14時25分，“揚武”號以主炮命中“杜居士路因”號的艦橋，重達150磅的炮彈把單薄的艦橋徹底摧毀，艦長及所有艦橋人員7死17傷。
“揚武”號上響起一片歡呼聲——明軍眼看敵艦艦橋消失在火海中，誤以為已經幹掉法軍指揮系統了。
法彌斯人始終沒有掛將旗，這讓明軍上下大部分人都產生了誤判。
但是隨後，“杜居士路因”號就以一發190mm炮彈還以顏色，這枚炮彈從炮艦“永保”號右舷前方穿入，沿途擊穿所有甲板隔層，一路鑽進鍋爐房才爆炸！
戰後，當時跟在“永保”號後面的“琛航”號上，一名補充來的海校學員這樣描述接下來的場景：
“永保前方中彈，隨後劇烈哆嗦起來，煙囪周圍冒出大量黑色煤煙，一開始沒有看到火光，我還以為是交通艇在燃燒，不過它慢慢停了下來，我們不得不打左滿舵，從永保身邊繞過去，但當我們平行的時候，永保爆炸了……。”
炮彈引發“永保”號鍋爐爆炸，彷彿有一條火龍從其艦體中部擊穿甲板竄上半空，這艘標準排水量1260噸的炮艦迅速淹沒在濃煙和烈焰之中，各種細碎的零件被拋向天空又如雨般灑落，甚至造成“琛航”號上5人受傷。
事後只有1名倖存者游泳回到岸上，另有兩人被閩省地方水師的福船救起，包括臨時上艦補充缺額的海校學員在內，110名官兵中有107人陣亡。
“永保”號的沉沒不僅使明軍損失了一艘主力艦，還是法軍反攻的號角。
趁著明軍主力圍攻“杜居士路因”號的機會，其他8艘法艦全部進入馬尾港，周邊的岸上炮臺和明軍第二艦列發炮阻擊，但5艘小型炮艦上區區10門70磅前膛炮無法給法軍造成任何威脅，海岸炮臺的18磅紅衣炮就更不用提了。
8艘法艦轉向後，立刻以側舷全部火力轟擊明軍，熾熱的火力迅速淹沒了單薄的明軍第二艦列。
孤拔分配火力，巡洋艦“費勒斯”號轟擊“振威”號；“拉佩魯斯”號轟擊“福星”號；炮艦“益士弼”號對付“福勝”號；“野貓”號對付“鎮濤”號；“蝮蛇”號對付“藝新”號。
法軍旗艦“窩爾達”號則率領巡洋艦“德勒丹”號，“尼埃利”號增援還處在被圍攻狀態中的“杜居士路因”號。
“伏波”號、“飛雲”號、“濟安”號紛紛轉向迎戰，只有剛剛駛出“永保”號爆炸產生的煙霧區的“琛航”號一門心思與旗艦“揚武”號一起繼續圍攻“杜居士路因”號。
海戰分化出三個小戰場，明法雙方19艘近代化蒸汽戰艦擁擠在狹窄的港區內，亂戰一團。
……
“我們輸了。”
在距離岸邊1200米外的一個半山腰上俯覽戰場的孫笑對張青說道：“洋鬼子都衝進來了，接下來就是他們發揮火力優勢一個個擊沉我們的時候了。”
“我看我們打得挺好的，張提督那邊不是還在打洋人的旗艦嗎？”張青的語氣飽含期待：“只要打沉那艘船，我們……”
“那艘不是旗艦。”孫笑毫不客氣的打破張青的幻想。
“不可能，那艘船最大！”
“最大也不見得就是旗艦，法彌斯人又不傻，他們需要強衝港口，第一艘船必然被集火，怎麼可能讓旗艦衝在最前面。”
其實，孫笑認為“杜居士路因”號不是敵人旗艦的原因還有一個，那就是原本歷史上孤拔就是乘坐此戰法軍最小的巡洋艦“窩爾達”號參戰的，只不過這個理由沒法跟別人說。
而且……。
“就算是擊沉了敵人旗艦又能怎樣？”孫笑苦笑著搖搖頭：“敵人肯定有替代方案，這裡任何一艘巡洋艦都能替代指揮，何況港外還有一艘鐵甲艦呢，那艘船更大。”
“那我們豈不是輸定了？”張青焦急的叫道：“水師輸了，我們怎麼辦？鬼子登陸攻擊船廠，我們都得死！”
“我們生還的機率本來就不高，我以為你已經做好準備了。”孫笑回答：“不過，我們其實還有機會。”
“什麼機會？”
即使已經做好以死報國的準備，不到最後，張青也不願放棄生的希望，這是人之常情。
“正如你所說的，雖然我們實力差，但打得還算不錯，若是我們能給法彌斯鬼子造成足夠損失，他們未必還有餘力登陸攻擊船廠，更別說攻擊省城了。”
孫笑說道：
“別忘了，水師在澎湖還有不少戰艦，北洋和南洋的援軍也快來了，法彌斯鬼子接下來還有大戰要打呢。”
“造成足夠損失……”張青小聲嘟囔著。
“對，造成足夠損失就行了。”孫笑用肯定的語氣說道：“所以我們也得幫把手，看到那艘船了沒有？”
他遙遙指向海戰戰場上一艘法彌斯軍艦。
“看到了，怎麼，你要打它？”
“對，那是一艘巡洋艦，但是最小的一艘。”孫笑指的正是“窩爾達”號：“小就意味著它更容易遭受損失，巡洋艦意味著我們幹掉它的收益遠超打那幾艘小炮艦，怎麼樣，幹不幹？”
“幹！不幹我們費盡力氣把大炮抬到這裡來做什麼？”張青咬著牙說道：“幹得好了，我們說不定還能活！”
“好，你去指揮一號炮，我來指揮二號炮，聽我的命令，不要著急，我們找機會幹掉它！”
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“放心，我懂輕重！”
……
此刻，法軍並不知道兩千米外有兩門臨時岸炮暗戳戳等著偷襲他們，估計就算知道了他們也不會在乎，因為相對兩門150mm岸炮，明軍那十艘蒸汽戰艦才是最大的對手。
儘管這個對手已經被順理成章的壓制了。
第一個小戰場上，明法雙方五對五，看似是公平的決鬥，其實法軍在噸位、防護、航速、火力等各個方面全面壓倒明軍，特別是兩艘巡洋艦“費勒斯”號和“拉佩魯斯”號上有30門140mm後膛炮，僅此一項就是明軍五艘小炮艦全部10門70磅前膛炮的數倍，更別說法軍還有三艘各裝炮9門的炮艦支援。
被法軍兩艘巡洋艦找上單挑的兩艘明軍小炮艦“振威”號和“福星”號被迅速淹沒在熾熱的火力中，十分鐘之內，“振威”號被擊中五次，水線被打出一個大洞，迅速進水沉沒。
“福星”號絕望之中試圖撞擊法艦，但在五十米距離上遭到“拉佩魯斯”號的速射炮掃射，艦面人員非死即傷，連舵盤也被打壞，結果這艘小炮艦停在距離法艦不足十米處，被法艦打成碎片，全艦人員無一生還。