李雲崖勸說朱由檢把西苑貢獻出來，好做內閣的總部：“你把這花園子拿出來，貢獻給國家,將來我帶你去看星辰大海！”
朱由檢現在只能跟李雲崖一條道走到黑，連權利都肯下放,園子自然也沒什麼可吝嗇的,況且他自從登基以來為國事操心勞神，根本沒有機會,也沒有心情去園子裡遊玩。
李雲崖得到他的首肯，立即請來最好的園林大師，設計出一張圖紙,然後建築工人迅速進駐,將太液池在原有的基礎上進行改建,所謂太液池，是從金代定都北京時侯有的，後來歷經元代、明代,開挖出了三個大湖,即為後世中所熟知的北海、中海、南海，當年明成祖朱棣開挖南海,將挖出來的土方堆積在紫禁城北,形成萬歲山，歷史上的崇禎皇帝在這上面吊死。
李雲崖改建太液池，先修圍牆，將它徹底跟旁邊的紫禁城隔開，自稱一個空間，對岸邊的建築進行重建，將原來的西直房、尚寶監、御用監等全部搬離，新建各部會的辦公大樓。
其中監察部、外交部和國防部都在北海，以後皇帝在這裡主持辦公。其餘部會在南海，由李雲崖率領，在瓊華島辦公。中海建立太和宮，每年年初、年終、年尾，皇帝和內閣總理帶著所有部會首長在這裡開朝會。紫禁城完全給朱由檢作為自家的起居住所，不再具有政治功能。
雖然說兩人分管一攤，但李雲崖還是凡事都把朱由檢帶上一起參與，而朱由檢那邊的事務也都會找他，其實，朱由檢對軍事，對監察，對外交都沒興趣，他更喜歡內閣這邊的民政，李雲崖在崇智殿內給他安排了房間，讓他住在這裡，各部會一切事物都送到這裡，兩人一起研究決定。
在崇智殿住著，同樣不用太監宮女伺候，李雲崖把他們都打發出去，另行設立辦公廳，調了一些識字的青年進來當秘書，做記錄奏摺整理檔案等事務。
李雲崖畫了一張包含星辰大海餡的大餅，朱由檢被刺激得化身元氣少年，每天早早起來跟隨王徵南練劍，然後和李雲崖一起吃過早餐之後，開始辦公，先把秘書們分門別類送來的奏摺看上一遍，然後抱著來找李雲崖。
“洪承疇遞上來的摺子，說是江南那邊許多士子集體到南京哭皇陵，哭孔廟，煽動百姓造反，還集體抗稅，已經造成了好幾次衝突。”朱由檢把奏摺甩在桌子上，“跟前幾天國子監學子鬧事一樣！不好好讀書為國出力，會搞這些！”
李雲崖把摺子拿過來，用紅筆在下面批示：“亂世須用重法，一切依法辦理。”
看到李雲崖只寫了十二個字合上奏摺，朱由檢擔心：“你這麼寫，能行嗎？”
李雲崖笑道：“寫這十二個字已經很不錯了，本來連這十二個字都不必寫，如果事事都要我來做決定，我要他一個公安部長是做什麼的？一年那麼高的俸祿難道白給他？只不過因為百事粗創，又茲事體大，我才回的，洪承疇是個聰明人，他知道該怎麼做的。”
洪承疇不僅是個聰明人，還是個狠心人，最是心狠手辣，他在西北平叛的時候，經常把已經投降的農民軍頭領叫過來請吃飯，不等被端起飯碗叫手下進來全部給宰了，臨了連頓飽飯都不給人吃，是饞人家一下，李雲崖讓他接替孫傳庭當公安部長也是看中了他這一點。
隨著崇禎四年溫體仁的政變失敗，幾乎整個士大夫階層都對朱由檢徹底失望了，從跟李雲崖對上以來，他們集體辭官、扶植流寇、逼宮政變這些手段全用上了，都被李雲崖一一粉碎，以他們的失敗而告終！
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如今李雲崖改革流傳了兩千多年的國家體制，越發觸動了他們最後的底線，他們沒有勇氣直接造反，只能鼓動協助其它勢力造反，大乾國的誕生是如此，結果五六十萬軍隊被李雲崖三五萬人給打了個灰飛煙滅，這個結果更讓他們心驚膽寒，武鬥行不通，又開始文鬥，江南地區開始大面積的抗稅逃稅。
李雲崖廢除六部之後，農稅也由公安部代收，最後統一歸財政部調配，地主官紳們為了逃稅，手段無所不用其極，經常一個舉人，帶上自己的親朋好友，三親六故，名下財產過百萬畝，卻不用納一釐米，交一個銅板。
商稅牽連的更廣，除了各家奴僕經營的鋪子，還有很多私鹽、私鐵等見不得光的，多是當地士族跟衛所軍官相互勾結共同運作，殺父之仇，奪財之恨，不共戴天！龐大的利益團體開始反撲於是讀書人紛紛罷課，到孔廟門前燒書，煽動老百姓圍攻警察局，使得遍地烽火。
洪承疇得了李雲崖十二字批語之後，從北直隸緊急調了三千武警南下，李雲崖又給他從京營派了一萬精兵，開始鎖拿鎮壓，凡是帶頭鬧事煽動百姓的，無論是舉人還是秀才，不管過去做過什麼樣的大官，一律依照公安法，地問斬，參與鬧事的，革除功名，抄沒家產。
如果沒有李雲崖，再過十幾年，清軍入關南下，開始揚起屠刀，血腥鎮壓，這些人當眾除了少數有骨氣的之外，大多主動剪掉辮子，向滿清屠夫搖尾乞憐，這會跟大明朝耍賴皮的能力，到了那時候再也沒有了。
洪承疇在一個月之內，通報中央，連斬了七十八名首犯，進士出身的有四個，革出功名的舉人三百六十八人，秀才兩千有餘，舉國震驚。
這些讀書人敢怒而不敢言，偷偷在家裡立書做傳，把當下的大明朝描繪成為一個史上最黑暗的時代，國家馬上會崩潰滅亡，自己是如何的憂國憂民，一身才華卻無處施展……並指出，一切罪惡的根源都是國師李雲崖，號召天下所有的俠士們，一起站起來斬殺國師，澄清宇內。
李雲崖要跟這些人搶奪話語權，他把大明侯報開到江南各省，闡述新學，給教育部播了一百萬兩銀子的經費，讓身為教育部長的徐驥，也是徐光啟的兒子在各地建公立學校，縣裡必有小學，州府必有中學，省裡必有大學，並指定教學大綱，編纂各科教材，刊印釋出，並規定，凡能入學者，一律不收任何費用，老師的束脩，教科書等費用，全部由國家來出，學生只要自帶紙筆、飲食即可，還規定，以後考入新的體制必須最少要有小學的學歷，原來科舉制學四書五經考出來的秀才、舉人，新體制概不承認！
士大夫階層對此自然更是不滿，憤恨無比，一再貶低新學，說這些只是奇技**巧，旁門左道，不是聖人之學。絕大多數人家，凡是條件好的，仍然讀四書五經。
但家境貧寒的大有人在，仍有不少把孩子送到學校裡來接受新學教育。
這年頭讀書可不是個容易的事，整個村子也找不到一本書的地方十分普遍，能夠識文斷字，會個百以內加減法的算很有學問了，新學校裡只要帶上派出所頒發的戶口本可以去上學，白拿刊印好的教材，這種好事，對於官紳階層來說不值得一提，對於窮苦人家可是天上掉餡餅的大喜事，不衝別的，能讓孩子多認識幾個字，以後能送到城裡當夥計，總比在農村跟全家人死守幾畝地強！
因此，全國的小學校開始如火如荼地辦起來，招生情況比李雲崖預想的要好的多。
士族階層用很鄙視地態度，把新學定為“賤學”，只有卑賤的泥腿子才學的東西，跟他們自己的孔孟之道，聖人之學根本無法相提並論。
輿論陣地不能失守，李雲崖在大明侯報上接連數期發表文章，指出現在孔孟之道，是漢朝董仲舒罷黜百家獨尊儒術之後才成為主流學問，而在那之前，漢朝都是才用黃老之學，孔子和孟子是聖人，老子更是聖人中的聖人，新學相容道、儒、墨等百家之長，亦是聖人之學。
他這個說法自然被廣大士大夫階層嗤之以鼻，但也還是有不少讀書人聽進去了，專門弄來一套小學教材進行研究。
同時，李雲崖開始推廣“文言一致”，即日常怎樣說話，文章裡怎樣寫，不必追求起承轉合，不必追求四六駢體，更不用掉書袋，並提倡使用簡體字，中國文字經過數千年衍化，經歷過篆書、楷書等數次大的變化，李雲崖讓教育部將一大批太過繁瑣，二十筆畫以上的字做了簡化修改，以便於推廣，達成教育普及。
他在報紙上明確地寫出，自己身為國師，在教四歲的太子朱慈烺小朋友時候，用的是新學，是簡體字，將來教自己的乾兒子，朱慈烜小朋友的時候，同樣用這一套。
文人們拿著報紙看到這條新聞，無不大聲痛罵妖道不止要滅亡大明江山，更要連整個民族千年文化傳承一舉滅絕，紛紛作詩做文章，要生啖妖道之肉，渴飲妖道之血，恨不能立即率領百萬雄兵，上京將妖道抓住，挫骨揚灰，不到一年時間，各種描寫妖道的小說畫本遍佈江南，把李雲崖描述成一個會魅惑之術，又有斷袖之癖，勾引住皇上朱由檢，每天要吃九百九十九個小孩心肝煉藥的蓋世妖道，並說善惡到頭終有報，妖道數年之內必遭天譴！