皇太極在崇禎二年時候被打傷了元氣，今年高迎祥被打得傷筋動骨，暫時都沒有能力再鬧了,滿朝大臣又因為政變的事情被打殺一空，現在正是進行全面改革的最好時期,本來李雲崖還想再緩幾年,一方面自己的能力不足，另一方面他在朱由檢的心裡信任度還沒有達到足夠的高度。
過去他是從士大夫手裡面奪|權,這回是從朱由檢手裡奪|權，萬一朱由檢認為他要謀朝篡位，兩人翻臉,要大事不妙,李雲崖在空間裡裝了成堆的掌心|雷,還有好幾架火箭車跟野戰炮，每次進宮時候都小心翼翼，一旦朱由檢翻臉他搶先動手,如果真到了那種地步他絕不會束手待斃！
但是朱由檢沒有,不管他提出什麼主張，朱由檢都照單全收,這讓李雲崖心裡很有些慚愧,他告訴朱由檢：“我們要構建一個堅固穩定的政治架構，過去之所以每一個朝代都逃脫不了三百年滅亡的魔咒，已經證明了老舊的那一套是行不通，我們要弄一個更加完善的，咱們一起為天地立心，為生民立命，為往聖繼絕學，為萬世開太平！”
朱由檢問：“你們封緣星上的國家都是這樣的嗎？”
李雲崖很肯定地回答：“是！”
李雲崖最先動的是國防部，他劃分了三大戰區，調盧象升到遼東做東北戰區總司令，總管一切軍務，不管政務，權利比原來的督師要小。調孫傳庭到山西做西北戰區總司令，把洪承疇調回來做公安部部長，孫傳庭打仗的能力一流，但是跟江南文壇牽扯太多，雖然在溫體仁政變期間鎮壓了不少叛亂和治安問題，但是手不夠狠，李雲崖把更加心狠手黑的洪承疇換上來。
【新章節更新遲緩的問題，在能換源的app上終於有了解決之道，這裏下載 huanyuanapp.org 換源App, 同時查看本書在多個站點的最新章節。】
李雲崖給三人都頒佈了任務，讓孫傳庭以破軍營為基礎在山西練兵，要在三年之內練最少八萬精兵。他把貪狼騎給盧象升派去帶往遼東，以壓制那幫驕兵悍將，要他按照經營的標準，把遼東軍包括關寧鐵騎在內的一切軍隊，全部打散重新整編，衛所土地重新丈量，嚴打軍中吃空餉等*問題，有一個查一個，不管是誰，從嚴從重，一打到底！
遼東軍雖然生猛，但也免不了有這個時代的種種陋習，甚至更加嚴重，吳襄、祖大壽等人自然更是其中的佼佼者，國家省吃儉用擠出來的軍餉大部分都進了他們的腰包，過去怕他們造反投敵，還要指望他們對付滿清，所以不曾動他們，這回盧象升有一萬精銳的貪狼騎在手，他們即便造反也不怕了，盧象升到任之後，在數日之內捆了上千名軍官，全部重銬打入囚車，押往京城。
兵車剛發半日，接到朱由檢的聖旨，說這些人為國守門，於國有功，與當初京營情況不同，讓他酌情赦免，盧象升離京時候得了李雲崖的叮囑，將這幫人降職留用，有的降一級，有的降三級，有的一擼到底，沒收家產，再給李雲崖回書，並給朱由檢遞摺子，李雲崖從中甄別，跟朱由檢商量著將部分人調往西北到孫傳庭那裡聽用，以徹底解決遼東軍派系的尾大不掉之勢。
孫承宗前腳被召回京城，後腳遼東軍被拆散整編，老頭知道這位國師大人手腕很高，以為鳥盡弓藏，自己這麼一大把年紀也該退休回家，含飴弄孫了，不想李雲崖很快登門拜訪，跟他請教了一大堆關於軍事方面的問題，最後更是請他接掌國防部長一職：“本來老先生年事已高，也該讓先生回家享受天倫之樂，只是如今國家危急，百廢待興，我只能厚著臉皮來求老先生，再為大明奮鬥幾年，請先生萬勿推辭！”
孫承宗摸不準他的真實意圖，雖然李雲崖滿臉誠懇，情真意切，但在官場上廝混了一輩子的孫承宗仍然不敢隨便答應，不然的話說不定哪天腦袋也要搬家：“國師乃天人下凡，能使鬼神拉車，呼風喚雨，點石成金，老朽如今已經老眼昏花，這兩年一遇到陰天下雨，雙腿痠疼難忍，已經是半截要入土的了，便是想為國鞠躬盡瘁也是不能了，還請國師千萬莫要怪罪……”
李雲崖見請不動，回頭找朱由檢：“孫大人是國寶，咱們千萬得請他出來，有他執掌國防部，咱們才能放心地去做別的事情。”
於是第二天，兩人聯袂來找孫承宗，一聽說皇上來了，孫承宗趕忙出來把兩人迎接到屋裡，李雲崖跟朱由檢隔著一個矮幾坐在椅子上，朱由檢又說請孫承宗接掌國防部長的事情，李雲崖在旁邊幫腔：“我可跟皇上說好了，你這次如果還不肯，我們明天再來，當年劉玄德請諸葛亮三顧茅廬，老先生之於大明，堪比諸葛亮之於蜀漢，咱們也可以來個三顧、四顧，總要你出山方罷。”
孫承宗感動得老淚縱橫，跪下來向朱由檢叩拜：“老朽如何能比得上諸葛孔明？承蒙皇上和國師不棄，老朽為國盡忠，鞠躬盡瘁，死而後已！”
朱由檢和李雲崖雙雙過來把他攙扶起來，終於說動孫承宗答應了，回去之後，兩人商議著，封孫承宗為高陽侯，太子太師，賜蟒袍玉帶，孫承宗已經快七十歲了，在這年頭已經極高壽了，國防部長做完也該回家養老了，他一生為大明朝做的貢獻也夠多，給這樣的封賞也說得過去，孫承宗知道以後，又親自進宮謝恩，老頭會來事，過年時候還派長孫來給李雲崖送年禮。
李雲崖知道這個時候最忌諱猜忌，他要讓朱由檢相信他，自己做的一切都沒有半點私心，都是為了國家好，所以不管做什麼都把朱由檢帶上，讓朱由檢對於建設國家有參與感，等將來國家好了他也有榮譽感。
朱由檢將錦衣衛和東廠裁撤掉，讓孫承宗在國防部下面設國安局，專門負責皇帝和重要官員的安保工作，內閣的部長和副部長級別幹部，出門都由國安局派人保護。
朱由檢派人從武當派弄來一群高手，其中有個少年叫王徵南，年紀雖小，但武藝頗精，人也機靈，朱由檢讓他在自己身邊做貼身護衛。
兩人一起設計各部門的職責和權利，在這過程當中，朱由檢發現李雲崖懂得的真多，連一戶農家每年花多少錢，一畝地產多少糧都知道，很多東西都讓他覺得大開眼界，原來政府跟百姓之間的關係是這樣的，下邊的人如何逃稅漏稅，蕃臺和臬臺之間是如何相互勾結，軍官又是如何抽取軍餉……原本他兩眼一抹黑，根本毫無頭緒的奏摺，到了李雲崖這裡，隨便幾句話能解決。
他開始逐漸相信李雲崖的話：一個生長在深宮裡的人，是沒辦法治理好這樣一個龐大的國家的，自己把權利都握在手裡，不但自己活的累，國家也會被自己搞糟，歷史上國家興盛的朝代，很多時候都是名相掌權，皇上垂拱而治的時候，遠有商鞅變法，近有張居正改革……
其實最打動他的，是李雲崖說的這樣一番話：“你不想跟我出去走走？以後我要造鐵殼的超級大船，比皇極殿還要大上許多倍！出海去朝鮮，去日本，去琉球，去爪哇，去印度，去非洲。去看黑人，看白人，吃香蕉、吃椰子、吃菠蘿！難道你願意一輩子待在紫禁城裡？不只是你，將來你的兒子，你的孫子，要麼被圈禁在紫禁城裡，要麼被圈禁在封地，跟住監牢有什麼不同？”
聽李雲崖說起海外風情，朱由檢十分心動：“只是歷來一國之君不能輕動……”
二十來歲的年輕人，誰不願意出去走走？當年正德皇帝呆不住，偷著跑出紫禁城到長城外面去跟蒙古人打仗，後來寧王造反把他高興壞了，非要御駕親征不可，剛走到半路，寧王被王守仁擒住，正德皇帝讓王守仁趕緊把寧王放了，他要再打一次，臣子們都批判正德荒唐，實際上也正是從另一個方面反映出了作為皇帝的無奈。
“所以你要放權，你不能什麼權利都抓著，那樣你會把自己圈禁在紫禁城裡，把自己活活累死，國家也會每況愈下，你放下的越多，得到的也越多。”
朱由檢無法接受：“那我將帝位傳給別人，豈不是更好？”
李雲崖樂了：“你是怕臣子們造反嗎？你千防萬防，還不是有溫體仁造你的反？你權利越大，他們越會造你的反，你如果給內閣總理足夠多的權利，他們都去爭相當總理了，誰還冒著被抄家滅族的危險要當皇上？況且，槍桿子裡面出政權，國防部還在你手裡，還有監察部，專門考核監督百官的，有這兩個部門在你手裡，你還怕什麼？”
朱由檢沉思許久，最後點頭道：“我明白了，書上寫在董仲舒罷黜百家獨尊儒術之前，漢朝都是以黃老之道治國，要皇帝無為而治，你是道家人，可是這個意思？”
“是這個意思！”李雲崖見朱由檢自己找到聖賢經典依據，意外地高興，“有時候無為比有為更好，你聽我的，五年之後，不出十年，我保證帶你出海，去看十來丈長的大魚！”
“十來丈長？可是《莊子》上說的鯤？我們要去北海嗎？”
“不只是北海，到時候我們哪裡都可以去的！而且那東西在各個海域都有，還有好多好多的有趣的東西，你都看過一遍，才不枉了此生，否則只待在紫禁城裡一輩子，國家還是千瘡百孔一團糟，那又有什麼趣味！”
李雲崖沒事給朱由檢講海外的事情，潛移默化地影響，朱由檢聽得十分著迷，有時候真的恨不能立刻去看看李雲崖說的那種比皇極殿還要高的鹿，還有傳說中的狻猊，肚子上有肉袋的大老鼠，新設立的部門，在兩人的努力之下，逐漸成型。