雖然戰亂紛飛的初平二年（191年）已經過去了，但是對這個戰亂的年代，諸侯爭霸、地方割據每時每刻都在發生，就在關東群雄虎視眈眈的時候，遠在長安城的朝廷之中也是陰雲暗布、暗流激盪！
董卓回到長安後，威福更盛，盜用天子車服，並命尚書以下眾官有子皆至其相府稟報。又以其弟董文為左將軍，從子董璜為侍中、中軍校尉，皆典兵事。大封其宗族，董氏襁褓中嬰兒皆得封，男皆封侯，女為邑君。於長安築郿塢（今陝西眉縣東北），高、厚各七丈，其中積穀可用三十年。董卓又殘暴好殺，諸將稍有言語差失，立即處死，又以叛逆之名，大殺關中舊族。其倒行逆施引起朝臣強烈不滿。
而征討董卓的鬥爭並沒因為以袁紹為總盟主的關東聯軍撤退的停止，更是在關東諸侯在中原之地大打出手的時候，長安城中針對董卓的刺殺也是層出不窮。
其中，越騎校尉伍孚對董卓的倒行逆施十分痛恨，發誓要親手殺死董卓。一天，伍孚身藏佩刀，前來拜見董卓。交談完畢後，伍孚便告辭離去。董卓起身出門相送，用手輕輕拍著伍孚的後背，表現出極其親切的樣子。伍孚瞅準機會，猛地抽出佩刀向董卓刺去。由於殺人心切，用力過猛，失手沒刺中要害。董卓大驚，慌忙奮力反擊，並急呼警衛出手相救，這才脫離危險。伍孚在與警衛鬥爭過程中，由於寡不敵眾，被亂劍刺死。事後，董卓大罵伍孚包藏禍心，不講仁義。
初平三年（192年）四月，司徒王允、尚書僕射士孫瑞與董卓的親信呂布共同密謀誅殺董卓。之前，王允先後與司隸校尉黃琬、尚書鄭公業、執金吾士孫瑞等人多次商議誅殺董卓的事情。
王允與士孫瑞、楊瓚借登臺拜神為名，又一次秘密商量廢除董卓的事宜。士孫瑞說：“自從去年年底以來，太陽不照，淫雨不斷已達六十多天，我們應該讓這種不利國家和老百姓的時期儘快結束。現在，時機大好，我們正可趁天下沸騰之際，主動採取措施，消滅罪魁禍首！”
士孫瑞意在提醒王允可借天時地利人和之機除掉董卓。王允同意士孫瑞的意見，可是考慮到董卓平時戒備森嚴，而且他本人武力過人，如果不採取周密措施，恐怕不易得手。於是，王允便物色了董卓的親信呂布作內應。
而呂布年青勇猛，武力超群。起初董卓對他深為喜愛和信任，收他為義子，並提拔他擔任騎都尉。後來，董卓又遷呂布為中郎將，封他為都亭侯。董卓把呂布當作自己的貼身侍衛。不管董卓走到哪裡，呂布總是形影不離，負責保護董卓的生命安全。
一次，呂布不小心得罪了董卓，董卓大怒，隨手抽出刀戟向呂布擲去，幸虧呂布眼疾手快，才得以倖免。當時，呂布並沒直接頂撞董卓，而是立即向他謝罪道歉，董卓便不再追究，以後也根本沒把這件事放在心上。
可是，呂布卻從此心懷私恨，雖然貂蟬已經嫁給了魏延，但是生性風流的呂布又與董卓的婢女私通，心中十分不安。王允把誅殺董卓的計劃告訴呂布，並要求他充當內應。起初，呂布不同意，他說：“奈何（我和他）如同父子一樣！”王允開導說：“你姓呂，他姓董，又不是骨肉親情。況且董卓現在是人人得而誅之的國賊，你難道還認他作父親嗎？他向你擲刀戟的時候，把你當兒子看待嗎？”不過這呂布也是生性涼薄之人，在此前更是有殺死自己義父丁原丁建陽的前科，此時在王允的敦促下，呂布最終就是順階而下的答應了。
在一切準備就緒，正好逢上皇帝大病初愈，朝中文武大臣都集會於未央殿，恭賀天子龍體康復。呂布藉此機會，事先安排同郡騎都尉李肅等人帶領十多名親兵，換上衛士的裝束隱蔽在宮殿側門的兩邊。董卓剛到側門，便遭到李肅等人的突襲。董卓大駭，慌忙向呂布呼救。呂布正襟危坐，大聲道：“我們是奏詔討殺亂臣賊子，你死有餘辜！”絕望中的董卓雖然奮力反抗，但已無濟於事，當場被殺，並誅連三族。
在董卓被殺，朝廷上下一片歡騰。董卓禍國殃民的行徑，激起了天下人們的極度痛恨，剷除董卓，不僅順應時代潮流，而且合乎天下民心。它的意義不僅僅只在於謀殺董卓一名國奸臣，而且還深刻影響著東漢末年的歷史進程。司徒王允，用自己對朝廷的赤誠和一身正氣贏得了剷除董卓鬥爭的勝利和世人的稱讚。董卓被殺後，王允“錄尚書事，總朝政，遣使張種撫慰山東”。
作為誅殺國賊的首要功臣，王允自然少不了朝廷的嘉賞和廣大人民的稱讚。於是，王允態度開始發生改變，似乎有些飄飄然起來：“連董卓這樣不可一世的大奸賊都死於我的手下，我還有什麼可懼怕的呢？”他便對任何人、任何事情都無所謂，毫不在乎，甚至居功自傲。“及在際會，每乏溫潤之色，杖正持重，不循權宜之計，是以群下不甚附之。”每當群臣集會，王允很少像以前那樣和大家推心置腹，共同商討權宜之計，而是正襟危坐，面無和悅之色。慢慢地，群臣也不再像以前那樣推崇和擁護他了。
董卓死後，王允在如何安排和處理他的舊部時，反覆無常，態度極不慎重，而這正是王允最後走向滅亡的最重要和最直接的原因。
他先是想全部赦免董卓的部下，可繼而又對群臣解釋說：“本來，他們是沒有罪的，只是身不由己，跟隨董卓，所以不得已聽從董卓差遣，犯了錯誤。現在如果給他們突然加上惡逆的罪名，而且特定赦免他們，恐怕反而使他們猜疑恐懼，心理承受不了，所以，赦免他們無罪不是使他們安心的上上之策，還不如讓他們承受懲罰。”
而，涼州兵是董卓的嫡系部隊，戰鬥力強，而且對董卓最忠心。董卓死後，如何處置涼州兵，是關係王允本人和東漢政權的大事。王允企圖削奪涼州兵將領的兵權，取締全部涼州兵，並且計劃利用關東兵去控制他們。可是後來有人對王允說：“涼州兵素來害怕袁紹，畏懼關東兵，而今，如果派關東兵去解散他們，涼州兵人人都會擔心性命不保，這樣，很容易引起兵變和混亂。還不如任命皇甫嵩（字義真）為將軍，去擔任涼州兵的統帥，並讓他長期留在那兒，以便安撫軍心。”王允堅決反對：“這樣絕對不行，關東兵是反董卓的義兵，與我們是同一條路線，現在董卓已死，如果繼續把他們屯駐在險惡之地，雖然安撫了涼州兵，但是關東兵將領會疑心我們不重視他們。”
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涼州百姓聽到王允想解散涼州兵的風聲後，便到處傳言，說王允要殺掉所有涼州人，一時之間，整個涼州人心惶惶，一片驚慌。涼州兵將領本來就成了驚弓之鳥，對自己的前途深感憂慮，當他們得知王允要削奪他們的軍權，解散涼州兵的訊息後，更是驚慌。
此時董卓被殺，牛輔亦已死去，王允清算董卓餘黨。當時李傕、郭汜等人心懷不安，都打算各自逃亡，賈詡出面阻止了他們，說：“聽聞長安城中正在商議著打算把涼州人斬盡殺絕，而諸位閣下拋棄屬眾獨行，一個亭長就能把你們抓住。不如帶領部隊向西，沿途收斂士兵，再進攻長安，為董公報仇，如果能夠幸運地成功，尊奉國家（的命令）征服天下，如果不能成功，再逃走也不遲。”此計為眾人採納。絕望的涼州兵尋思：反正是一死，不如死個痛快。於是他們迅速召集軍隊，嚴陣以待，準備見機起事。
隨後李傕和郭汜等人將所有涼州兵集合起來，誓師進發都城長安。於是李傕等散發“王允欲洗盪此方之人”的流言，到處說：“朝廷不赦免我們，我們應當拼死作戰。如果攻克長安，則可以得到天下；攻不下，則搶奪三輔的婦女財物，西歸故鄉，還可以保命。”部下紛紛響應，於是同郭汜、張濟等人結盟，率軍幾千人，日夜兼程，攻向長安。及至長安城下，已聚合十餘萬之眾。
王允聽說後，派董卓舊部將領胡軫、徐榮在新豐迎擊李傕、郭汜。結果徐榮戰死，胡軫率部投降。李傕與樊稠、李蒙等圍攻長安城，因城防堅固攻而不克。後由城內叛變士兵引導涼州軍入城，與守將呂布展開巷戰，呂布兵敗，僅率百餘騎出逃。李傕等縱兵擄掠，吏民死者萬餘人，屍積滿道。太常種佛、大鴻臚周奐、城門校尉崔烈、越騎校尉王頎等被殺。
呂布慌忙領兵出逃時，在青鎖門停住，招呼王允一同逃走。王允斷然拒絕，對呂布說：“如果天子祖先在天有靈，能賜福社稷，保佑我們的國家平安無事，我就心滿意足了。如果這一願不能實現，我願意獻出自己的生命，以死來報效朝廷。皇上年紀幼小，少不更事，只能靠我們來輔助他。國家遭受如此災難，如果棄下皇上，只顧自己逃命，我實在是不忍心。況且，我身為宰相，不僅不能使國家平安無事，反而導致逆賊的反叛，我的責任重大啊！請你出城以後，多多鼓勵關東豪傑，要常常念及皇上！”說完，便扶著獻帝逃到宣平城樓。
李傕、郭汜追到宣平門下，叩頭便拜。漢獻帝壯起膽子詢問道：“你們目無王法，作亂京城，到底打算作什麼？”李傕回答說：“董太師對陛下忠心耿耿，卻無緣無故遭人殺害，我們只想替太師討回公道，不敢造反。等到捉拿處決兇手後，我們願意接受審判。”王允二話沒說，向漢獻帝行了最後的君臣大禮，便隨士兵走下了城樓，李傕、郭汜命令手下當場將王允處決。
隨後，李傕等擁兵至南宮掖門，威逼獻帝，封李傕為揚武將軍、郭汜為揚烈將軍、樊稠為中郎將。李傕又殺司棣校尉黃琬、左馮翊宋翼、右扶風王宏等人。一時間，京城腥風血雨，朝野大亂。
在初平三年（192年）九月，又進封李傕為車騎將軍、開府、領司隸校尉、假節、池陽侯，郭汜為後將軍、美陽侯，樊稠為右將軍、萬年侯。張濟被封為鎮東將軍、平陽侯，外出屯駐在弘農。以賈詡為左馮翊。自此長安和朝政已經掌控在李傕和郭汜的手中！（未完待續）