朱由檢想起李雲崖跟他說過的那些話：大臣們把你軟禁在紫禁城裡，上上下下結黨營私，內外勾結,沆瀣一氣，把你當作無知小孩哄騙耍弄,你做困愁城,毫無辦法。他又想起當初他要大臣們為國捐款時，大臣們那一幕幕的姿態,再看現在這些銀子，簡直是諷刺！
朱由檢感覺自己過去從小到大，根深蒂固養成的世界觀破滅了！價值觀也破滅了！
什麼聖君修德！什麼親賢臣遠小人！都是騙人的！都是騙人的！
朱由檢恨不能抽出寶劍亂砍一通,他想要大聲質問蒼天,我自從即位以來,我修的德還不夠嗎？從古至今，有那個皇上是吃素的？有那個皇上穿打補丁的衣服？我努力地按照聖賢書上說的去做，我立志要做一個明君,然而結果是這樣的！！！
然而朱由檢並沒有拔劍亂砍,也沒有大聲咆哮，他只是坐在那裡,一口氣憋在心裡。
曹化淳看他臉色越來越差,小心翼翼地過來勸慰：“陛下？”
朱由檢看了他一眼，長長吐出氣：“傳旨，讓國師安排好山西軍務，立即回京！”
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接到聖旨的時候，李雲崖正在率兵往回趕，在前不久，他以不到五萬的軍力，大破高迎祥八十萬大軍，隨後沿著汾河兩岸一路向南追擊，五戰五勝，打得農民軍土崩瓦解，狼狽逃回陝西。
高迎祥這次因為陝西鬧災，沒有糧食，想來山西搶點吃的，結果偷雞不成蝕把米，他帶過來四十多萬軍隊，最終能夠逃回陝西的，各部加起來不足三萬，剩下的全都丟在晉地。
洪承疇比較辣手，主張殺一批，留一批，李雲崖不同意，他把高迎祥在山西挾裹的本省百姓甄別出來，要原籍派出所開發證明，只要在籍的，不問罪過大小，一律發給路費送還回家，又拿出五十萬兩銀子給山西省公安廳，由公安系統給各地受災的百姓重建家園。
在這裡面有不少山西本地的，在當初公安部普查戶口時候躲避起來沒有登記的，李雲崖一律按照外來人口算，跟陝西過來的叛軍一起，共計三十二萬之多，分批押往京城。
李雲崖要發展工業，把京津一代建立大明朝第一個工業基地，需要高度的人口基數和人口密度，這些俘虜裡面青壯者佔百分之九十以上，老弱的早都在災荒和戰亂中死去了，能活到現在的都是命硬的，甘陝之地自古出強兵，日後不管是讓他們走進工廠還是徵兵都是上上之選。
當日接到北京發生政變的訊息，李雲崖並沒有立即回軍，消息傳遞需要時間，趕路更需要時間，等他率兵趕回北京黃花菜都涼了，高迎祥還可能隨後掩殺，數十萬飢餓的農民軍蜂擁而至，一旦讓他們得了勢，到哪裡都是毀滅性的災難。
其實李雲崖一直預防著“清君側”這種事情的發生，在北京城裡面有劉懋凱的一千多武警戰士，城外有吳三桂的一萬七殺衛，實在不行，還有天津衛袁崇煥的五千海軍陸戰隊，此時北京周邊並沒有像樣的部隊，除非滿清皇太極再殺進來，否則這些力量足以保證安全，溫體仁他們也是鬧上一鬧，絕對無法掀出什麼像樣的風浪。
只是他沒想到周皇後會死，心裡五味雜陳：還是小看了溫體仁的魄力！
他把高迎祥重新攆回陝西，派賀人龍駐守潼關，阻止高迎祥進河南，仍然命洪承疇守山西，這回他把盧象升和他那一萬破軍營留下了，還留給公安部一百萬斤玉米作為救災充餉之用，然後急急忙忙返回京城。
李雲崖沒打算進入陝西徹底剿滅高迎祥，他現在手上的軍隊太少，在山西這邊有主場優勢，高迎祥幾十萬亂軍集結在一起，被他一打是崩潰狀態，但是如果進入甘陝地帶，主客易位以後，農民軍即使被打散也不會崩潰，他反而會陷入處處是敵人的險地。
好在經此一役，剛剛新生的大乾帝國元氣大傷，這些年攢下來的家底幾乎全部扔在山西了，能打的兵將也都死傷逃亡殆盡，想要再次攻入山西，沒有幾年休養生息根本不可能，現在只需要提防他從漢中攻入四川即可。
李雲崖帶著曹變蛟率領貪狼騎匆匆回京，朱由檢親自出城門迎接，當看到身穿軍裝，騎乘白馬迅速駛近的李雲崖，朱由檢緊懸著的心一下子放下來了，這些天來所積攢下的擔驚受怕、憤怒悲慟等一切情愫彷彿找到了宣洩口，要一下子全部爆發出來，讓他鼻子發酸，說話時難掩哽咽：“雲崖，你回來了……”
“我回來了！”李雲崖翻身下馬，將馬鞭交給親衛，直接上了朱由檢的車架，這車子還是他送給朱由檢的，大號的四輪馬車，車廂彷彿一間小房子大，裡面有木質的床榻茶几等，相當於古代版的房車，現在已經是深秋，車床關閉，門臉垂落，誰也看不見裡面的情況。
朱由檢本來要下車的，動作沒有李雲崖快，被他搶先跳上來。
經過半年的戰爭生活，李雲崖比原來更壯實了不少，坐在那裡，氣度仿若高山一般不可動搖，給人一種可以倚靠的感覺，朱由檢強忍著，眼眶裡只是泛潮，並未落淚，他不想在李雲崖面前露出自己的軟弱：“雲崖，你走這半年……”
“一切都會好起來的。”李雲崖抓過朱由檢的一隻左手，拍帶他的肩膀，“你放心，一切有我。”停頓了會，“咱們終能戰勝一切困難，讓大明皇朝，讓中華民族，屹立在這個世界之巔！”
一句話說得朱由檢心裡熱乎乎的，如今朝堂上的官員七零八落，朝政紛亂如麻，他不得不讓各部主事把要拍板的事情寫成奏章直接讓太監送到宮裡，每天處理成堆的奏摺把他累得頭昏腦漲，只能睡不到兩個時辰，算如此，也無濟於事，各部裡的事情千頭萬緒，他不瞭解情況，又不懂得裡面的條理，根本無法作出決定，後宮裡二皇子朱慈烜又生了病，讓他焦頭爛額。
他雖然很堅強，有雄心大志，但畢竟年齡閱歷都很有限，這會是最彷徨無助的時候，李雲崖告訴他“一切有我”，還要跟他一起將大明治理好，他眼睛裡的淚水終於忍不住流出來。
“皇上，你瘦了。”李雲崖拿出紙巾給他擦臉上的眼淚，都說男兒有淚不輕彈，他知道朱由檢並不是個軟弱的人，這次政變對他的打擊實在是太大了，從小接受的聖人教育所養成的世界觀一夕間崩塌殆盡，廝守多年的妻子背叛自己參與謀逆，緊跟著又被人從城樓上扔下來，摔得腦漿迸裂……這種打擊換做是誰都會覺得不知所措。
兩人同乘一車進城，李雲崖先去看自己的乾兒子朱慈烜，小家夥是崇禎二年生人，到現在還不足兩周歲，小小的一隻，看見李雲崖，眼睛瞪得大大的。
朱慈烜這次得的是感冒，秋天換季時候，氣溫冷熱變化大，感冒也屬於正常，李雲崖拿了一盒感冒藥給主事得宮女，告訴她按時給皇子服用，量一定要控制好。
第二天，李雲崖開始正式辦公，六部已經亂了套了，太多的事情無法處理，李雲崖到乾清宮裡跟朱由檢研究，在紙上寫寫畫畫，勾勒出一個全新的國家框架。
首先設民政部，管理天下的戶籍；設財政部，管理商農等稅收。這兩個部代替原來的戶部。
然後設外交部，管理藩屬國事務；設教育部，管理老制的科舉和後來的小學。代替禮部。
再設法務部，跟公安部一起代替原來的刑部；設國防部，代替原來的兵部。
裁撤只會耍嘴皮子罵人的督察院，該設監察部，另設農業部、工業部、商業部，分別管農工商三民，再加上一個衛生部。
在財政部、法務部、公安部、教育部、衛生部、農業部、工業部、商業部這八大部之上設立內閣，李雲崖親自做第一任的內閣總理。
把國防部、外交部、監察部另成一個系統，由皇帝直接管理。
李雲崖告訴朱由檢：“大明朝有兩億人口，每天發生的事情千頭萬緒，你當皇帝的，久處於深宮之中，一來處理不了這麼多的事情，二來你不知道下面的事也處理不好，該放權的時候得放權，交給下面的人做好，你只要牢牢掌握住軍權，民政的事能不管不要管，都給總理負責。”
李雲崖這舉動有點奪|權的味道在裡面了，讓朱由檢吃驚萬分，他想要問問李雲崖，你是不是真的要謀朝篡位？
只是自古以來篡位沒有這麼篡的，實在是李雲崖太坦誠了，完全是一副我完全在實心誠意幫你做事的樣子，你如果不願意拉倒……朱由檢在心裡大聲告訴自己：你要相信雲崖，雲崖是天上下界的仙人，不會貪戀人間的富貴權勢的，雲崖要想殺你，隨手能夠變出寶劍來，早殺你千百回了！他現在別人都靠不住，也只能靠李雲崖了。
默默地給自己催眠了會，朱由檢把心裡那點不舒服消化掉了，決定按照李雲崖說的來做！