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清軍入關後，順治時期便開始大肆開鑿中運河，到了現在也徹底結束了借黃河行運的時代，並建成黃淮運交匯樞紐，緩和河面比降，減輕濁流灌運，改善了漕運條件。總督漕運部院衙門漕運方法基本承明制，但又多了幾個名目：正兌米，運京倉糧，定額三百三十萬石；改兌米，運通州倉糧，定額七十萬石；改徵，將漕糧改徵為其他品種；折徵，將漕糧折算成銀，價銀統歸地丁項內，上報戶部。
除此之外，清廷又實行截漕也就是各地漕糧起運後，地方遇災，截留部分作為賑濟，或截一地漕糧運往另一地和撥運主要指截留山東河南所運薊州漕糧，撥充陵寢及駐防兵米等措施。漕船數與編制和明代稍稍有一點不同，一般以府州為單位，十人一船，十船一幫，十船互保。總數由一萬零四百五十五隻升為一萬四千五百只，而實際運於漕運的僅七千只左右。每船裝運量不得超過五百石，另外還可以裝當地的土產往返於各口岸行銷。
也就在康熙登基之後，清廷最終開始實行官收官運制度，承運者是衛所軍籍中較殷實的軍丁運丁。發運時每船配運軍一名，運副一名，僱募水手九至十名。各省運軍水手多少不等，總數在十萬名左右。漕運最高長官為漕運總督。駐守淮安。其下為各省糧道，共七人，掌本省糧儲。轄所屬軍衛，遴選領運隨幫官員，責成各府會齊僉選運軍等；坐守水次，監督驗明漕糧兌換，面交押運官，並隨船督行到淮安，呈報總督盤驗。
押運。原為糧道之責，後選管糧通判一人，專門負責督押。約束運軍，後因官卑職微，仍由糧道押運。領運官，由千總一人或二人領運。武舉人一名隨幫效力。為確保漕運無誤。於淮安濟寧天津通州運河沿線設定巡漕御史，稽察本段漕運。此外，淮安淮北沿河置有鎮道將領，以催促入境漕船前行；在鎮江與瓜州的南漕樞紐處，由鎮江道催促，同時由總兵官後改為副將巡視河岸，協同督促漕船過江。
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只是現在，漕運源頭被馬尾軍掌控。那麼京城每年所需的三百萬石糧食便沒有了著落。有道是糧餉糧餉，糧在餉之前。沒有糧食，就算給再多的銀錢那也算沒用的，畢竟銀子也不能當飯吃不是。
又是前線作戰不利，朕就不信我大清兵馬幾近是吳三桂的一倍，居然不能將其打敗當年前明的兵馬是我八旗軍的七八倍有餘，不照樣被我大清打的狼奔豸突，現在這是怎麼了難道真的要朕成為第二個崇禎康熙剛看了桌上的兩本奏摺，本就不好的心情變得更壞，一水的壞消息，心情能好起來就怪了。
臣等該死索額圖與明珠等聽到這話立即跪了下去，當年的崇禎他們可是清楚的很，那崇禎皇帝不少不勤政，明亡了，雖然也有皇帝的責任，但是更多的還是大臣無用。就像是崇禎自己說的，君非亡國之君,臣皆亡國之臣現在康熙說出這句話，那不是指他們都是亡國之臣嗎，一個個心裡雖然很不舒服，但是這個時候第一反應還是跪下請罪啊。
陛下，保重龍體要緊啊明珠率先開口道。戰局一時不利，並不是將士們不用心。這戰爭打的不僅僅是兵馬，更多的還是錢糧臣想，那吳三桂現在多半也已經是快要堅持不下去了，要不了多久安親王便能一舉突破岳陽，殺敗吳三桂。但是當前要緊的是要將金陵給收回來，耿逆已然壯大，不能再忽視，臣覺得，憑安親王派去的五萬大軍加上周培公的三萬兵馬還不夠，還請皇上下旨調集河南山東的剩餘兵馬前去增援，務必一舉功成。
現下派去的兵馬還少嗎加上原先在安徽的兵馬總數就超過了十萬。十萬人若是連耿逆的兩三萬步卒也打不過，我大清還能有什麼指望康熙憤怒的吼道。
皇上說的是，只是臣聽到訊息，說是金陵城根本就不少馬尾軍的陸軍打下來的，而是馬尾海軍下來了萬餘兵馬只一天就攻破 了城門，因此，將馬尾海軍也算上的話，可就不止三兩萬人馬了。那可是五萬餘大軍。更何況長江天塹，江面上朝廷的水師卻是還無法與耿逆的馬尾海軍抗衡，因此，大軍的數量必須還要增加以求穩妥，還請皇上三思。明珠依舊堅持自己的看法，他們作為清廷的重臣，與清廷乃是一榮俱榮一損俱損，清廷亡了他們也要完蛋，因此這時候可不是有所保留的時候。
康熙也冷靜了一些，明珠的話也不無道理。馬尾海軍的確是相當的強悍，江寧水師都被完全消滅，那麼鄱陽湖水師就更不會是馬尾軍的對手，若是將鄱陽湖水師開赴長江下遊與馬尾海軍大戰，那麼最終也只能是覆沒一途。愛卿所言有理，那就按你說的辦。不過，馬尾軍強在水師，我們的確不能與之硬拼，讓嶽樂安排船隻，載大軍過江，然後就直撲金陵城，給朕消滅耿逆叛軍
臣遵旨。明珠立即回應道。
啟稟皇上，臣也有一策。明珠說完，索額圖便立即跟上，這段時間以來，兩人再也沒有了黨爭，而是通力合作的居多，畢竟現在清廷情況不樂觀，而他們可是一根繩上的螞蚱，誰也跑不掉。國內現下不能大規模擴軍，但是在北邊的朝鮮確實可以徵召不少的部隊，朝鮮國雖然國小，但是五六萬兵馬還是可以有的，皇上下一道聖旨。讓朝鮮國王派遣一部分兵馬前去協助我大軍平叛，當可增大我軍勝算。
自打五十年前努爾哈赤的侄子阿敏帶領三萬女真部隊入侵朝鮮，最後雙方最後議和訂立兄弟國的盟約。朝鮮停止使用明朝天啟年號並遣王子李覺赴後金為人質。後金朝鮮互不侵犯對方的領土。自那之後，後金和朝鮮的兄弟關係並不和睦。後金軍一退，朝鮮馬上向明朝疏奏被兵情節。由於受到儒家思想的影響下，朝鮮大臣認為明朝助朝鮮擊退倭寇，朝鮮理當與明朝交好抗擊後金。因此朝鮮拒絕廢除年號，並依舊保持關係。這最終導致時隔九年後皇太極再次攻打朝鮮，迫使朝鮮完全成為了清廷的藩屬國。
這樣一來。清廷對朝鮮雖然不說是予取予求，但是也沒有好到哪裡去。滿人對待漢人都當作是奴僕，對待朝鮮人也是一樣。因此此刻索額圖才會有此一說。在他看來，他們向朝鮮伸手，那真是再正常不過了。
而實際上朝鮮對清廷並不是那麼恭敬。朝鮮仁祖之後的朝鮮孝宗，還曾試圖聯合中國南方反清勢力討伐清朝。但沒有結果 。後來朝鮮便開始閉關鎖國。與外界僅進行少量交往，而出於對前宗主國明朝的緬懷，朝鮮將明代最後一任皇帝崇禎的年號延續到了現在。後世歷史上朝鮮國更是將這個年號延續了兩百六十五年直到一三年朝鮮國覆滅。
這也倒是可以，朕準了，另外，再要求朝鮮送來貢銀三百萬兩，當然，若是能送來更多則最好。多的算是朕向他暫借的，待到朕平定了叛亂。日後會加倍還給他康熙皺著眉頭說道，他現在也沒有多少好辦法了，只要差不多可行的，都可以一試。對於朝鮮的情況，他也還算比較瞭解的。朝鮮人這幾十年來都十分的穩定，派遣幾萬兵馬與拿出幾百萬銀兩並不成問題。
從前明崇禎九年，按照朝鮮歷計算就是仁祖十四年，清廷的崇德元年，那時候皇太極正式由汗改稱皇帝，改國號大清，族名滿洲。皇太極在登基之前就事先將此事通報了朝鮮，希望朝鮮參與勸進。當時的朝鮮國當然是聞訊大譁，他們與當時的後金可是積怨已久，積累了將近十年的憎惡羞辱情緒一併迸發。當時的朝鮮臣僚紛紛痛切陳詞，什麼使彼虜得知我國之所秉守，不可以幹紀亂常之事有所犯焉。則雖以國斃，可以有辭於天下後世也。在一片慷慨激昂的氣氛下，仁祖拒不接見後金使團，不接受其來書。後金使團憤然離開漢城，沿途百姓觀者塞路，頑童或擲瓦礫以辱之。該年四月，皇太極在瀋陽正式舉行稱帝大典，朝鮮使臣羅德憲李廓拒不下拜。
可想而知當時皇太極是何等的氣憤，他認為這完全就是朝鮮國王有意構怨，就在這一年的十二月，皇太極以朝鮮違背盟約為由，準備入侵朝鮮。於是他派濟爾哈朗守瀋陽，阿濟格阿巴泰守遼河入海口以遏明軍，皇太極親自率領清軍十二萬入侵朝鮮。皇太極令多爾袞豪格分統左翼滿洲蒙古兵，從寬甸入長山口；戶部承政馬福塔等率兵三百人突襲朝鮮王都漢陽城，多鐸嶽託等人率數千兵馬接應。皇太極與代善率其他各路軍馬進攻朝鮮。
可以說那時候的滿洲鐵騎的確是十分強大的，新成立大清國的大將馬福塔多鐸等部迅速襲敗了朝鮮漢陽守軍，朝鮮仁祖不得不遷王族於江華島避難，自己則退守南漢山城。隨後清軍主力渡鎮江，佔領郭山城，定州安州不戰而降。清軍乘臨津江結冰之際渡江攻佔漢陽，會合各部包圍南漢山城。
朝鮮各處守軍見國王被圍，紛紛前來支援，但先後被清軍擊敗。到了崇德二年正月，清兵又先後擊敗了全羅道忠清道等地的援軍。朝鮮仁祖向清軍求和。皇太極恐朝鮮再次反清，遣多爾袞襲破江華島，俘虜朝鮮王妃王子宗室群臣家屬等眾。皇太極遣使，要求朝鮮仁祖出城投降。仁祖將親明反清的主要人物弘文館校理尹集修撰吳達濟及臺諫官洪翼漢縛獻清軍，隨後出城，脫去王服。改穿青衣，在三田渡拜見皇太極，行三跪九叩之禮。
之後兩國便正式簽訂了協議。朝鮮自那時起成為了清朝的藩屬國。接受清朝的冊封，朝鮮朝鮮仁祖向皇太極行大禮並斷絕與原宗主國明朝的關係。 朝鮮仁祖以其長子李溰次子李淏赴清朝作人質。 世子李溰長居瀋陽，另外一質子則由鳳林大君和麟坪大君輪流擔任。朝鮮要向清朝朝貢，每年黃金五百兩白銀五千兩水牛角二百對貂皮百張鹿皮百張茶千包水獺皮四百張青黍皮三百張胡椒十石五爪龍席四領花席四十領白苧布二百疋綿綢二千疋細麻布四百疋細布萬疋布四千疋米萬包等等。
另外那時候皇太極還要求攻打明朝所屬的島嶼皮島時，朝鮮必須出兵出戰船至少五十艘協助，清朝還禁止了朝鮮大量修建城堡等防禦工事。 在一系列儀式之後，朝鮮服屬了清朝統治。並在三田渡地區建立大清皇帝功德碑，然後皇太極才撤軍歸國。
在滿洲貴族的軍隊入侵朝鮮的過程中，朝鮮其實對明朝一直懷著等待拯救的信念。甚至打算國家滅亡也不對滿洲人投降。丙子虜亂中，國王的態度是唯望父母邦之來救矣。壬辰之役，微天朝則不能復國，至今君臣上下。相保而不為魚者。其誰之力也今雖不幸而大禍迫至，猶當有隕而無二也。不然，將何以有辭於天下後世乎。寧願滅亡也不願背離華夏，重要的理由還有無法面對天下後世。這一切的動機背後是巨大的倫理決擇與價值判斷。朝鮮寧獲過於大國指滿清，不忍負皇明。而在戰敗被迫投降之後，即使是身在滿營心在漢，朝鮮國王仍在自身心理的道德自律感上背負著沉重的壓力感。正月朔乙丑，上於宮庭設位西向中原哭拜。為皇明也。。而在其子孝宗國王的記載中，這位仁祖大王每當語及皇明。至於嗚咽不能言。由於此種內在的道德壓力與深切自責，朝鮮國甚至在發生了虛造的傳言。據說日本關白執政輩，以朝鮮與韃靼合，莫不駭憤，將欲興師而來。驚恐之中，正是集體意識中對道德要求的執著與自責意識。
清朝透過這一次戰爭，就將五十萬朝鮮人作為俘虜押回了國充作奴隸，並掠走朝鮮大量物資，雖然後來朝鮮政府向清朝支付贖金贖回了一些人，但那之時極少一部分。這可是相當不小的數字了，當時清廷每一次入關劫掠人口錢糧，也從來沒有過擄掠四五十萬漢族人口的，十萬二十萬倒是差不多，朝鮮一下子被俘虜了那麼多，可是對關內還要狠了。
雖然朝鮮屈服於清廷的統治，但朝鮮人對清廷還是非常反感，一直暗中稱呼清朝為胡虜。這種敵對的稱呼和態度，在朝鮮的書籍記載中比比皆是。朝鮮方面僅僅在外交上使用清廷年號，在國內則不使用，稱為某某王某某年，例如仁祖大王十二年等等。不少士人尊崇明朝，使用後崇禎年號，致使崇禎這個年號被朝鮮士人沿用數百年。而在朝鮮孝宗在位期間，朝鮮甚至密謀起兵，聯合日本江戶幕府南明反對滿清，不過此時康熙與索額圖等不知道的是，朝鮮正準備派遣使臣秘密前往福建湖南，準備聯合吳三桂耿精忠一起攻擊清廷。
朝鮮本就具有高度發達的儒家文明以小中華自居的朝鮮淪為落後的山林狩獵民族建立起來清朝的藩屬國，直到此時朝鮮都是令君臣黎民痛心疾首的事情，丙子虜亂對朝鮮社會文化的衝擊非常大，國王和兩班的權威一落千丈。清廷這些年一直沒有停止徵索，這也加重了朝鮮的負擔。經濟掠奪政治欺壓文化差異，使得半個世紀過去了，朝鮮思明反清的情緒一直都還是社會思潮的主流。
在華夷秩序的天道倫理之應然性中，華夏即意味著對高尚的文化與族群正義性，對中華的徹骨認同即是對文化與族群尊嚴的徹骨認同。因此，朝鮮也向來樂於自已小中華的美稱。吾東方自箕子以來，教化大行，男有烈士之風，女有貞正之俗，史稱小中華 。山川險隘，人民多貧。只以稍遵禮俗，自古中國亦許之小中華。雖然在後世的時候，南朝鮮的國民忘記了自己的歷史，但是這個時候不得不說還是很好的。
康熙沒有猶豫，一下子就同意了索額圖的建議，這也是是源自於先前順治朝時期的兩次要求朝鮮出兵。那時候順治兩次要求朝鮮出兵協助清軍在東北作戰，掃蕩入侵黑龍江流域的沙俄侵略者。那麼這次在要求朝鮮出兵，那也沒有什麼大不了的。至於說朝鮮會反駁他的聖旨，他可不認為朝鮮敢這麼做。事實上真的如此嗎未完待續。。