由於北洋政府拖欠教職員的薪金，剋扣教育經費，引發了北大等8所學校的教職員工全體辭職後，發生了震動學界的“六三”慘案，和清華大學的罷考試留級風波。
191年6於日陰雨霏霏，北大等國立8校的教職員，及自願聲援的校學生共千餘人，手制“教育破產”的標語，赴總統府求見總統徐世昌。
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李大釗、馬敘倫等幾位教授走在隊伍的最前列，隊伍行至新華門，教育部次長馬鄰翼出面，表示可以代轉要求給總理但不能負責。代表們不滿馬的應付態度想要一擁而入，早有準備的軍警荷槍持刀見人就打。馬敘倫教授、法專校長王家駒、醫專代理校長張煥文、北大教職員代表沈士遠教授等均被打受傷，教育部次長本人也遭到了痛毆，傷者不計其數。這便是震動全國“六三”慘案。
這一事件引起北京各校師生和社會各界的強烈憤慨，國內外教育界紛紛致電聲援，在廣州重組軍政府的孫中山也致電8校教職員，邀請他們和北京教育界南下到廣東辦學。當時位於北京郊區的清華，是用“庚子賠款”建立的留美預備學校，不存在教育經費被剋扣的問題，所以一度置身事外。
“六三”慘案發生以後，北京各校學生立刻罷課抗議，清華學子們也認為萬難坐視，包括聞一多、羅隆基在內的學生力主罷課。清華全體學生大會投票表決，以9票對119票透過了“同情罷課案”。在接下來的6月1日期末大考當天，清華學生無一人進入考場，為此學校也和董事會往返商榷，以開除學籍和留級相威脅。
清華學生最後仍以絕對多數主張拒絕參加大考，但是決絕大考受影響最大的還是這一屆的畢業生辛酉級，為辛酉級留洋準備的“中國號”輪船，三個月前便已經準備好了，全體學生早已為畢業做好了準備。長時間爭辯之後，辛酉級表決透過了參加大考之提案，50多人走進了考場，但聞一多、羅隆基、何浩若、吳澤霖等9人仍拒絕參加畢業考試。最終教潮平息，8校教職員工宣告復職，在多方交涉下，聞一多等9人留級一年之後赴美。聞一多進入芝加哥美術學院學美術，羅隆基、何浩若、浦學鳳等專攻政治學。
民國時期教會學校的變革
191年，教育部部長範源濂對教會學校表示強烈不滿，並發表公開宣告。19年，蔡元培提出教育與宗教分離的主張，得到紛紛響應。19年，“少年中國學會”的領導人之一餘家菊在《中華教育界》雜誌上發表了題為《教會教育問題》的文章，提出了“收回教育權”的口號。
194年，廣州“聖三一”學校發生學生運動，學生進行了罷課鬥爭，發表了宣言，提出了“反對奴隸式教育”、“爭回教育主權”的口號。這次運動很快波及廣州十幾所教會學校，得到各界機構和人士的支援。“收回教育權”運動很快就成為全國規模的運動，中國兩個有影響的教育社團“中華教育改進社”、“全國教育會聯合會”都在194年的年會上透過了“收回教育權的決議案”，而且都把它作為當屆年會的重要議題。
當時教育界為“收回教育權”提出了種種辦法和解決措施。如規定以後畢業於教會學校的學生，不給予本國學校畢業生同等待遇，不承認有相應的升學資格，不能參加國家安排的留學考試等。“收回教育權運動”到195年以和“五卅”反帝愛國運動匯合到一起。
雖然“收回教育權運動”最後沒有達到取締教會學校的目的，但它的意義重大：
在這以前，教會學校被看成是中國國家教育系統以外的外國學校，但在這以後大部分傳教士開始承認中國政府有權監督中國境內的一切學校，大多數教會學校都向中國政府申請註冊；教會學校開始重新組織課程，向中國政府教育部規定的課程標準靠攏；在學校管理上開始吸收中國人作為行政管理人員。（未完待續）