦法解決難題，槍炮質量提升了一大截子，除了改進原來的加農炮和火箭炮之外，又造出了迫擊炮。
李雲崖沒上過高中，不懂得拋物線和三角函數，他只知道彈道的大致原理，過去在上沒少跟人論中國的彈道導彈到底有沒有可能打到美國的航母這種話題，這些東西跟工匠們說是說不明白的，拿到中研院一說，立即得到三位院士的關注，除了宋應星繼續研究李雲崖帶來的那些新種子以及肥料應用之外，徐光啟和孫元化都來研究彈道學，忙活了小半年，經過幾次改進，終於造出了第一批迫擊炮，還給上面增加了兩個半圓弧形交叉的標尺，讓炮兵可以根據時辰日影，再加上向下垂落的線錘算出最佳的仰角。
民用工業方面也得到了很大的發展，原來的產業越辦越好，李雲崖又建了紡織廠，宋應星帶著助手設計大型的紡織機，包括棉、麻，以及動物絨毛製品，不求質量，只求數量，做得速度極快，成本也低，再加上瓷器、農具、造紙、印刷、玻璃制品等大量投入到市場當中，資本主義萌芽正在茁壯成長！
當然這得花不少錢，但李雲崖的產業也有不少掙錢的，單是一個火爐在冬天裡掙了成噸的銀子回來，從去年秋天開始，他培訓了一大批工匠，到客戶家裡，幫忙將爐子安好，爐筒子架設成功，添上煤或者木材，燒得轟轟作響，滿室皆熱，京城裡凡是不差錢的人家，幾乎每家都安裝幾套，李雲崖還讓火爐廠做出特殊的模具，在爐子上引出四喜臨門，吉慶有餘等字跡，再高一等的還會做個虎臉、鶴首等形象，這樣一個爐子，加上七八節帶花紋的爐筒，能賣到一百兩銀子！